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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41257 | |||||||||
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タイトル | Purified arrayed human chromatin | |||||||||
マップデータ | Purified Arrayed Human Chromatin (Weighted Backprojection) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Chromatin / Tomogram / denoise / segmentation / DNA | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Swulius MT | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Rapid Synthesis of Cryo-ET Data for Training Deep Learning Models. 著者: Purnell C / Heebner J / Hylton RH / Kabonick S / Grillo M / Grigoryev S / Heberle F / Waxham NM / Swulius MT | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41257.map.gz | 95.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41257-v30.xml emd-41257.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41257.png | 231.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41257.cif.gz | 3.4 KB | ||
その他 | emd_41257_additional_1.map.gz emd_41257_additional_2.map.gz | 29.4 MB 1016 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41257 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41257_validation.pdf.gz | 445.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41257_full_validation.pdf.gz | 445.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41257_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41257_validation.cif.gz | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41257 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41257.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 142 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Purified Arrayed Human Chromatin (Weighted Backprojection) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.6 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Purified Arrayed Human Chromatin (Regression Denoised)
ファイル | emd_41257_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Purified Arrayed Human Chromatin (Regression Denoised) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Purified Arrayed Human Chromatin (Greyscale Segmentation)
ファイル | emd_41257_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Purified Arrayed Human Chromatin (Greyscale Segmentation) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Purified Arrayed Human Chromatin
全体 | 名称: Purified Arrayed Human Chromatin |
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要素 |
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-超分子 #1: Purified Arrayed Human Chromatin
超分子 | 名称: Purified Arrayed Human Chromatin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Weighted Backprojection, Regression Denoised, and Greyscale Segmentation |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Ted Pella / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 5.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 24 |
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