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- EMDB-41006: TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41006
タイトルTRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules
マップデータTRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules
試料
  • 複合体: TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate
キーワードTRPV1 / lysophosphatidic acid / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / TRP channels / smooth muscle contraction involved in micturition ...negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / TRP channels / smooth muscle contraction involved in micturition / fever generation / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of temperature stimulus involved in thermoception / thermoception / cellular response to acidic pH / negative regulation of systemic arterial blood pressure / chloride channel regulator activity / response to pH / dendritic spine membrane / glutamate secretion / monoatomic cation transmembrane transporter activity / negative regulation of heart rate / ligand-gated monoatomic ion channel activity / response to pain / temperature homeostasis / diet induced thermogenesis / cellular response to alkaloid / cellular response to ATP / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / intracellularly gated calcium channel activity / behavioral response to pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / sensory perception of pain / phosphatidylinositol binding / phosphoprotein binding / microglial cell activation / response to peptide hormone / cellular response to nerve growth factor stimulus / calcium ion transmembrane transport / GABA-ergic synapse / cellular response to growth factor stimulus / calcium channel activity / lipid metabolic process / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / transmembrane signaling receptor activity / sensory perception of taste / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to heat / monoatomic ion transmembrane transport / protein homotetramerization / postsynaptic membrane / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Arnold WR / Julius D / Cheng Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of TRPV1 modulation by endogenous bioactive lipids.
著者: William R Arnold / Adamo Mancino / Frank R Moss / Adam Frost / David Julius / Yifan Cheng /
要旨: TRP ion channels are modulated by phosphoinositide lipids, but the underlying structural mechanisms remain unclear. The capsaicin- and heat-activated receptor, TRPV1, has served as a model for ...TRP ion channels are modulated by phosphoinositide lipids, but the underlying structural mechanisms remain unclear. The capsaicin- and heat-activated receptor, TRPV1, has served as a model for deciphering lipid modulation, which is relevant to understanding how pro-algesic agents enhance channel activity in the setting of inflammatory pain. Identification of a pocket within the TRPV1 transmembrane core has provided initial clues as to how phosphoinositide lipids bind to and regulate the channel. Here we show that this regulatory pocket in rat TRPV1 can accommodate diverse lipid species, including the inflammatory lipid lysophosphatidic acid, whose actions are determined by their specific modes of binding. Furthermore, we show that an empty-pocket channel lacking an endogenous phosphoinositide lipid assumes an agonist-like state, even at low temperature, substantiating the concept that phosphoinositide lipids serve as negative TRPV1 modulators whose ejection from the binding pocket is a critical step toward activation by thermal or chemical stimuli.
履歴
登録2023年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41006.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.64 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.64 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.04158098 - 0.07178028
平均 (標準偏差)0.000014523645 (±0.0011424333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 320.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A for TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules

ファイルemd_41006_half_map_1.map
注釈Half Map A for TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B for TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules

ファイルemd_41006_half_map_2.map
注釈Half Map B for TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers

全体名称: TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers
要素
  • 複合体: TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate

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超分子 #1: TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers

超分子名称: TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 688 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Truncated TRPV1 from Rattus norvegicus / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 73.016352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GAMGSRLYDR RSIFDAVAQS NCQELESLLP FLQRSKKRLT DSEFKDPETG KTCLLKAMLN LHNGQNDTIA LLLDVARKTD SLKQFVNAS YTDSYYKGQT ALHIAIERRN MTLVTLLVEN GADVQAAANG DFFKKTKGRP GFYFGELPLS LAACTNQLAI V KFLLQNSW ...文字列:
GAMGSRLYDR RSIFDAVAQS NCQELESLLP FLQRSKKRLT DSEFKDPETG KTCLLKAMLN LHNGQNDTIA LLLDVARKTD SLKQFVNAS YTDSYYKGQT ALHIAIERRN MTLVTLLVEN GADVQAAANG DFFKKTKGRP GFYFGELPLS LAACTNQLAI V KFLLQNSW QPADISARDS VGNTVLHALV EVADNTVDNT KFVTSMYNEI LILGAKLHPT LKLEEITNRK GLTPLALAAS SG KIGVLAY ILQREIHEPE CRHLSRKFTE WAYGPVHSSL YDLSCIDTCE KNSVLEVIAY SSSETPNRHD MLLVEPLNRL LQD KWDRFV KRIFYFNFFV YCLYMIIFTA AAYYRPVEGL PPYKLKNTVG DYFRVTGEIL SVSGGVYFFF RGIQYFLQRR PSLK SLFVD SYSEILFFVQ SLFMLVSVVL YFSQRKEYVA SMVFSLAMGW TNMLYYTRGF QQMGIYAVMI EKMILRDLCR FMFVY LVFL FGFSTAVVTL IEDGKYNSLY STCLELFKFT IGMGDLEFTE NYDFKAVFII LLLAYVILTY ILLLNMLIAL MGETVN KIA QESKNIWKLQ RAITILDTEK SFLKCMRKAF RSGKLLQVGF TPDGKDDYRW CFRVDEVNWT TWNTNVGIIN EDPG

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

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分子 #2: [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})...

分子名称: [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: 85R
分子量理論値: 811.032 Da
Chemical component information

ChemComp-85R:
[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-L-myo-イノシト-ル

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate

分子名称: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NKN
分子量理論値: 382.429 Da
Chemical component information

ChemComp-NKN:
(2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate / 1-O-ミリストイル-L-グリセロ-ル3-りん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8118

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10602
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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