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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41094 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the HisRS-like domain of human GCN2 | |||||||||
マップデータ | main map from homogeneous refinement non sharpened | |||||||||
試料 |
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キーワード | GCN2 / HisRS / pseudoenzyme (偽酵素) / translation (翻訳 (生物学)) / TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior ...positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior / T cell activation involved in immune response / positive regulation of adaptive immune response / regulation of translational initiation / cellular response to cold / neuron projection extension / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / negative regulation of neuron differentiation / long-term memory / negative regulation of translational initiation / cytosolic ribosome / positive regulation of defense response to virus by host / cellular response to amino acid starvation / DNA damage checkpoint signaling / 学習 / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cellular response to UV / defense response to virus / viral translation / 獲得免疫系 / protein autophosphorylation / tRNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Yin JZ / Keszei AFA / Mazhab-Jafari MT / Sicheri F | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of the HisRS-like domain of human GCN2 著者: Yin JZ / Keszei AFA / Mazhab-Jafari MT / Sicheri F | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41094.map.gz | 15.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41094-v30.xml emd-41094.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41094_fsc.xml emd_41094_fsc_2.xml | 5.3 KB 6.5 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41094.png | 48.3 KB | ||
マスクデータ | emd_41094_msk_1.map emd_41094_msk_2.map | 30.5 MB 30.5 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41094.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_41094_additional_1.map.gz emd_41094_half_map_1.map.gz emd_41094_half_map_2.map.gz | 8 MB 28.2 MB 28.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41094 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41094 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t7tMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41094.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map from homogeneous refinement non sharpened | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41094_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_41094_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: additional map from non uniform refinement non sharpened
ファイル | emd_41094_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | additional map from non uniform refinement non sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A of main map from homogeneous refinement
ファイル | emd_41094_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A of main map from homogeneous refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B of main map from homogeneous refinement
ファイル | emd_41094_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B of main map from homogeneous refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : dimeric HisRS-like domain of human GCN2
全体 | 名称: dimeric HisRS-like domain of human GCN2 |
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要素 |
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-超分子 #1: dimeric HisRS-like domain of human GCN2
超分子 | 名称: dimeric HisRS-like domain of human GCN2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: eIF-2-alpha kinase GCN2
分子 | 名称: eIF-2-alpha kinase GCN2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 187.216578 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GMAGGRGAPG RGRDEPPESY PQRQDHELQA LEAIYGADFQ DLRPDACGPV KEPPEINLVL YPQGLTGEEV YVKVDLRVKC PPTYPDVVP EIELKNAKGL SNESVNLLKS RLEELAKKHC GEVMIFELAY HVQSFLSEHN KPPPKSFHEE MLERRAQEEQ Q RLLEAKRK ...文字列: GMAGGRGAPG RGRDEPPESY PQRQDHELQA LEAIYGADFQ DLRPDACGPV KEPPEINLVL YPQGLTGEEV YVKVDLRVKC PPTYPDVVP EIELKNAKGL SNESVNLLKS RLEELAKKHC GEVMIFELAY HVQSFLSEHN KPPPKSFHEE MLERRAQEEQ Q RLLEAKRK EEQEQREILH EIQRRKEEIK EEKKRKEMAK QERLEIASLS NQDHTSKKDP GGHRTAAILH GGSPDFVGNG KH RANSSGR SRRERQYSVC NSEDSPGSCE ILYFNMGSPD QLMVHKGKCI GSDEQLGKLV YNALETATGG FVLLYEWVLQ WQK KMGPFL TSQEKEKIDK CKKQIQGTET EFNSLVKLSH PNVVRYLAMN LKEQDDSIVV DILVEHISGV SLAAHLSHSG PIPV HQLRR YTAQLLSGLD YLHSNSVVHK VLSASNVLVD AEGTVKITDY SISKRLADIC KEDVFEQTRV RFSDNALPYK TGKKG DVWR LGLLLLSLSQ GQECGEYPVT IPSDLPADFQ DFLKKCVCLD DKERWSPQQL LKHSFINPQP KMPLVEQSPE DSEGQD YVE TVIPSNRLPS AAFFSETQRQ FSRYFIEFEE LQLLGKGAFG AVIKVQNKLD GCCYAVKRIP INPASRQFRR IKGEVTL LS RLHHENIVRY YNAWIERHER PAGPGTPPPD SGPLAKDDRA ARGQPASDTD GLDSVEAAAP PPILSSSVEW STSGERSA S ARFPATGPGS SDDEDDDEDE HGGVFSQSFL PASDSESDII FDNEDENSKS QNQDEDCNEK NGCHESEPSV TTEAVHYLY IQMEYCEKST LRDTIDQGLY RDTVRLWRLF REILDGLAYI HEKGMIHRDL KPVNIFLDSD DHVKIGDFGL ATDHLAFSAD SKQDDQTGD LIKSDPSGHL TGMVGTALYV SPEVQGSTKS AYNQKVDLFS LGIIFFEMSY HPMVTASERI FVLNQLRDPT S PKFPEDFD DGEHAKQKSV ISWLLNHDPA KRPTATELLK SELLPPPQME ESELHEVLHH TLTNVDGKAY RTMMAQIFSQ RI SPAIDYT YDSDILKGNF SIRTAKMQQH VCETIIRIFK RHGAVQLCTP LLLPRNRQIY EHNEAALFMD HSGMLVMLPF DLR IPFARY VARNNILNLK RYCIERVFRP RKLDRFHPKE LLECAFDIVT STTNSFLPTA EIIYTIYEII QEFPALQERN YSIY LNHTM LLKAILLHCG IPEDKLSQVY IILYDAVTEK LTRREVEAKF CNLSLSSNSL CRLYKFIEQK GDLQDLMPTI NSLIK QKTG IAQLVKYGLK DLEEVVGLLK KLGIKLQVLI NLGLVYKVQQ HNGIIFQFVA FIKRRQRAVP EILAAGGRYD LLIPQF RGP QALGPVPTAI GVSIAIDKIS AAVLNMEESV TISSCDLLVV SVGQMSMSRA INLTQKLWTA GITAEIMYDW SQSQEEL QE YCRHHEITYV ALVSDKEGSH VKVKSFEKER QTEKRVLETE LVDHVLQKLR TKVTDERNGR EASDNLAVQN LKGSFSNA S GLFEIHGATV VPIVSVLAPE KLSASTRRRY ETQVQTRLQT SLANLHQKSS EIEILAVDLP KETILQFLSL EWDADEQAF NTTVKQLLSR LPKQRYLKLV CDEIYNIKVE KKVSVLFLYS YRDDYYRILF UniProtKB: eIF-2-alpha kinase GCN2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-8t7t: |