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- EMDB-41584: Actin 1 from T. gondii in filaments bound to MgADP and jasplakinolide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41584
タイトルActin 1 from T. gondii in filaments bound to MgADP and jasplakinolide
マップデータActin 1 from T. gondii in filaments with MgADP and jasplakinolide; Density modified map from helical reconstruction
試料
  • 複合体: Filament of Actin 1 from T. gondii with MgADP and jasplakinolide
    • タンパク質・ペプチド: Actin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: Jasplakinolide
キーワードActin / cytoskeleton / toxoplasmosis / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Hvorecny KL / Sladewski TE / Heaslip AT / Kollman JM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32AI145111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138316 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Toxoplasma gondii actin filaments are tuned for rapid disassembly and turnover.
著者: Kelli L Hvorecny / Thomas E Sladewski / Enrique M De La Cruz / Justin M Kollman / Aoife T Heaslip /
要旨: The cytoskeletal protein actin plays a critical role in the pathogenicity of the intracellular parasite, Toxoplasma gondii, mediating invasion and egress, cargo transport, and organelle inheritance. ...The cytoskeletal protein actin plays a critical role in the pathogenicity of the intracellular parasite, Toxoplasma gondii, mediating invasion and egress, cargo transport, and organelle inheritance. Advances in live cell imaging have revealed extensive filamentous actin networks in the Apicomplexan parasite, but there are conflicting data regarding the biochemical and biophysical properties of Toxoplasma actin. Here, we imaged the in vitro assembly of individual Toxoplasma actin filaments in real time, showing that native, unstabilized filaments grow tens of microns in length. Unlike skeletal muscle actin, Toxoplasma filaments intrinsically undergo rapid treadmilling due to a high critical concentration, fast monomer dissociation, and rapid nucleotide exchange. Cryo-EM structures of jasplakinolide-stabilized and native (i.e. unstabilized) filaments show an architecture like skeletal actin, with differences in assembly contacts in the D-loop that explain the dynamic nature of the filament, likely a conserved feature of Apicomplexan actin. This work demonstrates that evolutionary changes at assembly interfaces can tune the dynamic properties of actin filaments without disrupting their conserved structure.
履歴
登録2023年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41584.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Actin 1 from T. gondii in filaments with MgADP and jasplakinolide; Density modified map from helical reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 341.76 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 341.76 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 341.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.75
最小 - 最大-8.917244 - 16.445307
平均 (標準偏差)-0.000009252803 (±0.34443358)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 341.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Three protomers of Actin 1 from T. gondii...

ファイルemd_41584_additional_1.map
注釈Three protomers of Actin 1 from T. gondii in filaments with MgADP and jasplakinolide; Half map from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Three protomers of Actin 1 from T. gondii...

ファイルemd_41584_additional_2.map
注釈Three protomers of Actin 1 from T. gondii in filaments with MgADP and jasplakinolide; Density modified map from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Three protomers of Actin 1 from T. gondii...

ファイルemd_41584_additional_3.map
注釈Three protomers of Actin 1 from T. gondii in filaments with MgADP and jasplakinolide; Half map from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Actin 1 from T. gondii in filaments with...

ファイルemd_41584_half_map_1.map
注釈Actin 1 from T. gondii in filaments with MgADP and jasplakinolide; Half map from helical reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Actin 1 from T. gondii in filaments with...

ファイルemd_41584_half_map_2.map
注釈Actin 1 from T. gondii in filaments with MgADP and jasplakinolide; Half map from helical reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Filament of Actin 1 from T. gondii with MgADP and jasplakinolide

全体名称: Filament of Actin 1 from T. gondii with MgADP and jasplakinolide
要素
  • 複合体: Filament of Actin 1 from T. gondii with MgADP and jasplakinolide
    • タンパク質・ペプチド: Actin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: Jasplakinolide

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超分子 #1: Filament of Actin 1 from T. gondii with MgADP and jasplakinolide

超分子名称: Filament of Actin 1 from T. gondii with MgADP and jasplakinolide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Actin protomers from T. gondii assemble into a two-start helix, stabilized by jasplakinolide
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: Sf9

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分子 #1: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 41.956711 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADEEVQALV VDNGSGNVKA GVAGDDAPRA VFPSIVGKPK NPGIMVGMEE KDCYVGDEAQ SKRGILTLKY PIEHGIVTNW DDMEKIWHH TFYNELRVAP EEHPVLLTEA PLNPKANRER MTQIMFETFN VPAMYVAIQA VLSLYSSGRT TGIVLDSGDG V SHTVPIYE ...文字列:
MADEEVQALV VDNGSGNVKA GVAGDDAPRA VFPSIVGKPK NPGIMVGMEE KDCYVGDEAQ SKRGILTLKY PIEHGIVTNW DDMEKIWHH TFYNELRVAP EEHPVLLTEA PLNPKANRER MTQIMFETFN VPAMYVAIQA VLSLYSSGRT TGIVLDSGDG V SHTVPIYE GYALPHAIMR LDLAGRDLTE YMMKILHERG YGFTTSAEKE IVRDIKEKLC YIALDFDEEM KAAEDSSDIE KS YELPDGN IITVGNERFR CPEALFQPSF LGKEAAGVHR TTFDSIMKCD VDIRKDLYGN VVLSGGTTMY EGIGERLTKE LTS LAPSTM KIKVVAPPER KYSVWIGGSI LSSLSTFQQM WITKEEYDES GPSIVHRKCF

UniProtKB: Actin

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: Jasplakinolide

分子名称: Jasplakinolide / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: 9UE
分子量理論値: 709.67 Da
Chemical component information

ChemComp-9UE:
Jasplakinolide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 45000

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 28.1 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -167 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. 1.20) / 使用した粒子像数: 2682453
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8trn:
Actin 1 from T. gondii in filaments bound to MgADP and jasplakinolide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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