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万見
- EMDB-4099: Yeast activated spliceosomal B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4099
タイトルYeast activated spliceosomal B complex
マップデータ
試料
  • 複合体: yeast activated spliceosome (BACT)
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP ...maintenance of RNA location / RES complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 3'-splice site recognition / DNA replication origin binding / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Dual incision in TC-NER / Prp19 complex / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / : / Torus domain / Torus domain ...Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / : / Torus domain / Torus domain / : / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / PHF5-like / PHF5-like protein / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Splicing factor 3B subunit 1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / : / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Forkhead associated domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / : / Sm domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G ...RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 snRNP component IST3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / U2 snRNP component HSH155 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA leakage protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Stark H / Kastner B / Luehrmann R
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Molecular architecture of the Saccharomyces cerevisiae activated spliceosome.
著者: Reinhard Rauhut / Patrizia Fabrizio / Olexandr Dybkov / Klaus Hartmuth / Vladimir Pena / Ashwin Chari / Vinay Kumar / Chung-Tien Lee / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: The activated spliceosome (B) is in a catalytically inactive state and is remodeled into a catalytically active machine by the RNA helicase Prp2, but the mechanism is unclear. Here, we describe a 3D ...The activated spliceosome (B) is in a catalytically inactive state and is remodeled into a catalytically active machine by the RNA helicase Prp2, but the mechanism is unclear. Here, we describe a 3D electron cryomicroscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae B complex at 5.8-angstrom resolution. Our model reveals that in B, the catalytic U2/U6 RNA-Prp8 ribonucleoprotein core is already established, and the 5' splice site (ss) is oriented for step 1 catalysis but occluded by protein. The first-step nucleophile-the branchsite adenosine-is sequestered within the Hsh155 HEAT domain and is held 50 angstroms away from the 5'ss. Our structure suggests that Prp2 adenosine triphosphatase-mediated remodeling leads to conformational changes in Hsh155's HEAT domain that liberate the first-step reactants for catalysis.
履歴
登録2016年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月12日-
マップ公開2016年10月12日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5lqw
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4099.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 256 pix.
= 512. Å		2 Å/pix.
x 256 pix.
= 512. Å		2 Å/pix.
x 256 pix.
= 512. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.07875568 - 0.34318468
平均 (標準偏差)0.002262421 (±0.018917015)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 512.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.000512.000512.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0790.3430.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : yeast activated spliceosome (BACT)

全体名称: yeast activated spliceosome (BACT)
要素
  • 複合体: yeast activated spliceosome (BACT)

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超分子 #1: yeast activated spliceosome (BACT)

超分子名称: yeast activated spliceosome (BACT) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: prp2-1
分子量理論値: 3.8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes
1.5 mMMgCl2
75.0 mMKCl
2.0 mMIPTG
0.5 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs corrector with two hexapoles
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 74000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 122000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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