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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4103 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human Rod-Zw10-Zwilch (RZZ) complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of RZZ complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Mosalaganti S / Keller J | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2017 タイトル: Structure of the RZZ complex and molecular basis of its interaction with Spindly. 著者: Shyamal Mosalaganti / Jenny Keller / Anika Altenfeld / Michael Winzker / Pascaline Rombaut / Michael Saur / Arsen Petrovic / Annemarie Wehenkel / Sabine Wohlgemuth / Franziska Müller / ...著者: Shyamal Mosalaganti / Jenny Keller / Anika Altenfeld / Michael Winzker / Pascaline Rombaut / Michael Saur / Arsen Petrovic / Annemarie Wehenkel / Sabine Wohlgemuth / Franziska Müller / Stefano Maffini / Tanja Bange / Franz Herzog / Herbert Waldmann / Stefan Raunser / Andrea Musacchio / 要旨: Kinetochores are macromolecular assemblies that connect chromosomes to spindle microtubules (MTs) during mitosis. The metazoan-specific ≈800-kD ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex builds a fibrous corona ...Kinetochores are macromolecular assemblies that connect chromosomes to spindle microtubules (MTs) during mitosis. The metazoan-specific ≈800-kD ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex builds a fibrous corona that assembles on mitotic kinetochores before MT attachment to promote chromosome alignment and robust spindle assembly checkpoint signaling. In this study, we combine biochemical reconstitutions, single-particle electron cryomicroscopy, cross-linking mass spectrometry, and structural modeling to build a complete model of human RZZ. We find that RZZ is structurally related to self-assembling cytosolic coat scaffolds that mediate membrane cargo trafficking, including Clathrin, Sec13-Sec31, and αβ'ε-COP. We show that Spindly, a dynein adaptor, is related to BicD2 and binds RZZ directly in a farnesylation-dependent but membrane-independent manner. Through a targeted chemical biology approach, we identify ROD as the Spindly farnesyl receptor. Our results suggest that RZZ is dynein's cargo at human kinetochores. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4103.map.gz | 93.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4103-v30.xml emd-4103.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4103.png | 26.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4103 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4103 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4103_validation.pdf.gz | 188.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4103_full_validation.pdf.gz | 187.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4103_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4103 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4103 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of RZZ complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dimer of heterotrimer of ROD, Zw10 and Zwilch
全体 | 名称: Dimer of heterotrimer of ROD, Zw10 and Zwilch |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimer of heterotrimer of ROD, Zw10 and Zwilch
超分子 | 名称: Dimer of heterotrimer of ROD, Zw10 and Zwilch / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Ascalapha odorata (蝶・蛾) / 組換細胞: TnaO38 / 組換プラスミド: pACEbac1 and pFL |
分子量 | 実験値: 810 KDa |
-分子 #1: Rough Deal (ROD)
分子 | 名称: Rough Deal (ROD) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MWNDIELLTN DDTGSGYLSV GSRKEHGTAL YQVDLLVKIS SEKASLNPKI QACSLSDGFI IVADQSVIL LDSICRSLQL HLVFDTEVDV VGLCQEGKFL LVGERSGNLH LIHVTSKQTL L TNAFVQKA NDENRRTYQN LVIEKDGSNE GTYYMLLLTY SGFFCITNLQ ...文字列: MWNDIELLTN DDTGSGYLSV GSRKEHGTAL YQVDLLVKIS SEKASLNPKI QACSLSDGFI IVADQSVIL LDSICRSLQL HLVFDTEVDV VGLCQEGKFL LVGERSGNLH LIHVTSKQTL L TNAFVQKA NDENRRTYQN LVIEKDGSNE GTYYMLLLTY SGFFCITNLQ LLKIQQAIEN VD FSTAKKL QGQIKSSFIS TENYHTLGCL SLVAGDLASE VPVIIGGTGN CAFSKWEPDS SKK GMTVKN LIDAEIIKGA KKFQLIDNLL FVLDTDNVLS LWDIYTLTPV WNWPSLHVEE FLLT TEADS PSSVTWQGIT NLKLIALTAS ANKKMKNLMV YSLPTMEILY SLEVSSVSSL VQTGI STDT IYLLEGVCKN DPKLSEDSVS VLVLRCLTEA LPENRLSRLL HKHRFAEAES FAIQFG LDV ELVYKVKSNH ILEKLALSSV DASEQTEWQQ LVDDAKENLH KIQDDEFVVN YCLKAQW IT YETTQEMLNY AKTRLLKKED KTALIYSDGL KEVLRAHAKL TTFYGAFGPE KFSGSSWI E FLNNEDDLKD IFLQLKEGNL VCAQYLWLRH RANFESRFDV KMLESLLNSM SASVSLQKL CPWFKNDVIP FVRRTVPEGQ IILAKWLEQA ARNLELTDKA NWPENGLQLA EIFFTAEKTD ELGLASSWH WISLKDYQNT EEVCQLRTLV NNLRELITLH RKYNCKLALS DFEKENTTTI V FRMFDKVL APELIPSILE KFIRVYMREH DLQEEELLLL YIEDLLNRCS SKSTSLFETA WE AKAMAVI ACLSDTDLIF DAVLKIMYAA VVPWSAAVEQ LVKQHLEMDH PKVKLLQESY KLM EMKKLL RGYGIREVNL LNKEIMRVVR YILKQDVPSS LEDALKVAQA FMLSDDEIYS LRII DLIDR EQGEDCLLLL KSLPPAEAEK TAERVIIWAR LALQEEPDHS KEGKAWRMSV AKTSV DILK ILCDIQKDNL QKKDECEEML KLFKEVASLQ ENFEVFLSFE DYSNSSLVAD LREQHI KAH EVAQAKHKPG STPEPIAAEV RSPSMESKLH RQALALQMSK QELEAELTLR ALKDGNI KT ALKKCSDLFK YHCNADTGKL LFLTCQKLCQ MLADNVPVTV PVGLNLPSMI HDLASQAA T ICSPDFLLDA LELCKHTLMA VELSRQCQMD DCGILMKASF GTHKDPYEEW SYSDFFSED GIVLESQMVL PVIYELISSL VPLAESKRYP LESTSLPYCS LNEGDGLVLP VINSISALLQ NLQESSQWE LALRFVVGSF GTCLQHSVSN FMNATLSEKL FGETTLVKSR HVVMELKEKA V IFIRENAT TLLHKVFNCR LVDLDLALGY CTLLPQKDVF ENLWKLIDKA WQNYDKILAI SL VGSELAS LYQEIEMGLK FRELSTDAQW GIRLGKLGIS FQPVFRQHFL TKKDLIKALV ENI DMDTSL ILEYCSTFQL DCDAVLQLFI ETLLHNTNAG QGQGDASMDS AKRRHPKLLA KALE MVPLL TSTKDLVISL SGILHKLDPY DYEMIEVVLK VIERADEKIT NININQALSI LKHLK SYRR ISPPVDLEYQ YMLEHVITLP SAAQTRLPFH LIFFGTAQNF WKILSTELSE ESFPTL LLI SKLMKFSLDT LYVSTAKHVF EKKLKPKLLK LTQAKSSTLI NKEITKITQT IESCLLS IV NPEWAVAIAI SLAQDIPEGS FKISALKFCL YLAERWLQNI PSQDEKREKA EALLKKLH I QYRRSGTEAV LIAHKLNTEE YLRVIGKPAH LIVSLYEHPS INQRIQNSSG TDYPDIHAA AKEIAEVNEI NLEKVWDMLL EKWLCPSTKP GEKPSELFEL QEDEALRRVQ YLLLSRPIDY SSRMLFVFA TSTTTTLGMH QLTFAHRTRA LQCLFYLADK ETIESLFKKP IEEVKSYLRC I TFLASFET LNIPITYELF CSSPKEGMIK GLWKNHSHES MAVRLVTELC LEYKIYDLQL WN GLLQKLL GFNMIPYLRK VLKAISSIHS LWQVPYFSKA WQRVIQIPLL SASCPLSPDQ LSD CSESLI AVLECPVSGD LDLIGVARQY IQLELPAFAL ACLMLMPHSE KRHQQIKNFL GSCD PQVIL KQLEEHMNTG QLAGFSHQIR SLILNNIINK KEFGILAKTK YFQMLKMHAM NTNNI TELV NYLANDLSLD EASVLITEYS KHCGKPVPPD TAPCEILKMF LSGLS |
-分子 #2: Zw10
分子 | 名称: Zw10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MASFVTEVLA HSGRLEKEDL GTRISRLTRR VEEIKGEVCN MISKKYSEFL PSMQSAQGLI TQVDKLSED IDLLKSRIES EVRRDLHVST GEFTDLKQQL ERDSVVLSLL KQLQEFSTAI E EYNCALTE KKYVTGAQRL EEAQKCLKLL KSRKCFDLKI LKSLSMELTI ...文字列: MASFVTEVLA HSGRLEKEDL GTRISRLTRR VEEIKGEVCN MISKKYSEFL PSMQSAQGLI TQVDKLSED IDLLKSRIES EVRRDLHVST GEFTDLKQQL ERDSVVLSLL KQLQEFSTAI E EYNCALTE KKYVTGAQRL EEAQKCLKLL KSRKCFDLKI LKSLSMELTI QKQNILYHLG EE WQKLIVW KFPPSKDTSS LESYLQTELH LYTEQSHKEE KTPMPPISSV LLAFSVLGEL HSK LKSFGQ MLLKYILRPL ASCPSLHAVI ESQPNIVIIR FESIMTNLEY PSPSEVFTKI RLVL EVLQK QLLDLPLDTD LENEKTSTVP LAEMLGDMIW EDLSECLIKN CLVYSIPTNS SKLQQ YEEI IQSTEEFENA LKEMRFLKGD TTDLLKYARN INSHFANKKC QDVIVAARNL MTSEIH NTV KIIPDSKINV PELPTPDEDN KLEVQKVSNT QYHEVMNLEP ENTLDQHSFS LPTCRIS ES VKKLMELAYQ TLLEATTSSD QCAVQLFYSV RNIFHLFHDV VPTYHKENLQ KLPQLAAI H HNNCMYIAHH LLTLGHQFRL RLAPILCDGT ATFVDLVPGF RRLGTECFLA QMRAQKGEL LERLSSARNF SNMDDEENYS AASKAVRQVL HQLKRLGIVW QDVLPVNIYC KAMGTLLNTA ISEVIGKIT ALEDISTEDG DRLYSLCKTV MDEGPQVFAP LSEESKNKKY QEEVPVYVPK W MPFKELMM MLQASLQEIG DRWADGKGPL AAAFSSSEVK ALIRALFQNT ERRAAALAKI K |
-分子 #3: Zwilch
分子 | 名称: Zwilch / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAHNPNMTHL KINLPVTALP PLWVRCDSSD PEGTCWLGAE LITTNNSITG IVLYVVSCKA DKNYSVNLE NLKNLHKKRH HLSTVTSKGF AQYELFKSSA LDDTITASQT AIALDISWSP V DEILQIPP LSSTATLNIK VESGEPRGPL NHLYRELKFL LVLADGLRTG ...文字列: MAHNPNMTHL KINLPVTALP PLWVRCDSSD PEGTCWLGAE LITTNNSITG IVLYVVSCKA DKNYSVNLE NLKNLHKKRH HLSTVTSKGF AQYELFKSSA LDDTITASQT AIALDISWSP V DEILQIPP LSSTATLNIK VESGEPRGPL NHLYRELKFL LVLADGLRTG VTEWLEPLEA KS AVELVQE FLNDLNKLDG FGDSTKKDTE VETLKHDTAA VDRSVKRLFK VRSDLDFAEQ LWC KMSSSV ISYQDLVKCF TLIIQSLQRG DIQPWLHSGS NSLLSKLIHQ SYHGTMDTVS LSGT IPVQM LLEIGLDKLK KDYISFFIGQ ELASLNHLEY FIAPSVDIQE QVYRVQKLHH ILEIL VSCM PFIKSQHELL FSLTQICIKY YKQNPLDEQH IFQLPVRPTA VKNLYQSEKP QKWRVE IYS GQKKIKTVWQ LSDSSPIDHL NFHKPDFSEL TLNGSLEERI FFTNMVTCSQ VHFK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 11666 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |