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- EMDB-41251: Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41251
タイトルLinker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
マップデータPrimary map
試料
  • 細胞: Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
キーワードnexin-dynein regulatory complex / cilia / axoneme / dynein / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / axonemal dynein complex / cilium-dependent cell motility / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cilium organization / motile cilium / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body ...regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / axonemal dynein complex / cilium-dependent cell motility / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cilium organization / motile cilium / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body / cell motility / cilium / small GTPase binding / cell migration / lamellipodium / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / calcium ion binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil domain-containing protein 153 / : / Dynein regulatory complex subunit 7 / Dynein regulatory complex protein 10 / : / Domain of unknown function DUF4201 / Dynein regulatory complex protein 9 / : / Domain of unknown function (DUF4201) / Growth arrest-specific protein 8 domain ...Coiled-coil domain-containing protein 153 / : / Dynein regulatory complex subunit 7 / Dynein regulatory complex protein 10 / : / Domain of unknown function DUF4201 / Dynein regulatory complex protein 9 / : / Domain of unknown function (DUF4201) / Growth arrest-specific protein 8 domain / Growth arrest-specific protein 8 / Dynein regulatory complex protein 1/2, N-terminal / Dynein regulatory complex protein / : / Growth-arrest specific micro-tubule binding / Sperm tail / : / CAP superfamily / : / EF-hand domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / IQ motif profile. / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Papain-like cysteine peptidase superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein regulatory complex protein 10 / Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / AAA family ATPase CDC48 subfamily protein / Cilia- and flagella-associated protein 184 / Calmodulin 7-2 / Dynein regulatory complex subunit 3 / Coiled-coil lobo-like protein, putative / Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein / Dynein regulatory complex protein 12 / Dynein regulatory complex protein 9 ...Dynein regulatory complex protein 10 / Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / AAA family ATPase CDC48 subfamily protein / Cilia- and flagella-associated protein 184 / Calmodulin 7-2 / Dynein regulatory complex subunit 3 / Coiled-coil lobo-like protein, putative / Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein / Dynein regulatory complex protein 12 / Dynein regulatory complex protein 9 / Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / Flagellar associated protein / Kinase domain protein / Dynein regulatory complex subunit 2 / EF-hand calcium-binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Ghanaeian AG / Bui KH
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Integrated modeling of the Nexin-dynein regulatory complex reveals its regulatory mechanism.
著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M ...著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M Marcotte / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui /
要旨: Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein ...Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein regulatory complex (N-DRC), which links adjacent doublet microtubules and regulates and coordinates the activity of outer doublet complexes. Despite its critical role in cilia motility, the assembly and molecular basis of the regulatory mechanism are poorly understood. Here, using cryo-electron microscopy in conjunction with biochemical cross-linking and integrative modeling, we localize 12 DRC subunits in the N-DRC structure of Tetrahymena thermophila. We also find that the CCDC96/113 complex is in close contact with the DRC9/10 in the linker region. In addition, we reveal that the N-DRC is associated with a network of coiled-coil proteins that most likely mediates N-DRC regulatory activity.
履歴
登録2023年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 43.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.74 Å/pix.
x 208 pix.
= 569.92 Å		2.74 Å/pix.
x 211 pix.
= 578.14 Å		2.74 Å/pix.
x 258 pix.
= 706.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0217
最小 - 最大-0.09863708 - 0.17370053
平均 (標準偏差)0.00037829683 (±0.006335534)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-43-1-13
サイズ211258208
Spacing258211208
セルA: 706.92 Å / B: 578.14 Å / C: 569.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41251_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_41251_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_41251_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena...

全体名称: Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
要素
  • 細胞: Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin 7-2
    • タンパク質・ペプチド: LRRC48 protein
    • タンパク質・ペプチド: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Kinase domain protein
    • タンパク質・ペプチド: EF-hand calcium-binding domain protein
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex protein 10
    • タンパク質・ペプチド: AAA family ATPase CDC48 subfamily protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF4201 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil domain-containing protein 153
  • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil lobo-like protein, putative

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超分子 #1: Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena...

超分子名称: Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #14, #3-#7, #9-#13, #1-#2, #15
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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分子 #1: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containin...

分子名称: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 98.840125 KDa
配列文字列: MNPSQTQKGK IQIQVSRGSI DLLVRTMYED INNIKLKNER FQKKKRAEDE RRRRERYAEI QQEAIASGKK NAALEMKWAE LKELDECEE LNREMQDQQQ TFQQIIEGKE NLRKEFEEEL KRKDDEYVKM LKEQSNDIKD MISKMRSQFY KIRDANMQEL E DIERHFEQ ...文字列:
MNPSQTQKGK IQIQVSRGSI DLLVRTMYED INNIKLKNER FQKKKRAEDE RRRRERYAEI QQEAIASGKK NAALEMKWAE LKELDECEE LNREMQDQQQ TFQQIIEGKE NLRKEFEEEL KRKDDEYVKM LKEQSNDIKD MISKMRSQFY KIRDANMQEL E DIERHFEQ ERSNLLNEFK AKIQATFKKH LDLEEQYVKE HAKTEEEQTK NIEDLRIKGA KHYAELKITM ETEIQDLEKC FE DMKALYQ LITEKLDYSL KVLQEKFHEN NSMCDELKRK ENNFKNRLKQ LTKDYKQYDK KFKLENKNLT QEYKRIIRQF KEL QKKFKH FEKADLDKYS EIQKMNEAEV KELKDKIIKC NITIHIQQLG MQWIPPQSEE EILAQQKLQL EQGGKAEEEE EREF EFCIS EIKIGEICNI ILEEADFLID DKLREELEGS AEPEQIFQRL DCIKKCLYID SEDEMNLFFR ELITKCRVKS AEEIE EEAR KQLLLLGLIK EAEENENPEG EEVQQQEGAQ QKKKEEGNKK DDPKGKEGAK DSKENANPQG QNKSNQDERK KKKDGQ DDH AGQGQGQYDS NQGGMGENQE EGENAEGQEN LEGEIEKEID LENTQINLNE VVKFLQNWQA NKDKRKEKLE KESSKKA VK QETEREKKER IAREGKKYWE KLTQVLPERT FRIWNVNFFK FSFEKQILLN QINKLRFWTD LCPNIMNFFW TDKNQSKK P VNCITKMKNQ RIFQINTYKL IMNLLSALQD SLIQIKDKDD FIQTKISTNL FTFHNFQILL QIFIVNQSFL FIRLCQSYS KKIILLIKNI NQKLFNLSNF KNQFSF

UniProtKB: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #2: Coiled-coil protein, putative

分子名称: Coiled-coil protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 60.596348 KDa
配列文字列: MALLGKTLKG RSTRPGGIPQ KRNIKWRQLA KNQEEFDQLK QLAKMKREGL KARIKDEQKV VTFNKKKLIT YWRKIMRIAK TEQLKNEID IYSQNNQREL DSKEAFIQML DKNLDEAEDQ FQIALRNHLI HIENLMQLQE ARMRGLAEEF NRDVNILETE F DLEREEMV ...文字列:
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UniProtKB: Dynein regulatory complex subunit 2

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分子 #3: LRRC48 protein

分子名称: LRRC48 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 68.009617 KDa
配列文字列: MSNYISNYVQ STIVTKTVQN KDKKTGKNSV DPRVINEQLI LDAVKQFNQE NNKITTENII LQQLRQLQLS FKNILKIQHL QGLERLEKL QLDNNIIEKI ENIDHLVNLK WLDLSFNCIK KIEGLDKLKE LTDLSLFNNY IEKIEGLHNN TKLNVFSIGN N RLKSYEEI ...文字列:
MSNYISNYVQ STIVTKTVQN KDKKTGKNSV DPRVINEQLI LDAVKQFNQE NNKITTENII LQQLRQLQLS FKNILKIQHL QGLERLEKL QLDNNIIEKI ENIDHLVNLK WLDLSFNCIK KIEGLDKLKE LTDLSLFNNY IEKIEGLHNN TKLNVFSIGN N RLKSYEEI TLYFGYKPRG EEGTNDRPEF KRLQVLNVSG NPFTKDKENE YKNHIICAIP NLKYLDYVFI DEGDRQLIRQ DE QISNSYN FTTTDYYQQM QAQEQKEEMD RQTLKKKKDA RMDILDNLKD EYLKIEDLQR VKIIKPNQIN EEIEKYCGKI NDH VVEMQA AVIQKHQLIL QEMSKTEVSY KEQEALHEKE TLQILKEFEH EKKVEFRNWE KEAANGDAKK EESRLKTLLQ KTTS LKNKL MDIEIQLVEE LEAIFTDYDT KKKETAWKDI EEIIVLGQKK IEEENVKFYS NLNVIKNKEE ANYNSTQQQQ LEEEN NEED DEKASLLENK EQLAQMIGNI KETLIDSHTK IILSAQMELQ KDLAEYAKQQ KNKMYERNRK NISQIIAQID AYQTEI NEK LKQGDDESDH EN

UniProtKB: Dynein regulatory complex subunit 3

+
分子 #4: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

分子名称: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 56.190844 KDa
配列文字列: MSKAAKAKKN VPVVSKLEAD ARKAAEGVND NESEEFKKAM RKEARALVEQ FNEEKKLLAF YQQERQKINY NWIIAKKELE DKKSELINK EREIQDLQEN HFMTLNVYKQ KIKHLLFQNQ DQQSELKKDV EVTLKQLEDQ HRIKSRELKT DVRSLKVTKK E QEISQQDY ...文字列:
MSKAAKAKKN VPVVSKLEAD ARKAAEGVND NESEEFKKAM RKEARALVEQ FNEEKKLLAF YQQERQKINY NWIIAKKELE DKKSELINK EREIQDLQEN HFMTLNVYKQ KIKHLLFQNQ DQQSELKKDV EVTLKQLEDQ HRIKSRELKT DVRSLKVTKK E QEISQQDY LFALKSEHDK QMTLMRQDYE RQVNDIKRKY DLKMQNLTKE MEEARAAMIK QLEDNKNQKI AEIIKEHTQK YN DIKNYYS EITATNLDYR KTLKNEIKEL QTKDEEYKKT LQQTEKGYKE LNEPLQALGI EIIQLKKQDE EQEAIIKEKE ELK QKIDNQ ERLFRKLEYE YEVKLQQFQY LERERNALYA KFNQTVFEIH QKSGLENLIL EKKVTNLRED LEIKDLQIHQ VLTA ANIDP NSVGSINKSL EEVESLKNEL ISELQAQLKQ IRKAHSHMVK AYEGKLSEFV IPVEELGFDP LVPTNTD

UniProtKB: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

+
分子 #5: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

分子名称: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 55.393203 KDa
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UniProtKB: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein

+
分子 #6: Flagellar associated protein

分子名称: Flagellar associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 52.938457 KDa
配列文字列: MLAKKLALAR SQGKPDPFKK DEFPLLQHIA VEVVSQNYIL YPDLKGVPEN VRDTIISKIT TDLDILTMAP NIDQESFWQR ACKNRWEKS QKSINIEEHG RSWKVAYLER YMEEFLTNIQ NADDPNKKQI LQAELKAAAS WIHTLNLQNI NQNIDIDFIC K YLPLLTSL ...文字列:
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UniProtKB: Flagellar associated protein

+
分子 #7: Kinase domain protein

分子名称: Kinase domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 39.706977 KDa
配列文字列: MGDKKGKKKG GGEEDESTLQ LSRQYKKKCE LNGINPSKLF KEKLDFAVEE DENIEKIHLW EELGPVGVRS IMDSLTEIPY LHTKSIRLW KVKAQDEGTR TICNYMEKSK TIEYLDLMDN QVGSLGCEFL GRVLHPQIEI PLLKLKLDHN EFGTEGLMQL A AGLCMNSV ...文字列:
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UniProtKB: Kinase domain protein

+
分子 #8: Coiled-coil lobo-like protein, putative

分子名称: Coiled-coil lobo-like protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 101.225328 KDa
配列文字列: MDHNEGGYSH HQIEGQEGQQ QQAPVGGGGE DIFQVLENIT QVQNEKLKRC QEFKEQENIP RQYIENSPKE ELVLEHVIQF KRQFQYQLY YEDKRDLFLY PKNECDVYKF ICTTIRPTKL GFLELYDYQQ CSKYLSEFVQ YEELDPPNEF PLVIPSPTNV A VWQKGDCF ...文字列:
MDHNEGGYSH HQIEGQEGQQ QQAPVGGGGE DIFQVLENIT QVQNEKLKRC QEFKEQENIP RQYIENSPKE ELVLEHVIQF KRQFQYQLY YEDKRDLFLY PKNECDVYKF ICTTIRPTKL GFLELYDYQQ CSKYLSEFVQ YEELDPPNEF PLVIPSPTNV A VWQKGDCF DMSILLCSLL IGVGYDAYCV YGKAPREITT RNESLMECLF LEKGKYIEEN DKKPKQTLEQ NENALLKKPI AH SKWDQTQ ETKAREAEEE KRRIALTIND DEPDELLEDP YQGQRVHCWV LLRSGKRDVQ QNIFIEPSTG RMYSPSTCPY ECV DAVFNN LNFWINMKPE CEVKNLNFEE MDSSLNWEYV MLDTLLFNKG NGNDEEGNEN IDDPLNKQAQ RDPEQEQLQD IAQL LDMPP PWPPKIYIDK EKFLMGTPLG EGTVYYNKVK VDNYAPYSQP DGLVQKITIF QDYKRLKVKE YRYFYKHRSD KLSIR RRYP FEFKTIEEYE PQKYENKTIP QALQQWRQVI QIDRHLRIIK YYHNRNHDGL IERVEQIGEK TMMFYQNRDD RVIYRS IRF DNKRAPSSQN NDKVFQDNHV GDVQITKMTQ KFEKNPHYPA NEQIQKMVID LIKDKVIVYY HMNDGEITPI VKIYPRD SM HGFAKLNEPG GDNKIDDPLV QLENTKMVNL EKDCLNQLKQ QEKIARDDEK TIREGEIRLE KTLYDKARDR FKESSKKN D DDLAKDAAAS DYLYPYLEKR KLLGVSEINA QVAMEIKNEV MQKLKERLLS RAEIIQRRLE EQRQVLEQKE AQVAKRQEI DPKQEEEIRD INFKIDILEQ RALRFESMAL QKYEEMDNRL NKDARLAALH RK

UniProtKB: Coiled-coil lobo-like protein, putative

+
分子 #9: EF-hand calcium-binding domain protein

分子名称: EF-hand calcium-binding domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 22.062066 KDa
配列文字列:
MYDPNTSQTE KQKQEEFLKL KIQEAFNLFV KDKKGIVDKR EIPYIMRYLG QFPSEAQVRD AILPEIEEDE PSEFIKYSKF EPYMLKVLK EREYEPDDPE ALLAAFKLLD QEGKGYIEID MMKTFLEKQG IEFREQETKS FIEFATNKDP NATVIYYEDY I SRLQAFTD KHIESVMKGY NNFQVKK

UniProtKB: EF-hand calcium-binding domain protein

+
分子 #10: Dynein regulatory complex protein 9

分子名称: Dynein regulatory complex protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 44.990227 KDa
配列文字列: MNQIDAHKLT IILRDATERL TFLDTINRQD DLSSELAGYE ISKLLKKQKN LENQYADLVQ LRTSLTGIQN KKNLIETQTK IVDVAQNLK ESTKKLCRLF KENPDLESDA LKVKKDRIQF MAVIEQLIQM VQNNSLTKFQ SMTTLELEDQ DRLRKLIFRE K ELYQEIKK ...文字列:
MNQIDAHKLT IILRDATERL TFLDTINRQD DLSSELAGYE ISKLLKKQKN LENQYADLVQ LRTSLTGIQN KKNLIETQTK IVDVAQNLK ESTKKLCRLF KENPDLESDA LKVKKDRIQF MAVIEQLIQM VQNNSLTKFQ SMTTLELEDQ DRLRKLIFRE K ELYQEIKK LQFDRNQENK EYDNEQKDTN LKIQNLKERL LYKKARAQLK NQYKEKEARA EEGTQQRMYE FEQKQLKEKI NN LKQKTDT ENMVHEQLRN FLIEKEDQIK QKSDEWAKKV ETCREQLQEE IDRLTVEKEK KQEELRELRE RDQKEQEEKD RRE RQELEE ADRKQQEELD QIRLDNAIKL IQIEYQEWKD AGGGKKKRKK GKKKKK

UniProtKB: Dynein regulatory complex protein 9

+
分子 #11: Dynein regulatory complex protein 10

分子名称: Dynein regulatory complex protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 51.315023 KDa
配列文字列: MQNLSKMQSR LHPRPEGEGG GGGGRTKEKG KSLQETHKEM LKNIESTNIG KPTIVEAQRI LKIIDNLSTN LTIFIYLDSE LISKFLDVA KHSKLSKDLV SKLSQRCLDL LKSQAEIEAK FKPYASLLDQ SNKEAEDVEE EKMIDAERLR MQLENNFKDL V RHLRNSPE ...文字列:
MQNLSKMQSR LHPRPEGEGG GGGGRTKEKG KSLQETHKEM LKNIESTNIG KPTIVEAQRI LKIIDNLSTN LTIFIYLDSE LISKFLDVA KHSKLSKDLV SKLSQRCLDL LKSQAEIEAK FKPYASLLDQ SNKEAEDVEE EKMIDAERLR MQLENNFKDL V RHLRNSPE DFEIIKSMKT NVNPDLNDLV HCIHCQKVIM LKKLSTASEE DENHKAQLRD LEEKIEELEK KKNKIQEDLT KL KEHRQKF SKEKKEELEK LKNEIAEVKA EKEKKASQLK NELDNRLKQL ERDHLAKKDK LDKELQKLED DFAKLKQDHA NDE TKLKTN KRQQQNSLAD NIESYDALMK DQHQKKQEIE EELAKIIEEV DTLKQLFKEI DEEKQREREL EEEFRLKKEQ WEIQ ERRKK EAARCILHFL MARKEKSKKK KKKKGKKKK

UniProtKB: Dynein regulatory complex protein 10

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分子 #12: AAA family ATPase CDC48 subfamily protein

分子名称: AAA family ATPase CDC48 subfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 101.144125 KDa
配列文字列: MSNMMYNMKW QEAINDLMEQ VTLEYLPLEQ NEQQLGMKYK RDSSEWFHFW ATLYIKYIDI YKKLEDCYDQ LVHPQKRVLL KEMLENVIV RLCETKSQVV KYNTQYDATY KSDYPNLDEL VMDLKLTPDC LDIPIPRYFR EEDKKRLDER NQILDALLLE Y TDTKEPQE ...文字列:
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UniProtKB: AAA family ATPase CDC48 subfamily protein

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分子 #13: DUF4201 domain-containing protein

分子名称: DUF4201 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 94.540883 KDa
配列文字列: MASEDGEMPS QFEGIDPEQL TESQMQQYMM EMQRQGLLDS NMEGGQYEEG YEEGQEGEGY GEEYGDQDYD GNQNEYDSQQ DSQQQGHDQ VNEMHQDRYD RRVNSEISGN YEADDETLRK IRRDLLDNIN LERRHRDLQP VYIDLTTNNI SQYYSEYLVN N EHNQDFYE ...文字列:
MASEDGEMPS QFEGIDPEQL TESQMQQYMM EMQRQGLLDS NMEGGQYEEG YEEGQEGEGY GEEYGDQDYD GNQNEYDSQQ DSQQQGHDQ VNEMHQDRYD RRVNSEISGN YEADDETLRK IRRDLLDNIN LERRHRDLQP VYIDLTTNNI SQYYSEYLVN N EHNQDFYE NAKVRYNNLG ECELCHITAK FEPDADITKE YIYDYFMEIG YLFLESEEEK RIILNPANNH IGIGVFFDEI QI VVVLILS EKVLCIQKIS QPEQNKIEIR GKMLDENFGI YAIRIMNVDD QKKDIKGVGP EFIEYTRSTQ EWMASFELEL YNQ DRMAIE YYTRVSPDSI PYKKKQSKNE KLTYKHLQLR LRTPFQIYPD PKYAAEDEKE RIRKEQEILA HEEQERKERE ENDA KRLKQ SRKDYGDGQY DDDEHGQDDF NSQSDISDKD KHHDSMHAEQ EQNQQAAQQQ QDTISNKEIR QELEMAITEA QRQHD EFML QNHKLQEEIK LLKNKNDGFV DRSNETAMNE HKYLNTLAHV HQIRLDLKQT QTRYNQMSQE LQKKLEQKQK KCNEIK YAF LELKREVAKK AANSRTDKPI PEQQINEWEK AELQKSKELQ ELRLQILRLR NAYVKNQKIL KKKEELAEGL HLIDFEQ LK IENQTLNEKI EERNEELHKL KKKNTTTIQI LTHTREKLGF VQGENGELNS QNVRKDQELD DMRKQLTQQK KTKDKLRS V NLTLKQQTGI VNSEELGQDY RDLRTRVSKL EEEKKRLEQK LRSMHEAIKT ANQISTQNMQ SQNNSLKKPY QPY

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 184

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分子 #14: Calmodulin 7-2

分子名称: Calmodulin 7-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 23.862807 KDa
配列文字列: MDNTGKLEKQ LVTLNDGLPK KPAKEIIEEL KHHLYQDFQK FFSEEKKQQY QNNFALFDRD NDKYINLSEL KELLTSVNIT FPDDELEEL YNEFCLTSPE ADGINEDAVF IIVSKKIRDN DKDEQLTQAF KLVEKAVNDE LAKTPNETKE QEGYIRVEQF K ELLMTLGN ...文字列:
MDNTGKLEKQ LVTLNDGLPK KPAKEIIEEL KHHLYQDFQK FFSEEKKQQY QNNFALFDRD NDKYINLSEL KELLTSVNIT FPDDELEEL YNEFCLTSPE ADGINEDAVF IIVSKKIRDN DKDEQLTQAF KLVEKAVNDE LAKTPNETKE QEGYIRVEQF K ELLMTLGN RWSEEQANEF LKDINPKSDE RINYLDVVKK LMKR

UniProtKB: Calmodulin 7-2

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分子 #15: Coiled-coil domain-containing protein 153

分子名称: Coiled-coil domain-containing protein 153 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 22.170178 KDa
配列文字列:
MSKKSGKGKG KNDGDELGAE KEQVLRTKVE SLIQRLGHEQ ERADRAKAAE NELRARLFDL DKDFKNEKDR LFSITSDMTR QYKQMQDEL LNQVNDLNKT VIEKDEEIKK KDQQIQDMTK DYEYKLKKKD DEIQDLKRKI EEMSAEFAKM LKDTLDKMQE R IEMVQWDS DTDPQMMKRL KDMTGLSNN

UniProtKB: Dynein regulatory complex protein 12

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8537

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 211502
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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