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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | mGluR3 class 1 in the presence of the antagonist LY 341495 | ||||||||||||
![]() | Full length map | ||||||||||||
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![]() | GPCR / synaptic protein / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / G alpha (i) signalling events / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sensory perception of pain / modulation of chemical synaptic transmission ...Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / G alpha (i) signalling events / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sensory perception of pain / modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic membrane / gene expression / scaffold protein binding / postsynapse / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
![]() | Strauss A / Levitz J | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of allosteric modulation of metabotropic glutamate receptor activation and desensitization 著者: Strauss A | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 137.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 45.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 253.2 MB 253.2 MB 208.7 MB 207.9 MB 132.7 MB 128 MB 253.4 MB 253.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 942.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 942.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8trdMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Full length map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Half map A for locally refined map of the extracellular domain
ファイル | emd_41578_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A for locally refined map of the extracellular domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map B for locally refined map of the extracellular domain
ファイル | emd_41578_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B for locally refined map of the extracellular domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map A of the transmembrane domain following particle subtraction
ファイル | emd_41578_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of the transmembrane domain following particle subtraction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map B of the transmembrane domain following particle subtraction
ファイル | emd_41578_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of the transmembrane domain following particle subtraction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally refined map of the extracellular domain
ファイル | emd_41578_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally refined map of the extracellular domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map of the transmembrane domain following particle subtraction
ファイル | emd_41578_additional_6.map | ||||||||||||
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注釈 | Map of the transmembrane domain following particle subtraction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of full length map
ファイル | emd_41578_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of full length map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of full length map
ファイル | emd_41578_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of full length map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Metabotropic Glutamate Receptor 3 dimer
全体 | 名称: Metabotropic Glutamate Receptor 3 dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Metabotropic Glutamate Receptor 3 dimer
超分子 | 名称: Metabotropic Glutamate Receptor 3 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 260 KDa |
-分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 3
分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 103.161555 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKMLTRLQIL MLALFSKGFL LSLGDHNFMR REIKIEGDLV LGGLFPINEK GTGTEECGRI NEDRGIQRLE AMLFAIDEIN KDNYLLPGV KLGVHILDTC SRDTYALEQS LEFVRASLTK VDEAEYMCPD GSYAIQENIP LLIAGVIGGS YSSVSIQVAN L LRLFQIPQ ...文字列: MKMLTRLQIL MLALFSKGFL LSLGDHNFMR REIKIEGDLV LGGLFPINEK GTGTEECGRI NEDRGIQRLE AMLFAIDEIN KDNYLLPGV KLGVHILDTC SRDTYALEQS LEFVRASLTK VDEAEYMCPD GSYAIQENIP LLIAGVIGGS YSSVSIQVAN L LRLFQIPQ ISYASTSAKL SDKSRYDYFA RTVPPDFYQA KAMAEILRFF NWTYVSTVAS EGDYGETGIE AFEQEARLRN IC IATAEKV GRSNIRKSYD SVIRELLQKP NARVVVLFMR SDDSRELIAA ANRVNASFTW VASDGWGAQE SIVKGSEHVA YGA ITLELA SHPVRQFDRY FQSLNPYNNH RNPWFRDFWE QKFQCSLQNK RNHRQVCDKH LAIDSSNYEQ ESKIMFVVNA VYAM AHALH KMQRTLCPNT TKLCDAMKIL DGKKLYKEYL LKINFTAPFN PNKGADSIVK FDTFGDGMGR YNVFNLQQTG GKYSY LKVG HWAETLSLDV DSIHWSRNSV PTSQCSDPCA PNEMKNMQPG DVCCWICIPC EPYEYLVDEF TCMDCGPGQW PTADLS GCY NLPEDYIKWE DAWAIGPVTI ACLGFLCTCI VITVFIKHNN TPLVKASGRE LCYILLFGVS LSYCMTFFFI AKPSPVI CA LRRLGLGTSF AICYSALLTK TNCIARIFDG VKNGAQRPKF ISPSSQVFIC LGLILVQIVM VSVWLILETP GTRRYTLP E KRETVILKCN VKDSSMLISL TYDVVLVILC TVYAFKTRKC PENFNEAKFI GFTMYTTCII WLAFLPIFYV TSSDYRVQT TTMCISVSLS GFVVLGCLFA PKVHIVLFQP QKNVVTHRLH LNRFSVSGTA TTYSQSSAST YVPTVCNGRE VLDSTTSSLA GLVPRGSAA AKSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGGSWSHPQF EK UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 3 |
-分子 #2: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine
分子 | 名称: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Z99 |
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分子量 | 理論値: 353.369 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Z99: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8trd: |