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- EMDB-41505: Hemagglutinin-neuraminidase from Human parainfluenza virus type 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41505
タイトルHemagglutinin-neuraminidase from Human parainfluenza virus type 3: complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs
マップデータDeepEMhancer output map
試料
  • 複合体: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs
    • 複合体: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin-neuraminidase
    • 複合体: Recombinant rPIV3-28 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fab rPIV3-28
      • タンパク質・ペプチド: Light chain Fab rPIV3-28
    • 複合体: Recombinant rPIV3-23 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fab rPIV3-23
      • タンパク質・ペプチド: Light chain Fab rPIV3-23
キーワードImmune system / viral neutralization / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Human respirovirus 3 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Otrelo-Cardoso AR / Jardetzky TS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI13752 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Functional and structural basis of human parainfluenza virus type 3 neutralization with human monoclonal antibodies.
著者: Naveenchandra Suryadevara / Ana Rita Otrelo-Cardoso / Nurgun Kose / Yao-Xiong Hu / Elad Binshtein / Rachael M Wolters / Alexander L Greninger / Laura S Handal / Robert H Carnahan / Anne ...著者: Naveenchandra Suryadevara / Ana Rita Otrelo-Cardoso / Nurgun Kose / Yao-Xiong Hu / Elad Binshtein / Rachael M Wolters / Alexander L Greninger / Laura S Handal / Robert H Carnahan / Anne Moscona / Theodore S Jardetzky / James E Crowe /
要旨: Human parainfluenza virus type 3 (hPIV3) is a respiratory pathogen that can cause severe disease in older people and infants. Currently, vaccines against hPIV3 are in clinical trials but none have ...Human parainfluenza virus type 3 (hPIV3) is a respiratory pathogen that can cause severe disease in older people and infants. Currently, vaccines against hPIV3 are in clinical trials but none have been approved yet. The haemagglutinin-neuraminidase (HN) and fusion (F) surface glycoproteins of hPIV3 are major antigenic determinants. Here we describe naturally occurring potently neutralizing human antibodies directed against both surface glycoproteins of hPIV3. We isolated seven neutralizing HN-reactive antibodies and a pre-fusion conformation F-reactive antibody from human memory B cells. One HN-binding monoclonal antibody (mAb), designated PIV3-23, exhibited functional attributes including haemagglutination and neuraminidase inhibition. We also delineated the structural basis of neutralization for two HN and one F mAbs. MAbs that neutralized hPIV3 in vitro protected against infection and disease in vivo in a cotton rat model of hPIV3 infection, suggesting correlates of protection for hPIV3 and the potential clinical utility of these mAbs.
履歴
登録2023年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41505.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41505.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer output map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.58
最小 - 最大-0.0018039957 - 2.1765883
平均 (標準偏差)0.0017939326 (±0.031820916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 285.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41505_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_41505_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs

全体名称: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs
要素
  • 複合体: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs
    • 複合体: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin-neuraminidase
    • 複合体: Recombinant rPIV3-28 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fab rPIV3-28
      • タンパク質・ペプチド: Light chain Fab rPIV3-28
    • 複合体: Recombinant rPIV3-23 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fab rPIV3-23
      • タンパク質・ペプチド: Light chain Fab rPIV3-23

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超分子 #1: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs

超分子名称: HPIV3 HN in complex with rPIV3-23 and rPIV3-28 Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)

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超分子 #2: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein

超分子名称: Hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)

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超分子 #3: Recombinant rPIV3-28 Fab

超分子名称: Recombinant rPIV3-28 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Recombinant rPIV3-23 Fab

超分子名称: Recombinant rPIV3-23 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hemagglutinin-neuraminidase

分子名称: Hemagglutinin-neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 50.774414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVPPQRITHD VGIKPLNPDD FWRCTSGLPS LMKTPKIRLM PGPGLLAMPT TVDGCVRTPS LVINDLIYAY TSNLITRGCQ DIGKSYQVL QIGIITVNSD LVPDLNPRIS HTFNINDNRK SCSLALLNTD VYQLCSTPKV DERSDYASSG IEDIVLDIVN H DGSISTTR ...文字列:
EVPPQRITHD VGIKPLNPDD FWRCTSGLPS LMKTPKIRLM PGPGLLAMPT TVDGCVRTPS LVINDLIYAY TSNLITRGCQ DIGKSYQVL QIGIITVNSD LVPDLNPRIS HTFNINDNRK SCSLALLNTD VYQLCSTPKV DERSDYASSG IEDIVLDIVN H DGSISTTR FKNNNISFDQ PYAALYPSVG PGIYYKGKII FLGYGGLEHP INENAICNTT GCPGKTQRDC NQASHSPWFS DR RMVNSII VVDKGLNSIP KLKVWTISMR QNYWGSEGRL LLLGNKIYIY TRSTSWHSKL QLGIIDITDY SDIRIKWTWH NVL SRPGNN ECPWGHSCPD GCITGVYTDA YPLNPTGSIV SSVILDSQKS RVNPVITYST STERVNELAI RNKTLSAGYT TTSC ITHYN KGYCFHIVEI NHKSLDTFQP MLFKTEIPKS CSGSENLYFQ GGSHHHHHH

UniProtKB: Hemagglutinin-neuraminidase

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分子 #2: Heavy chain Fab rPIV3-28

分子名称: Heavy chain Fab rPIV3-28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.344152 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVKLLESGGG LIQPGDSLRL SCAASGFTFS TFAMSWVRQA PGKGLEWVSV ITSTGSSADY ADSVKGRFTM SRDNSKNTVY LQMDSLRAD DTAVYFCAKQ GATILSSFES WGQGSLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVKLLESGGG LIQPGDSLRL SCAASGFTFS TFAMSWVRQA PGKGLEWVSV ITSTGSSADY ADSVKGRFTM SRDNSKNTVY LQMDSLRAD DTAVYFCAKQ GATILSSFES WGQGSLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSC

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分子 #3: Light chain Fab rPIV3-28

分子名称: Light chain Fab rPIV3-28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.592119 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASIGDRVT ITCQASQDID KYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNFETGVPS RFSGSGSGTY FTFTISSLQA EDIATYYCQ QYDDLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASIGDRVT ITCQASQDID KYLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNFETGVPS RFSGSGSGTY FTFTISSLQA EDIATYYCQ QYDDLPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLRSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: Heavy chain Fab rPIV3-23

分子名称: Heavy chain Fab rPIV3-23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.95298 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLQESGPG LVRPSQTLSL TCSVSGASIT DDLNRWSWIR QHPGKGLECV GYISYSGTTY YNPSLQGRLS ISLDTSRNQV SLKLTSVTA ADTAVYFCAR APIIMSSPSW GLYDQDYVPM DVWGQGTTVF VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
QVQLQESGPG LVRPSQTLSL TCSVSGASIT DDLNRWSWIR QHPGKGLECV GYISYSGTTY YNPSLQGRLS ISLDTSRNQV SLKLTSVTA ADTAVYFCAR APIIMSSPSW GLYDQDYVPM DVWGQGTTVF VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSC

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分子 #5: Light chain Fab rPIV3-23

分子名称: Light chain Fab rPIV3-23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.309943 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERVT LSCRASQSVG SDLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA KFSGSGSGTE FTLTISGLQS EDFALYYCH QYNNWWTFGL GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
DIVMTQSPAT LSVSPGERVT LSCRASQSVG SDLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA KFSGSGSGTE FTLTISGLQS EDFALYYCH QYNNWWTFGL GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLRSPVTKSF NRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47827
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る