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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab | |||||||||
![]() | Composite map for HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab | |||||||||
![]() |
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![]() | Virus / glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / viral envelope / Envelope glycoprotein UL130 / UL128 / UL131A![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Goldsmith JG / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: HCMV neutralization by broad antibody targeting 著者: Zehner M / Goldsmith JG / McLellan JS / Klein F | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 190 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 49.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 312.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 311.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8teaMC ![]() 8tcoC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map for HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab
全体 | 名称: HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab
超分子 | 名称: HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #7, #5-#6, #4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Envelope protein UL128
分子 | 名称: Envelope protein UL128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.940904 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSE ECCEFINVNH PPERCYDFKM CNRFTVALRC PDGEVCYSPE KTAEIRGIVT TMTHSLTRQV VHNKLTSCN YNPLYLEADG RIRCGKVNDK AQYLLGAAGS VPYRWINLEY DKITRIVGLD QYLESVKKHK RLDVCRAKMG Y MLQ UniProtKB: UL128 |
-分子 #2: Envelope glycoprotein UL130
分子 | 名称: Envelope glycoprotein UL130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.018285 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSS PWSTLTANQN PSPPWSKLTY SKPHDAATFY CPFLYPSPPR SPLQFSGFQQ VSTGPECRNE TLYLLYNRE GQTLVERSST WVKKVIWYLS GRNQTILQRM PQTASKPSDG NVQISVEDAK IFGAHMVPKQ TKLLRFVVND G TRYQMCVM ...文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSS PWSTLTANQN PSPPWSKLTY SKPHDAATFY CPFLYPSPPR SPLQFSGFQQ VSTGPECRNE TLYLLYNRE GQTLVERSST WVKKVIWYLS GRNQTILQRM PQTASKPSDG NVQISVEDAK IFGAHMVPKQ TKLLRFVVND G TRYQMCVM KLESWAHVFR DYSVSFQVRL TFTEANNQTY TFCTHPNLIV UniProtKB: Envelope glycoprotein UL130 |
-分子 #3: UL131A
分子 | 名称: UL131A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 15.262057 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSQ CQRETAEKND YYRVPHYWDA CSRALPDQTR YKYVEQLVDL TLNYHYDASH GLDNFDVLKR INVTEVSLL ISDFRRQNRR GGTNKRTTFN AAGSLAPHAR SLEFSVRLFA N UniProtKB: UL131A |
-分子 #4: CS2pt1p2_A10L Fab light chain
分子 | 名称: CS2pt1p2_A10L Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.850111 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSALTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNTVHWYQQL PGTAPKLLIY SNNQRPSGVP DRFSGSRSGT SASLAISGLR SEDEADYYC AAWDDSLNGR VFGTGTKVTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QSALTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG SNTVHWYQQL PGTAPKLLIY SNNQRPSGVP DRFSGSRSGT SASLAISGLR SEDEADYYC AAWDDSLNGR VFGTGTKVTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #5: CS2pt1p2_A10L Fab heavy chain
分子 | 名称: CS2pt1p2_A10L Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.916252 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEFGLSWVFL VALIKGVQCQ VHLEESGGGL VKPGGSLRLS CVASGFSFSD YYMSWIRQAP GKGLEWLSYI SPSGSPTSNA DSMKGRFTI SRDNARSSLY LQVHSLRVED TAVYYCARDN TVFGVVTTPM DHWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG ...文字列: MEFGLSWVFL VALIKGVQCQ VHLEESGGGL VKPGGSLRLS CVASGFSFSD YYMSWIRQAP GKGLEWLSYI SPSGSPTSNA DSMKGRFTI SRDNARSSLY LQVHSLRVED TAVYYCARDN TVFGVVTTPM DHWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RV EPK |
-分子 #6: CS3pt1p4_C1L Fab heavy chain
分子 | 名称: CS3pt1p4_C1L Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.630592 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFT DYALSWVRQA PGQGLEWMGG IIPVLGTPHY AQKFEDRVTI IADESTGTVF MALSSLRSD DTGMYYCARG VTHPYYYYAM DVWGQGTTIT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFT DYALSWVRQA PGQGLEWMGG IIPVLGTPHY AQKFEDRVTI IADESTGTVF MALSSLRSD DTGMYYCARG VTHPYYYYAM DVWGQGTTIT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPK |
-分子 #7: CS3pt1p4_C1L Fab light chain
分子 | 名称: CS3pt1p4_C1L Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.239676 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSALTQPASV SGSPGQSISI SCTGTSSDVG AYDYVSWYQQ HPGKAPRLII YDVNKRPSGV PYRFSGSKSG TAASLTISGL QSEDEAVYY CGSYTSSSAF FYVFGTGTMV TVLRQPKANP TVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT ...文字列: QSALTQPASV SGSPGQSISI SCTGTSSDVG AYDYVSWYQQ HPGKAPRLII YDVNKRPSGV PYRFSGSKSG TAASLTISGL QSEDEAVYY CGSYTSSSAF FYVFGTGTMV TVLRQPKANP TVTLFPPSSE ELQANKATLV CLISDFYPGA VTVAWKADSS P VKAGVETT TPSKQSNNKY AASSYLSLTP EQWKSHRSYS CQVTHEGSTV EKTVAPTECS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71677 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |