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万見
- EMDB-41314: Structure of Gabija AB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41314
タイトルStructure of Gabija AB complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetramer of Gabija protein A
    • タンパク質・ペプチド: Endonuclease GajA
    • タンパク質・ペプチド: Gabija protein GajB
キーワードAnti-phage defense / Tetramer / DNA recognition and cleavage / Viral infection / Bacterial immune system / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain, group 15 / : / Overcoming lysogenization defect protein-like, TOPRIM domain / OLD protein-like, TOPRIM domain / AAA ATPase domain / AAA domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. ...AAA domain, group 15 / : / Overcoming lysogenization defect protein-like, TOPRIM domain / OLD protein-like, TOPRIM domain / AAA ATPase domain / AAA domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease GajA / Gabija protein GajB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Shen ZF / Yang XY / Fu TM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of Gabija anti-phage supramolecular assemblies.
著者: Xiao-Yuan Yang / Zhangfei Shen / Jiale Xie / Jacelyn Greenwald / Ila Marathe / Qingpeng Lin / Wen Jun Xie / Vicki H Wysocki / Tian-Min Fu /
要旨: As one of the most prevalent anti-phage defense systems in prokaryotes, Gabija consists of a Gabija protein A (GajA) and a Gabija protein B (GajB). The assembly and function of the Gabija system ...As one of the most prevalent anti-phage defense systems in prokaryotes, Gabija consists of a Gabija protein A (GajA) and a Gabija protein B (GajB). The assembly and function of the Gabija system remain unclear. Here we present cryo-EM structures of Bacillus cereus GajA and GajAB complex, revealing tetrameric and octameric assemblies, respectively. In the center of the complex, GajA assembles into a tetramer, which recruits two sets of GajB dimer at opposite sides of the complex, resulting in a 4:4 GajAB supramolecular complex for anti-phage defense. Further biochemical analysis showed that GajA alone is sufficient to cut double-stranded DNA and plasmid DNA, which can be inhibited by ATP. Unexpectedly, the GajAB displays enhanced activity for plasmid DNA, suggesting a role of substrate selection by GajB. Together, our study defines a framework for understanding anti-phage immune defense by the GajAB complex.
履歴
登録2023年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41314.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.021269934 - 1.7937173
平均 (標準偏差)0.0009982788 (±0.02232983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41314_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41314_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of Gabija protein A

全体名称: Tetramer of Gabija protein A
要素
  • 複合体: Tetramer of Gabija protein A
    • タンパク質・ペプチド: Endonuclease GajA
    • タンパク質・ペプチド: Gabija protein GajB

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超分子 #1: Tetramer of Gabija protein A

超分子名称: Tetramer of Gabija protein A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus cereus (バクテリア)

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分子 #1: Endonuclease GajA

分子名称: Endonuclease GajA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Bacillus cereus (バクテリア)
分子量理論値: 67.079469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKFSNITIKN FRNFEKVNIN LDNKNVIFGM NDIGKTNFLY ALRFLLDKEI RKFGFNKSDY HKHDTSKKIE IILTLDLSNY EKDEDTKKL ISVVKGARTS ANADVFYIAL ESKYDDKELY GNIILKWGSE LDNLIDIPGR GNINALDNVF KVIYINPLVD L DKLFAQNK ...文字列:
MKFSNITIKN FRNFEKVNIN LDNKNVIFGM NDIGKTNFLY ALRFLLDKEI RKFGFNKSDY HKHDTSKKIE IILTLDLSNY EKDEDTKKL ISVVKGARTS ANADVFYIAL ESKYDDKELY GNIILKWGSE LDNLIDIPGR GNINALDNVF KVIYINPLVD L DKLFAQNK KYIFEESQGN ESDEGILNNI KSLTDQVNQQ IGEMTIIKGF QQEITSEYRS LKKEEVSIEL KSEMAIKGFF SD IIPYIKK DGDSNYYPTS GDGRRKMLSY SIYNYLAKKK YEDKIVIYLI EEPEISLHRS MQIALSKQLF EQSTYKYFFL STH SPELLY EMDNTRLIRV HSTEKVVCSS HMYNVEEAYG SVKKKLNKAL SSALFAERVL LIEGPSEKIL FEKVLDEVEP EYEL NGGFL LEVGGTYFNH YVCTLNDLGI THIIKTDNDL KSKKGKKGVY ELLGLNRCLN LLGRENLDEI TIDIPEDIKG KKKKE RLNE RKKEIFKQYK NEVGEFLGER IYLSEIDLEN DLYSAIGESM KRIFENEDPV HYLQKSKLFN MVELVNNLST KDCFDV FEH EKFACLKELV GSDRG

UniProtKB: Endonuclease GajA

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分子 #2: Gabija protein GajB

分子名称: Gabija protein GajB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus cereus (バクテリア)
分子量理論値: 57.139992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSREQIIKDG GNILVTAGAG SGKTTILVSK IEADLKENKT HYSIAAVTFT NKAAKEIEGR LGYSSRGNFI GTNDGFVESE IIRPFIKDA FGNDYPDNFT AEYFDNQFAS YDKGLQVLKY QNILGTYSNP KKNFKFQLAL DILKKSLVAR QYIFSKYFKI F IDEYQDSD ...文字列:
MSREQIIKDG GNILVTAGAG SGKTTILVSK IEADLKENKT HYSIAAVTFT NKAAKEIEGR LGYSSRGNFI GTNDGFVESE IIRPFIKDA FGNDYPDNFT AEYFDNQFAS YDKGLQVLKY QNILGTYSNP KKNFKFQLAL DILKKSLVAR QYIFSKYFKI F IDEYQDSD KDMHNLFMYL KDQLKIKLFI VGDPKQSIYI WRGAEPENFN GLIENSTDFN KYHLTSNFRC CQDIQNYSNL FN EETRSLI KEKNEVQNVI SIADDMPISD ILLKLTEEKQ VLNIEAELVI LVRRRNQAIE IMKELNEEGF NFIFIPQTPL DRA TPNATL LKEVIKYVKN DRYSIYDLAA EIVGNLSSRE IKEIQKIINE LLVPNINQVL INQVLINLFA KLEITLDTRE ITAF TEVMM TNEFDIAFDT NEYLHKIFTV HSAKGLEFNQ VIITASDYNV HYNRDTNEHY VATTRAKDKL IVIMDNKKYS DYIET LMKE LKIKNIIKSI

UniProtKB: Gabija protein GajB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 942091
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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