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万見
- EMDB-40973: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; composite map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40973
タイトルAP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; composite map
マップデータchimeric map from three focused refinements
試料
  • 複合体: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma
    • タンパク質・ペプチド: Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
キーワードClathrin-mediated endocytosis / peripheral membrane protein / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic Golgi apparatus / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...postsynaptic Golgi apparatus / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin adaptor complex / clathrin coat / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / VLDLR internalisation and degradation / Golgi to endosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cardiac septum development / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / membrane coat / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / trans-Golgi network transport vesicle / coronary vasculature development / MHC class II antigen presentation / positive regulation of protein localization to membrane / neurotransmitter receptor internalization / signal sequence binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / aorta development / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / kidney development / secretory granule / intracellular protein transport / trans-Golgi network / kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / heart development / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / postsynapse / transmembrane transporter binding / endosome / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Keratinocyte-associated gene product / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain ...Keratinocyte-associated gene product / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / : / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Mu homology domain / Adaptin C-terminal domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit alpha-2 / Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38 / AP-2 complex subunit sigma / AP-2 complex subunit mu / AP-2 complex subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Baker RW / Cannon KS / Reta S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Lipid nanodiscs as a template for high-resolution cryo-EM structures of peripheral membrane proteins.
著者: Kevin S Cannon / Reta D Sarsam / Tanita Tedamrongwanish / Kevin Zhang / Richard W Baker /
要旨: Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient ...Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient binding to the membrane has a profound impact on protein function, serving to induce conformational changes and alter biochemical and biophysical parameters by increasing the local concentration of factors and restricting diffusion to two dimensions. Despite the centrality of the membrane in serving as a template for cell biology, there are few reported high-resolution structures of peripheral membrane proteins bound to the membrane. We analyzed the utility of lipid nanodiscs to serve as a template for cryo-EM analysis of peripheral membrane proteins. We tested a variety of nanodiscs and we report a 3.3 Å structure of the AP2 clathrin adaptor complex bound to a 17-nm nanodisc, with sufficient resolution to visualize a bound lipid head group. Our data demonstrate that lipid nanodiscs are amenable to high-resolution structure determination of peripheral membrane proteins and provide a framework for extending this analysis to other systems.
履歴
登録2023年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40973.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈chimeric map from three focused refinements
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.88 Å/pix.
x 384 pix.
= 337.92 Å		0.88 Å/pix.
x 384 pix.
= 337.92 Å		0.88 Å/pix.
x 384 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 11.0
最小 - 最大-48.742040000000003 - 80.453063999999998
平均 (標準偏差)-0.001497725 (±1.2113948)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 337.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 of composite map

ファイルemd_40973_half_map_1.map
注釈Half map 1 of composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of composite map

ファイルemd_40973_half_map_2.map
注釈Half map 2 of composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide

全体名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide
要素
  • 複合体: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP-2 complex subunit sigma
    • タンパク質・ペプチド: Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

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超分子 #1: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide

超分子名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: AP-2 complex subunit alpha-2

分子名称: AP-2 complex subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 70.57332 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ...文字列:
MPAVSKGDGM RGLAVFISDI RNCKSKEAEI KRINKELANI RSKFKGDKAL DGYSKKKYVC KLLFIFLLGH DIDFGHMEAV NLLSSNRYT EKQIGYLFIS VLVNSNSELI RLINNAIKND LASRNPTFMG LALHCIANVG SREMAEAFAG EIPKILVAGD T MDSVKQSA ALCLLRLYRT SPDLVPMGDW TSRVVHLLND QHLGVVTAAT SLITTLAQKN PEEFKTSVSL AVSRLSRIVT SA STDLQDY TYYFVPAPWL SVKLLRLLQC YPPPEDPAVR GRLTECLETI LNKAQEPPKS KKVQHSNAKN AVLFEAISLI IHH DSEPNL LVRACNQLGQ FLQHRETNLR YLALESMCTL ASSEFSHEAV KTHIETVINA LKTERDVSVR QRAVDLLYAM CDRS NAQQI VAEMLSYLET ADYSIREEIV LKVAILAEKY AVDYTWYVDT ILNLIRIAGD YVSEEVWYRV IQIVINRDDV QGYAA KTVF EALQAPACHE NLVKVGGYIL GEFGNLIAGD PRSSPLIQFN LLHSKFHLCS VPTRALLLST YIKFVNLFPE VKATIQ DVL RSDSQLKNAD VELQQRAVEY LRLSTVASTD ILATVLEEMP PFPERESSIL AKLKKKKGGS GLEVLFQ

UniProtKB: AP-2 complex subunit alpha-2

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分子 #2: AP-2 complex subunit beta

分子名称: AP-2 complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 66.953195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL ...文字列:
MTDSKYFTTN KKGEIFELKA ELNNEKKEKR KEAVKKVIAA MTVGKDVSSL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN SFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQMVEDQ G FLDSLRDL IADSNPMVVA NAVAALSEIS ESHPNSNLLD LNPQNINKLL TALNECTEWG QIFILDCLSN YNPKDDREAQ SI CERVTPR LSHANSAVVL SAVKVLMKFL ELLPKDSDYY NMLLKKLAPP LVTLLSGEPE VQYVALRNIN LIVQKRPEIL KQE IKVFFV KYNDPIYVKL EKLDIMIRLA SQANIAQVLA ELKEYATEVD VDFVRKAVRA IGRCAIKVEQ SAERCVSTLL DLIQ TKVNY VVQEAIVVIR DIFRKYPNKY ESIIATLCEN LDSLDEPDAR AAMIWIVGEY AERIDNADEL LESFLEGFHD ESTQV QLTL LTAIVKLFLK KPSETQELVQ QVLSLATQDS DNPDLRDRGY IYWRLLSTDP VTAKEVVLSE KPLISEETDL IEPTLL DEL ICHIGSLASV YHKPPNAFVE GSHGIHRK

UniProtKB: AP-2 complex subunit beta

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分子 #3: AP-2 complex subunit mu

分子名称: AP-2 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.726641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY ...文字列:
MIGGLFIYNH KGEVLISRVY RDDIGRNAVD AFRVNVIHAR QQVRSPVTNI ARTSFFHVKR SNIWLAAVTK QNVNAAMVFE FLYKMCDVM AAYFGKISEE NIKNNFVLIY ELLDEILDFG YPQNSETGAL KTFITQQGIK SQHQTKEEQS QITSQVTGQI G WRREGIKY RRNELFLDVL ESVNLLMSPQ GQVLSAHVSG RVVMKSYLSG MPECKFGMND KIVIEKQGKG TADETSKSGK QS IAIDDCT FHQCVRLSKF DSERSISFIP PDGEFELMRY RTTKDIILPF RVIPLVREVG RTKLEVKVVI KSNFKPSLLA QKI EVRIPT PLNTSGVQVI CMKGKAKYKA SENAIVWKIK RMAGMKESQI SAEIELLPTN DKKKWARPPI SMNFEVPFAP SGLK VRYLK VFEPKLNYSD HDVIKWVRYI GRSGIYETRC

UniProtKB: AP-2 complex subunit mu

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分子 #4: AP-2 complex subunit sigma

分子名称: AP-2 complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 17.038688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIRFILIQNR AGKTRLAKWY MQFDDDEKQK LIEEVHAVVT VRDAKHTNFV EFRNFKIIYR RYAGLYFCIC VDVNDNNLAY LEAIHNFVE VLNEYFHNVC ELDLVFNFYK VYTVVDEMFL AGEIRETSQT KVLKQLLMLQ SLE

UniProtKB: AP-2 complex subunit sigma

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分子 #5: Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38

分子名称: Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Synthesized cargo peptide with an N-terminal oleic acid modification
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 1.723009 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
KVTRRPKASD YQRL

UniProtKB: Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38

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分子 #6: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Two applications of sample..
詳細Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 45000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Data collected in counting mode
粒子像選択選択した数: 2100000
詳細: General model gmodel_phosnet_202005_N63_c17.h5 used for crYOLO picking.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generation in cryoSPARC v3.2.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
詳細: Composite map was made using the phenix.combine_focused_maps function. Three separate local refinements were combined to make the final map.
使用した粒子像数: 268232
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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