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- EMDB-41311: Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41311
タイトルTetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA
    • Other: DNA/RNA (416-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRibozyme / xrRNA / Scaffold / RNA
生物種Tetrahymena (真核生物) / Tamana bat virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Langeberg CJ / Kieft JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)7R35GM118070-08 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: A generalizable scaffold-based approach for structure determination of RNAs by cryo-EM.
著者: Conner J Langeberg / Jeffrey S Kieft /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) can reveal the structures of large and often dynamic molecules, but smaller biomolecules (≤50 kDa) remain challenging targets due to their ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) can reveal the structures of large and often dynamic molecules, but smaller biomolecules (≤50 kDa) remain challenging targets due to their intrinsic low signal to noise ratio. Methods to help resolve small proteins have been applied but development of similar approaches to aid in structural determination of small, structured RNA elements have lagged. Here, we present a scaffold-based approach that we used to recover maps of sub-25 kDa RNA domains to 4.5-5.0 Å. While lacking the detail of true high-resolution maps, these maps are suitable for model building and preliminary structure determination. We demonstrate this method helped faithfully recover the structure of several RNA elements of known structure, and that it promises to be generalized to other RNAs without disturbing their native fold. This approach may streamline the sample preparation process and reduce the optimization required for data collection. This first-generation scaffold approach provides a robust system to aid in RNA structure determination by cryo-EM and lays the groundwork for further scaffold optimization to achieve higher resolution.
履歴
登録2023年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41311.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8255 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.18342358 - 0.96454763
平均 (標準偏差)0.00008357793 (±0.015280991)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 422.656 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41311_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41311_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA

全体名称: Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA
要素
  • 複合体: Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA
    • Other: DNA/RNA (416-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA

超分子名称: Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Tetrahymena (真核生物)

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分子 #1: DNA/RNA (416-MER)

分子名称: DNA/RNA (416-MER) / タイプ: other / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
由来(天然)生物種: Tamana bat virus (ウイルス)
分子量理論値: 134.331484 KDa
配列文字列: GGCAAGGUAC GGCAUAUGGA UGCAGUUCAC AGACUAAAUG UCGGUCGGGG AAGAUGUAUU CUUCUCAUAA GAUAUAGUCG GACCUCUCC UUAAUGGGAG CUAGCGGAUG AAGUGAUGCA ACACUGGAGC CGCUGGGAAC UAAUUUGUAU GCGAAAGUAU A UUGAUUAG ...文字列:
GGCAAGGUAC GGCAUAUGGA UGCAGUUCAC AGACUAAAUG UCGGUCGGGG AAGAUGUAUU CUUCUCAUAA GAUAUAGUCG GACCUCUCC UUAAUGGGAG CUAGCGGAUG AAGUGAUGCA ACACUGGAGC CGCUGGGAAC UAAUUUGUAU GCGAAAGUAU A UUGAUUAG UUUUGGAG(DG)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DA)AAGUU AUCAGGCAUG CACCUGGUAG CUAGUCUUUA A ACCAAUAG AUUGCAUCGG UUUAAAAGGC AAGACCGUCA AAUUGCGGGA AAGGGGUCAA CAGCCGUUCA GUACCAAGUC UC AGGGGAA ACUUUGAGAU GGCCUUGCAA AGGGUAUGGU AAUAAGCUGA CGGACAUGGU CCUAACCACG CAGCCAAGUC CUA AGUGCC GUAGGGGCUU GAGAACCCCC CCUCCCCACU C
組換発現生物種: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 27 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 6 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ez0

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 217887
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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