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- EMDB-41105: CryoEM structure of human DDB1-DCAF12 in complex with MAGEA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41105
タイトルCryoEM structure of human DDB1-DCAF12 in complex with MAGEA3
マップデータthe CryoEM map
試料
  • 複合体: Ternary complex of DCAF12-DDB1-MAGEA3
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 12
    • タンパク質・ペプチド: Melanoma-associated antigen 3
キーワードDCAF12 / DNA damage-binding protein 1 / DDB1 / E3 ligase / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / negative regulation of protein processing / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition ...caspase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / negative regulation of protein processing / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / viral release from host cell / ectopic germ cell programmed cell death / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of autophagy / T cell activation / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / histone deacetylase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / regulation of autophagy / protein ubiquitination / DNA repair / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / DDB1- and CUL4-associated factor 12 beta propeller / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif ...: / : / DDB1- and CUL4-associated factor 12 beta propeller / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Melanoma-associated antigen 3 / DNA damage-binding protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Duda D / Righetto G / Li Y / Loppnau P / Seitova A / Santhakumar V / Halabelian L / Yin Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2024
タイトル: Probing the CRL4 interactions with MAGEA3 and CCT5 di-Glu C-terminal degrons.
著者: Germanna Lima Righetto / Yanting Yin / David M Duda / Victoria Vu / Magdalena M Szewczyk / Hong Zeng / Yanjun Li / Peter Loppnau / Tony Mei / Yen-Yen Li / Alma Seitova / Aaron N Patrick / ...著者: Germanna Lima Righetto / Yanting Yin / David M Duda / Victoria Vu / Magdalena M Szewczyk / Hong Zeng / Yanjun Li / Peter Loppnau / Tony Mei / Yen-Yen Li / Alma Seitova / Aaron N Patrick / Jean-Francois Brazeau / Charu Chaudhry / Dalia Barsyte-Lovejoy / Vijayaratnam Santhakumar / Levon Halabelian /
要旨: Damaged DNA-binding protein-1 (DDB1)- and CUL4-associated factor 12 (DCAF12) serves as the substrate recognition component within the Cullin4-RING E3 ligase (CRL4) complex, capable of identifying C- ...Damaged DNA-binding protein-1 (DDB1)- and CUL4-associated factor 12 (DCAF12) serves as the substrate recognition component within the Cullin4-RING E3 ligase (CRL4) complex, capable of identifying C-terminal double-glutamic acid degrons to promote the degradation of specific substrates through the ubiquitin proteasome system. Melanoma-associated antigen 3 (MAGEA3) and T-complex protein 1 subunit epsilon (CCT5) proteins have been identified as cellular targets of DCAF12. To further characterize the interactions between DCAF12 and both MAGEA3 and CCT5, we developed a suite of biophysical and proximity-based cellular NanoBRET assays showing that the C-terminal degron peptides of both MAGEA3 and CCT5 form nanomolar affinity interactions with DCAF12 in vitro and in cells. Furthermore, we report here the 3.17 Å cryo-EM structure of DDB1-DCAF12-MAGEA3 complex revealing the key DCAF12 residues responsible for C-terminal degron recognition and binding. Our study provides new insights and tools to enable the discovery of small molecule handles targeting the WD40-repeat domain of DCAF12 for future proteolysis targeting chimera design and development.
履歴
登録2023年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈the CryoEM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.688 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.688 Å		0.95 Å/pix.
x 256 pix.
= 242.688 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.948 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.13106275 - 0.36165443
平均 (標準偏差)0.00025417775 (±0.014357673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 242.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41105_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41105_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of DCAF12-DDB1-MAGEA3

全体名称: Ternary complex of DCAF12-DDB1-MAGEA3
要素
  • 複合体: Ternary complex of DCAF12-DDB1-MAGEA3
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 12
    • タンパク質・ペプチド: Melanoma-associated antigen 3

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超分子 #1: Ternary complex of DCAF12-DDB1-MAGEA3

超分子名称: Ternary complex of DCAF12-DDB1-MAGEA3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #2: DDB1- and CUL4-associated factor 12

分子名称: DDB1- and CUL4-associated factor 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.760512 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHSSG RENLYFQGMA RKVVSRKRKA PASPGAGSDA QGPQFGWDHS LHKRKRLPPV KRSLVYYLKN REVRLQNETS YSRVLHGYA AQQLPSLLKE REFHLGTLNK VFASQWLNHR QVVCGTKCNT LFVVDVQTSQ ITKIPILKDQ EPGGVTQQGC G IHAIELNP ...文字列:
MHHHHHHSSG RENLYFQGMA RKVVSRKRKA PASPGAGSDA QGPQFGWDHS LHKRKRLPPV KRSLVYYLKN REVRLQNETS YSRVLHGYA AQQLPSLLKE REFHLGTLNK VFASQWLNHR QVVCGTKCNT LFVVDVQTSQ ITKIPILKDQ EPGGVTQQGC G IHAIELNP SRTLLATGGD NPNSLAIYRL PTLDPVCVGD DGHKDWIFSI AWISDTMAVS GSRDGSMGLW EVTDDVLTKS DA RHNVSRV PVYAHITHKA LKDIPKEDTN PDNCKVRALA FNNKNKELGA VSLDGYFHLW KAENTLSKLL STKLPYCREN VCL AYGSEW SVYAVGSQAH VSFLDPRQPS YNVKSVCSRE RGSGIRSVSF YEHIITVGTG QGSLLFYDIR AQRFLEERLS ACYG SKPRL AGENLKLTTG KGWLNHDETW RNYFSDIDFF PNAVYTHCYD SSGTKLFVAG GPLPSGLHGN YAGLWS

UniProtKB: DDB1- and CUL4-associated factor 12

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分子 #3: Melanoma-associated antigen 3

分子名称: Melanoma-associated antigen 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.03276 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEFQAALSRK VAELVHFLLL KYRAREPVTK AEMLGSVVGN WQYFFPVIFS KASSSLQLVF GIELMEVDPI GHLYIFATCL GLSYDGLLG DNQIMPKAGL LIIVLAIIAR EGDCAPEEKI WEELSVLEVF EGREDSILGD PKKLLTQHFV QENYLEYRQV P GSDPACYE ...文字列:
MEFQAALSRK VAELVHFLLL KYRAREPVTK AEMLGSVVGN WQYFFPVIFS KASSSLQLVF GIELMEVDPI GHLYIFATCL GLSYDGLLG DNQIMPKAGL LIIVLAIIAR EGDCAPEEKI WEELSVLEVF EGREDSILGD PKKLLTQHFV QENYLEYRQV P GSDPACYE FLWGPRALVE TSYVKVLHHM VKISGGPHIS YPPLHEWVLR EGEE

UniProtKB: Melanoma-associated antigen 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 476215
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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