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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cytoplasmic outer ring of the yeast NPC | |||||||||||||||
![]() | c8 map of cytoplasmic outer ring reconstructed from multibody volume | |||||||||||||||
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![]() | nuclear pore complex / nucleocytoplasmic transport / nucleoporin / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||||||||
![]() | Akey CW / Echeverria I / Ouch C / Fernandez-Martinez J / Rout MP | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Implications of a multiscale structure of the yeast nuclear pore complex. 著者: Christopher W Akey / Ignacia Echeverria / Christna Ouch / Ilona Nudelman / Yi Shi / Junjie Wang / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Michael P Rout / ![]() ![]() 要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from ...Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from cryogenic electron microscopy and AlphaFold2 models. Key features of the inner and outer rings were integrated into a comprehensive model. We resolved flexible connectors that tie together the core scaffold, along with equatorial transmembrane complexes and a lumenal ring that anchor this channel within the pore membrane. The organization of the nuclear double outer ring reveals an architecture that may be shared with ancestral NPCs. Additional connections between the core scaffold and the central transporter suggest that under certain conditions, a degree of local organization is present at the periphery of the transport machinery. These connectors may couple conformational changes in the scaffold to the central transporter to modulate transport. Collectively, this analysis provides insights into assembly, transport, and NPC evolution. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 23.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.6 KB 27.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 21.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 126.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 10 MB 9.9 MB 38.2 MB 23.3 MB 23.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | c8 map of cytoplasmic outer ring reconstructed from multibody volume | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: half map of cytoplasmic outer ring multibody volume
ファイル | emd_41119_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of cytoplasmic outer ring multibody volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: half map of cytoplasmic outer ring multibody volume
ファイル | emd_41119_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of cytoplasmic outer ring multibody volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 2.5x multibody map of cytoplasmic outer ring
ファイル | emd_41119_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | 2.5x multibody map of cytoplasmic outer ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of c8 cytoplasmic outer ring
ファイル | emd_41119_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of c8 cytoplasmic outer ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of c8 cytoplasmic outer ring
ファイル | emd_41119_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of c8 cytoplasmic outer ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Nuclear Pore Complex
全体 | 名称: Nuclear Pore Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Nuclear Pore Complex
超分子 | 名称: Nuclear Pore Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Protein A tagged Mlp1 pullout of NPC |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11,15 trp1-1 leu2-3,112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5 Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nuclear envelope |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | One step affinity purified |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Preliminary grid screening done manually with individual images of low magnification montages of candidate meshes. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: 3218 images retained after triage |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 37651 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: none |
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詳細 | Rigid body docking of 3D map of cytoplasmic outer ring into NPC 3D map with Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation |