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万見
- EMDB-41563: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41563
タイトルPolyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of subject 2-2 at week 16
マップデータNegative stain map of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human subject 2-2 at week 16
試料
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of subject 2-2 at week 16
キーワードinfluenza / hemagglutinin / H2 / polyclonal complex / Fab complex / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Yang YR / Han J / Richey ST / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Immune memory shapes human polyclonal antibody responses to H2N2 vaccination.
著者: Yuhe R Yang / Julianna Han / Hailee R Perrett / Sara T Richey / Abigail M Jackson / Alesandra J Rodriguez / Rebecca A Gillespie / Sarah O'Connell / Julie E Raab / Lauren Y Cominsky / Ankita ...著者: Yuhe R Yang / Julianna Han / Hailee R Perrett / Sara T Richey / Abigail M Jackson / Alesandra J Rodriguez / Rebecca A Gillespie / Sarah O'Connell / Julie E Raab / Lauren Y Cominsky / Ankita Chopde / Masaru Kanekiyo / Katherine V Houser / Grace L Chen / Adrian B McDermott / Sarah F Andrews / Andrew B Ward /
要旨: Influenza A virus subtype H2N2, which caused the 1957 influenza pandemic, remains a global threat. A recent phase I clinical trial investigating a ferritin nanoparticle displaying H2 hemagglutinin in ...Influenza A virus subtype H2N2, which caused the 1957 influenza pandemic, remains a global threat. A recent phase I clinical trial investigating a ferritin nanoparticle displaying H2 hemagglutinin in H2-naïve and H2-exposed adults. Therefore, we could perform comprehensive structural and biochemical characterization of immune memory on the breadth and diversity of the polyclonal serum antibody response elicited after H2 vaccination. We temporally map the epitopes targeted by serum antibodies after first and second vaccinations and show previous H2 exposure results in higher responses to the variable head domain of hemagglutinin while initial responses in H2-naïve participants are dominated by antibodies targeting conserved epitopes. We use cryo-EM and monoclonal B cell isolation to describe the molecular details of cross-reactive antibodies targeting conserved epitopes on the hemagglutinin head including the receptor binding site and a new site of vulnerability deemed the medial junction. Our findings accentuate the impact of pre-existing influenza exposure on serum antibody responses.
履歴
登録2023年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_41563.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain map of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 180 pix.
= 318.6 Å		1.77 Å/pix.
x 180 pix.
= 318.6 Å		1.77 Å/pix.
x 180 pix.
= 318.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0205
最小 - 最大-0.028578756 - 0.07202905
平均 (標準偏差)0.0001255359 (±0.0044663725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 318.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_41563_additional_1.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA top head 1 epitope from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_41563_additional_2.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA central stem epitope from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_41563_additional_3.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA RBS epitope from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_41563_additional_4.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA medial junction epitope from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_41563_additional_5.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA top head 2 epitope from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_41563_additional_6.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA top head 3 epitope from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain map of half map A for...

ファイルemd_41563_half_map_1.map
注釈Negative stain map of half map A for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain map of half map B for...

ファイルemd_41563_half_map_2.map
注釈Negative stain map of half map B for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from human subject 2-2 at week 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of ...

全体名称: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of subject 2-2 at week 16
要素
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of subject 2-2 at week 16

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超分子 #1: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of ...

超分子名称: Polyclonal immune complex of Fab binding the H1 HA from serum of subject 2-2 at week 16
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 280 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% w/v uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3ku5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 65400
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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