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- EMDB-41328: Human Type 3 IP3 Receptor - ARM2 Retraction Figure 4C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41328
タイトルHuman Type 3 IP3 Receptor - ARM2 Retraction Figure 4C
マップデータIP3 Receptor - hIP3R3 ARM2 Retraction Figure 4C - Consensus Refinement
試料
  • 複合体: Human Type 3 IP3 Receptor
    • タンパク質・ペプチド: Human Type 3 IP3 Receptor
キーワードIon Channel / Calcium Channel / Endoplasmic Reticulum / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception of bitter taste / DAG and IP3 signaling / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / sensory perception of umami taste / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of sweet taste / platelet dense tubular network membrane / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / PLC beta mediated events ...sensory perception of bitter taste / DAG and IP3 signaling / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / sensory perception of umami taste / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of sweet taste / platelet dense tubular network membrane / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / PLC beta mediated events / inositol hexakisphosphate binding / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / nuclear outer membrane / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / intracellularly gated calcium channel activity / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / brush border / Role of phospholipids in phagocytosis / calcium ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / Ion homeostasis / FCERI mediated Ca+2 mobilization / phosphatidylinositol binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / secretory granule membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / VEGFR2 mediated cell proliferation / sarcoplasmic reticulum / Regulation of insulin secretion / long-term synaptic potentiation / memory / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to calcium ion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / sensory perception of taste / apical part of cell / myelin sheath / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif ...Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Paknejad N / Sapuru V / Hite RK
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM13230704 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA008748 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA243235 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural titration reveals Ca-dependent conformational landscape of the IP receptor.
著者: Navid Paknejad / Vinay Sapuru / Richard K Hite /
要旨: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptors (IPRs) are endoplasmic reticulum Ca channels whose biphasic dependence on cytosolic Ca gives rise to Ca oscillations that regulate fertilization, cell division ...Inositol 1,4,5-trisphosphate receptors (IPRs) are endoplasmic reticulum Ca channels whose biphasic dependence on cytosolic Ca gives rise to Ca oscillations that regulate fertilization, cell division and cell death. Despite the critical roles of IPR-mediated Ca responses, the structural underpinnings of the biphasic Ca dependence that underlies Ca oscillations are incompletely understood. Here, we collect cryo-EM images of an IPR with Ca concentrations spanning five orders of magnitude. Unbiased image analysis reveals that Ca binding does not explicitly induce conformational changes but rather biases a complex conformational landscape consisting of resting, preactivated, activated, and inhibited states. Using particle counts as a proxy for relative conformational free energy, we demonstrate that Ca binding at a high-affinity site allows IPRs to activate by escaping a low-energy resting state through an ensemble of preactivated states. At high Ca concentrations, IPRs preferentially enter an inhibited state stabilized by a second, low-affinity Ca binding site. Together, these studies provide a mechanistic basis for the biphasic Ca-dependence of IPR channel activity.
履歴
登録2023年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41328.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IP3 Receptor - hIP3R3 ARM2 Retraction Figure 4C - Consensus Refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.44849193 - 1.0175757
平均 (標準偏差)-0.0008459798 (±0.031019483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 422.912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: IP3 Receptor - hIP3R3 ARM2 Retraction Figure 4C...

ファイルemd_41328_half_map_1.map
注釈IP3 Receptor - hIP3R3 ARM2 Retraction Figure 4C - Consensus Refinement - Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IP3 Receptor - hIP3R3 ARM2 Retraction Figure 4C...

ファイルemd_41328_half_map_2.map
注釈IP3 Receptor - hIP3R3 ARM2 Retraction Figure 4C - Consensus Refinement - Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Type 3 IP3 Receptor

全体名称: Human Type 3 IP3 Receptor
要素
  • 複合体: Human Type 3 IP3 Receptor
    • タンパク質・ペプチド: Human Type 3 IP3 Receptor

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超分子 #1: Human Type 3 IP3 Receptor

超分子名称: Human Type 3 IP3 Receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: In the presence of saturating IP3, ATP, and Ca2+ titrated from 1 nM to 10 um
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Human Type 3 IP3 Receptor

分子名称: Human Type 3 IP3 Receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEMSSFLHI GDIVSLYAEG SVNGFISTLG LVDDRCVVEP AAGDLDNPPK KFRDCLFKVC PMNRYSAQKQ YWKAKQTKQD KEKIADVVLL QKLQHAAQME QKQNDTENKK VHGDVVKYGS VIQLLHMKSN KYLTVNKRLP ALLEKNAMRV TLDATGNEGS WLFIQPFWKL ...文字列:
MSEMSSFLHI GDIVSLYAEG SVNGFISTLG LVDDRCVVEP AAGDLDNPPK KFRDCLFKVC PMNRYSAQKQ YWKAKQTKQD KEKIADVVLL QKLQHAAQME QKQNDTENKK VHGDVVKYGS VIQLLHMKSN KYLTVNKRLP ALLEKNAMRV TLDATGNEGS WLFIQPFWKL RSNGDNVVVG DKVILNPVNA GQPLHASNYE LSDNAGCKEV NSVNCNTSWK INLFMQFRDH LEEVLKGGDV VRLFHAEQEK FLTCDEYKGK LQVFLRTTLR QSATSATSSN ALWEVEVVHH DPCRGGAGHW NGLYRFKHLA TGNYLAAEEN PSYKGDASDP KAAGMGAQGR TGRRNAGEKI KYCLVAVPHG NDIASLFELD PTTLQKTDSF VPRNSYVRLR HLCTNTWIQS TNVPIDIEEE RPIRLMLGTC PTKEDKEAFA IVSVPVSEIR DLDFANDASS MLASAVEKLN EGFISQNDRR FVIQLLEDLV FFVSDVPNNG QNVLDIMVTK PNRERQKLMR EQNILKQVFG ILKAPFREKG GEGPLVRLEE LSDQKNAPYQ HMFRLCYRVL RHSQEDYRKN QEHIAKQFGM MQSQIGYDIL AEDTITALLH NNRKLLEKHI TKTEVETFVS LVRKNREPRF LDYLSDLCVS NHIAIPVTQE LICKCVLDPK NSDILIRTEL RPVKEMAQSH EYLSIEYSEE EVWLTWTDKN NEHHEKSVRQ LAQEARAGNA HDENVLSYYR YQLKLFARMC LDRQYLAIDE ISQQLGVDLI FLCMADEMLP FDLRASFCHL MLHVHVDRDP QELVTPVKFA RLWTEIPTAI TIKDYDSNLN ASRDDKKNKF ANTMEFVEDY LNNVVSEAVP FANEEKNKLT FEVVSLAHNL IYFGFYSFSE LLRLTRTLLG IIDCVQGPPA MLQAYEDPGG KNVRRSIQGV GHMMSTMVLS RKQSVFSAPS LSAGASAAEP LDRSKFEENE DIVVMETKLK ILEILQFILN VRLDYRISYL LSVFKKEFVE VFPMQDSGAD GTAPAFDSTT ANMNLDRIGE QAEAMFGVGK TSSMLEVDDE GGRMFLRVLI HLTMHDYAPL VSGALQLLFK HFSQRQEAMH TFKQVQLLIS AQDVENYKVI KSELDRLRTM VEKSELWVDK KGSGKGEEVE AGAAKDKKER PTDEEGFLHP PGEKSSENYQ IVKGILERLN KMCGVGEQMR KKQQRLLKNM DAHKVMLDLL QIPYDKGDAK MMEILRYTHQ FLQKFCAGNP GNQALLHKHL HLFLTPGLLE AETMQHIFLN NYQLCSEISE PVLQHFVHLL ATHGRHVQYL DFLHTVIKAE GKYVKKCQDM IMTELTNAGD DVVVFYNDKA SLAHLLDMMK AARDGVEDHS PLMYHISLVD LLAACAEGKN VYTEIKCTSL LPLEDVVSVV THEDCITEVK MAYVNFVNHC YVDTEVEMKE IYTSNHIWTL FENFTLDMAR VCSKREKRVA DPTLEKYVLS VVLDTINAFF SSPFSENSTS LQTHQTIVVQ LLQSTTRLLE CPWLQQQHKG SVEACIRTLA MVAKGRAILL PMDLDAHISS MLSSGASCAA AAQRNASSYK ATTRAFPRVT PTANQWDYKN IIEKLQDIIT ALEERLKPLV QAELSVLVDV LHWPELLFLE GSEAYQRCES GGFLSKLIQH TKDLMESEEK LCIKVLRTLQ QMLLKKTKYG DRGNQLRKML LQNYLQNRKS TSRGDLPDPI GTGLDPDWSA IAATQCRLDK EGATKLVCDL ITSTKNEKIF QESIGLAIHL LDGGNTEIQK SFHNLMMSDK KSERFFKVLH DRMKRAQQET KSTVAVNMND LGSQPHEDRE PVDPTTKGRV ASFSIPGSSS RYSLGPSLRR GHEVSERVQS SEMGTSVLIM QPILRFLQLL CENHNRDLQN FLRCQNNKTN YNLVCETLQF LDIMCGSTTG GLGLLGLYIN EDNVGLVIQT LETLTEYCQG PCHENQTCIV THESNGIDII TALILNDISP LCKYRMDLVL QLKDNASKLL LALMESRHDS ENAERILISL RPQELVDVIK KAYLQEEERE NSEVSPREVG HNIYILALQL SRHNKQLQHL LKPVKRIQEE EAEGISSMLS LNNKQLSQML KSSAPAQEEE EDPLAYYENH TSQIEIVRQD RSMEQIVFPV PGICQFLTEE TKHRLFTTTE QDEQGSKVSD FFDQSSFLHN EMEWQRKLRS MPLIYWFSRR MTLWGSISFN LAVFINIIIA FFYPYMEGAS TGVLDSPLIS LLFWILICFS IAALFTKRYS IRPLIVALIL RSIYYLGIGP TLNILGALNL TNKIVFVVSF VGNRGTFIRG YKAMVMDMEF LYHVGYILTS VLGLFAHELF YSILLFDLIY REETLFNVIK SVTRNGRSIL LTALLALILV YLFSIVGFLF LKDDFILEVD RLPNNHSTAS PLGMPHGAAA FVDTCSGDKM DCVSGLSVPE VLEEDRELDS TERACDTLLM CIVTVMNHGL RNGGGVGDIL RKPSKDESLF PARVVYDLLF FFIVIIIVLN LIFGVIIDTF ADLRSEKQKK EEILKTTCFI CGLERDKFDN KTVSFEEHIK LEHNMWNYLY FIVLVRVKNK TDYTGPESYV AQMIKNKNLD WFPRMRAMSL VSNEGEGEQN EIRILQDKLN STMKLVSHLT AQLNELKEQM TEQRKRRQRL GFVDVQNCIS R

UniProtKB: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 120 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.02% LMNG, 2 mM dithiothreitol, 2 mM EDTA, 2 mM EGTA, 2 mM BAPTA, 2 mM HEDTA, 1 mM ATP, 500 uM fluorinated fos-choline-8, 3 mM free Mg2+, 1-10000 nM free Ca2+
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Custom-made calcium free blotting paper (see publication for details)..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 17733 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
詳細: Images were collected at 0.826 A/px magnification on an FEI Krios with Gatan K3 detector at 15 e-/pix/sec with 3 sec exposure (0.05 sec/frame) for a total dose of 66 e-/A2 in automated ...詳細: Images were collected at 0.826 A/px magnification on an FEI Krios with Gatan K3 detector at 15 e-/pix/sec with 3 sec exposure (0.05 sec/frame) for a total dose of 66 e-/A2 in automated fashion using SerialEM. Five datasets were collected during the same session for each Ca2+ concentration on a series of grids that were prepared sequentially resulting in 637 movies at 1 nM, 2150 movies at 10 nM, 6126 movies at 100 nM, 1372 movies at 1 uM, and 3136 movies at 10 uM. A sixth dataset of 4312 movies collected at nominal 100 nM free Ca2+ from a grid prepared later in the sequence was collected as a technical replicate to assess experimental error.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.3 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.7000000000000001 µm
照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 62262
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Map to Model FSC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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