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万見
- EMDB-41363: Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41363
タイトルCryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Complex of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 5
    • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1
キーワードE3 ligase / protein degradation / cryo-EM / WD40 / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex ...negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / viral release from host cell / cullin family protein binding / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of double-strand break / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DDB1- and CUL4-associated factor 8-like / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...DDB1- and CUL4-associated factor 8-like / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-binding protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 5 / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Yue H / Hunkeler M / Roy Burman SS / Fischer ES
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
The Mark Foundation6331505 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Targeting DCAF5 suppresses SMARCB1-mutant cancer by stabilizing SWI/SNF.
著者: Sandi Radko-Juettner / Hong Yue / Jacquelyn A Myers / Raymond D Carter / Alexis N Robertson / Priya Mittal / Zhexin Zhu / Baranda S Hansen / Katherine A Donovan / Moritz Hunkeler / Wojciech ...著者: Sandi Radko-Juettner / Hong Yue / Jacquelyn A Myers / Raymond D Carter / Alexis N Robertson / Priya Mittal / Zhexin Zhu / Baranda S Hansen / Katherine A Donovan / Moritz Hunkeler / Wojciech Rosikiewicz / Zhiping Wu / Meghan G McReynolds / Shourya S Roy Burman / Anna M Schmoker / Nada Mageed / Scott A Brown / Robert J Mobley / Janet F Partridge / Elizabeth A Stewart / Shondra M Pruett-Miller / Behnam Nabet / Junmin Peng / Nathanael S Gray / Eric S Fischer / Charles W M Roberts /
要旨: Whereas oncogenes can potentially be inhibited with small molecules, the loss of tumour suppressors is more common and is problematic because the tumour-suppressor proteins are no longer present to ...Whereas oncogenes can potentially be inhibited with small molecules, the loss of tumour suppressors is more common and is problematic because the tumour-suppressor proteins are no longer present to be targeted. Notable examples include SMARCB1-mutant cancers, which are highly lethal malignancies driven by the inactivation of a subunit of SWI/SNF (also known as BAF) chromatin-remodelling complexes. Here, to generate mechanistic insights into the consequences of SMARCB1 mutation and to identify vulnerabilities, we contributed 14 SMARCB1-mutant cell lines to a near genome-wide CRISPR screen as part of the Cancer Dependency Map Project. We report that the little-studied gene DDB1-CUL4-associated factor 5 (DCAF5) is required for the survival of SMARCB1-mutant cancers. We show that DCAF5 has a quality-control function for SWI/SNF complexes and promotes the degradation of incompletely assembled SWI/SNF complexes in the absence of SMARCB1. After depletion of DCAF5, SMARCB1-deficient SWI/SNF complexes reaccumulate, bind to target loci and restore SWI/SNF-mediated gene expression to levels that are sufficient to reverse the cancer state, including in vivo. Consequently, cancer results not from the loss of SMARCB1 function per se, but rather from DCAF5-mediated degradation of SWI/SNF complexes. These data indicate that therapeutic targeting of ubiquitin-mediated quality-control factors may effectively reverse the malignant state of some cancers driven by disruption of tumour suppressor complexes.
履歴
登録2023年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41363.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.56
最小 - 最大-6.986462 - 9.605305
平均 (標準偏差)-0.00009647099 (±0.19270463)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41363_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: main map postprocessed with deepEMhancer

ファイルemd_41363_additional_1.map
注釈main map postprocessed with deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_41363_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_41363_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5

全体名称: Complex of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5
要素
  • 複合体: Complex of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 5
    • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1

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超分子 #1: Complex of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5

超分子名称: Complex of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.425586 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SAAHIVMVDA YKPTKGGRMS YNYVVTAQKP TAVNGCVTGH FTSAEDLNLL IAKNTRLEIY VVTAEGLRPV KEVGMYGKI AVMELFRPKG ESKDLLFILT AKYNACILEY KQSGESIDII TRAHGNVQDR IGRPSETGII GIIDPECRMI G LRLYDGLF ...文字列:
MGSSHHHHHH SAAHIVMVDA YKPTKGGRMS YNYVVTAQKP TAVNGCVTGH FTSAEDLNLL IAKNTRLEIY VVTAEGLRPV KEVGMYGKI AVMELFRPKG ESKDLLFILT AKYNACILEY KQSGESIDII TRAHGNVQDR IGRPSETGII GIIDPECRMI G LRLYDGLF KVIPLDRDNK ELKAFNIRLE ELHVIDVKFL YGCQAPTICF VYQDPQGRHV KTYEVSLREK EFNKGPWKQE NV EAEASMV IAVPEPFGGA IIIGQESITY HNGDKYLAIA PPIIKQSTIV CHNRVDPNGS RYLLGDMEGR LFMLLLEKEE QMD GTVTLK DLRVELLGET SIAECLTYLD NGVVFVGSRL GDSQLVKLNV DSNEQGSYVV AMETFTNLGP IVDMCVVDLE RQGQ GQLVT CSGAFKEGSL RIIRNGIGGN GNSGEIQKLH IRTVPLYESP RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSA STQA LSSSVSSSKL FSSSTAPHET SFGEEVEVHN LLIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMV YPE EAEPKQGRIV VFQYSDGKLQ TVAEKEVKGA VYSMVEFNGK LLASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKT KG DFILVGDLMR SVLLLAYKPM EGNFEEIARD FNPNWMSAVE ILDDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVG L FHLGEFVNVF CHGSLVMQNL GETSTPTQGS VLFGTVNGMI GLVTSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSF HTERKTEPAT GFIDGDLIES FLDISRPKMQ EVVANLQYDD GSGMKREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1, DNA damage-binding protein 1

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分子 #2: DDB1- and CUL4-associated factor 5

分子名称: DDB1- and CUL4-associated factor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.948688 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVGLNDIFE AQKIEWHEGG GGSGENLYFQ GGGRMKRRAG LGGSMRSVVG FLSQRGLHGD PLLTQDFQRR RLRGCRNLY KKDLLGHFGC VNAIEFSNNG GQWLVSGGDD RRVLLWHMEQ AIHSRVKPIQ LKGEHHSNIF CLAFNSGNTK V FSGGNDEQ ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVGLNDIFE AQKIEWHEGG GGSGENLYFQ GGGRMKRRAG LGGSMRSVVG FLSQRGLHGD PLLTQDFQRR RLRGCRNLY KKDLLGHFGC VNAIEFSNNG GQWLVSGGDD RRVLLWHMEQ AIHSRVKPIQ LKGEHHSNIF CLAFNSGNTK V FSGGNDEQ VILHDVESSE TLDVFAHEDA VYGLSVSPVN DNIFASSSDD GRVLIWDIRE SPHGEPFCLA NYPSAFHSVM FN PVEPRLL ATANSKEGVG LWDIRKPQSS LLRYGGNLSL QSAMSVRFNS NGTQLLALRR RLPPVLYDIH SRLPVFQFDN QGY FNSCTM KSCCFAGDRD QYILSGSDDF NLYMWRIPAD PEAGGIGRVV NGAFMVLKGH RSIVNQVRFN PHTYMICSSG VEKI IKIWS PYKQPGCTGD LDGRIEDDSR CLYTHEEYIS LVLNSGSGLS HDYANQSVQE DPRMMAFFDS LVRREIEGWS SDSDS DLSE STILQLHAGV SERSGYTDSE SSASLPRSPP PTVDESADNA FHLGPLRVTT TNTVASTPPT PTCEDAASRQ QRLSAL RRY QDKRLLALSN ESDSEENVCE VELDTDLFPR PRSPSPEDES SSSSSSSSSE DEEELNERRA STWQRNAMRR RQKTTRE DK PSAPIKPTNT YIGEDNYDYP QIKVDDLSSS PTSSPERSTS TLEIQPSRAS PTSDIESVER KIYKAYKWLR YSYISYSN N KDGETSLVTG EADEGRAGTS HKDNPAPSSS KEACLNIAMA QRNQDLPPEG CSKDTFKEET PRTPSNGPGH EHSSHAWAE VPEGTSQDTG NSGSVEHPFE TKKLNGKALS SRAEEPPSPP VPKASGSTLN SGSGNCPRTQ SDDSEERSLE TICANHNNGR LHPRPPHPH NNGQNLGELE VVAYSSPGHS DTDRDNSSLT GTLLHKDCCG SEMACETPNA GTREDPTDTP ATDSSRAVHG H SGLKRQRI ELEDTDSENS SSEKKLKT

UniProtKB: DDB1- and CUL4-associated factor 5

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分子 #3: DET1- and DDB1-associated protein 1

分子名称: DET1- and DDB1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.542154 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGGRMADFLK GLPVYNKSNF SRFHADSVCK ASNRRPSVYL PTREYPSEQI IVTEKTNILL RYLHQQWDK KNAAKKRDQE QVELEGESSA PPRKVARTDS PDMHEDT

UniProtKB: DET1- and DDB1-associated protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPES2-[4-(2-Hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethane-1-sulfonic acid

詳細: 25mM HEPES, pH 7.4, 200mM NaCl, 4mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 3.9e-05 kPa
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1072 / 平均露光時間: 4.494 sec. / 平均電子線量: 53.349 e/Å2 / 詳細: 50 frames per movie
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1404938
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.1.2) / 使用した粒子像数: 547805
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2) / 詳細: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 230000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6q0r

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6q0r

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: B, source_name: RoseTTAFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 97
得られたモデル

PDB-8tl6:
Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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