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万見
- EMDB-41177: Protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-5... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41177
タイトルProtofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090, Class 3
マップデータGaussian smoothed map of protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090, Class 3
試料
  • 複合体: Protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090
    • 複合体: Abl2 C-terminals 557-1090
キーワードMicrotubule / Abl2 / PROTEIN FIBRIL
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Lyu W / Duan D / Chai P
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS112121 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH115939 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS105640 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R56MH122449 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142959 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD023603 米国
引用ジャーナル: Curr Biol / 年: 2023
タイトル: Abl2 repairs microtubules and phase separates with tubulin to promote microtubule nucleation.
著者: Daisy Duan / Wanqing Lyu / Pengxin Chai / Shaojie Ma / Kuanlin Wu / Chunxiang Wu / Yong Xiong / Nenad Sestan / Kai Zhang / Anthony J Koleske /
要旨: Abl family kinases are evolutionarily conserved regulators of cell migration and morphogenesis. Genetic experiments in Drosophila suggest that Abl family kinases interact functionally with ...Abl family kinases are evolutionarily conserved regulators of cell migration and morphogenesis. Genetic experiments in Drosophila suggest that Abl family kinases interact functionally with microtubules to regulate axon guidance and neuronal morphogenesis. Vertebrate Abl2 binds to microtubules and promotes their plus-end elongation, both in vitro and in cells, but the molecular mechanisms by which Abl2 regulates microtubule (MT) dynamics are unclear. We report here that Abl2 regulates MT assembly via condensation and direct interactions with both the MT lattice and tubulin dimers. We find that Abl2 promotes MT nucleation, which is further facilitated by the ability of the Abl2 C-terminal half to undergo liquid-liquid phase separation (LLPS) and form co-condensates with tubulin. Abl2 binds to regions adjacent to MT damage, facilitates MT repair via fresh tubulin recruitment, and increases MT rescue frequency and lifetime. Cryo-EM analyses strongly support a model in which Abl2 engages tubulin C-terminal tails along an extended MT lattice conformation at damage sites to facilitate repair via fresh tubulin recruitment. Abl2Δ688-790, which closely mimics a naturally occurring splice isoform, retains binding to the MT lattice but does not bind tubulin, promote MT nucleation, or increase rescue frequency. In COS-7 cells, MT reassembly after nocodazole treatment is greatly slowed in Abl2 knockout COS-7 cells compared with wild-type cells, and these defects are rescued by re-expression of Abl2, but not Abl2Δ688-790. We propose that Abl2 locally concentrates tubulin to promote MT nucleation and recruits it to defects in the MT lattice to enable repair and rescue.
履歴
登録2023年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41177.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Gaussian smoothed map of protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090, Class 3
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6256 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.19696784 - 0.58624095
平均 (標準偏差)0.00031295264 (±0.0116304085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 585.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41177_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Original map of protofilament reconstruction of microtubule decorated...

ファイルemd_41177_additional_1.map
注釈Original map of protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090, Class 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of protofilament reconstruction of microtubule...

ファイルemd_41177_half_map_1.map
注釈Half map A of protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090, Class 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of protofilament reconstruction of microtubule...

ファイルemd_41177_half_map_2.map
注釈Half map B of protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090, Class 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-5...

全体名称: Protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090
要素
  • 複合体: Protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090
    • 複合体: Abl2 C-terminals 557-1090

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超分子 #1: Protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-5...

超分子名称: Protofilament reconstruction of microtubule decorated with Abl2-557-1090
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain
分子量理論値: 0.5 kDa/nm

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超分子 #2: Abl2 C-terminals 557-1090

超分子名称: Abl2 C-terminals 557-1090 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 80 mM PIPES, pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM GMPCPP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 36000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 82.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 393059
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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