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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4145 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of the ER membrane-associated ribosome from FIB-milled C. reinhardtii cells | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of the ER membrane-associated ribosome from FIB-milled C. reinhardtii cells | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfeffer S / Schaffer M / Albert S / Engel BD / Foerster F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Dissecting the molecular organization of the translocon-associated protein complex. 著者: Stefan Pfeffer / Johanna Dudek / Miroslava Schaffer / Bobby G Ng / Sahradha Albert / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Richard Zimmermann / Hudson H Freeze / Benjamin D Engel / Friedrich Förster / 要旨: In eukaryotic cells, one-third of all proteins must be transported across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the ER protein translocon. The translocon-associated protein ...In eukaryotic cells, one-third of all proteins must be transported across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the ER protein translocon. The translocon-associated protein (TRAP) complex is an integral component of the translocon, assisting the Sec61 protein-conducting channel by regulating signal sequence and transmembrane helix insertion in a substrate-dependent manner. Here we use cryo-electron tomography (CET) to study the structure of the native translocon in evolutionarily divergent organisms and disease-linked TRAP mutant fibroblasts from human patients. The structural differences detected by subtomogram analysis form a basis for dissecting the molecular organization of the TRAP complex. We assign positions to the four TRAP subunits within the complex, providing insights into their individual functions. The revealed molecular architecture of a central translocon component advances our understanding of membrane protein biogenesis and sheds light on the role of TRAP in human congenital disorders of glycosylation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4145.map.gz | 25.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4145-v30.xml emd-4145.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4145.png | 67.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4145 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4145_validation.pdf.gz | 243.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4145_full_validation.pdf.gz | 243 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4145_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4145 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of the ER membrane-associated ribosome from FIB-milled C. reinhardtii cells | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ER membrane-associated ribosome from FIB-milled C. reinhardtii cells
全体 | 名称: ER membrane-associated ribosome from FIB-milled C. reinhardtii cells |
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要素 |
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-超分子 #1: ER membrane-associated ribosome from FIB-milled C. reinhardtii cells
超分子 | 名称: ER membrane-associated ribosome from FIB-milled C. reinhardtii cells タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
詳細 | Whole cells were vitrified by plunge-freezing and thinned by focused ion beam milling. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PyTom / 使用したサブトモグラム数: 8070 |
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抽出 | トモグラム数: 65 / 使用した粒子像数: 8070 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |