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万見
- EMDB-40960: Open-state cryo-EM structure of full-length human TRPV4 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40960
タイトルOpen-state cryo-EM structure of full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD
マップデータ
試料
  • 複合体: full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera
  • リガンド: (1aR,1bS,4aS,7aS,7bS,8R,9R,9aS)-9a-(decanoyloxy)-4a,7b-dihydroxy-3-(hydroxymethyl)-1,1,6,8-tetramethyl-5-oxo-1a,1b,4,4a,5,7a,7b,8,9,9a-decahydro-1H-cyclopropa[3,4]benzo[1,2-e]azulen-9-yl decanoate
キーワードtransient receptor potential V family member 4 / TRP / channel / TRPV4 / TRP channels / membrane protein / agonist / 4a-PDD / open state / 4alpha-Phorbol 12 / 13-didecanoate
機能・相同性
機能・相同性情報


stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / regulation of response to osmotic stress / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / regulation of response to osmotic stress / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / hyperosmotic salinity response / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic salinity response / cortical microtubule organization / cellular hypotonic response / multicellular organismal-level water homeostasis / osmosensory signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / cell-cell junction assembly / cell volume homeostasis / cellular response to osmotic stress / calcium ion import / regulation of aerobic respiration / TRP channels / cortical actin cytoskeleton / diet induced thermogenesis / positive regulation of macrophage chemotaxis / beta-tubulin binding / microtubule polymerization / calcium ion import across plasma membrane / alpha-tubulin binding / monoatomic cation channel activity / response to mechanical stimulus / cytoplasmic microtubule / SH2 domain binding / bioluminescence / actin filament organization / protein kinase C binding / generation of precursor metabolites and energy / filopodium / adherens junction / response to insulin / positive regulation of JNK cascade / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / calcium ion transport / actin filament binding / glucose homeostasis / lamellipodium / negative regulation of neuron projection development / actin binding / cellular response to heat / actin cytoskeleton organization / growth cone / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / microtubule binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / cilium / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Green fluorescent protein, GFP / Ankyrin repeat / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Green fluorescent protein, GFP / Ankyrin repeat / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhanced green fluorescent protein / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Talyzina IA / Nadezhdin KD / Neuberger A / Sobolevsky AI
資金援助 米国, ドイツ, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01 AR078814 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS083660 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS107253 米国
German Research Foundation (DFG)464295817 ドイツ
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL096647 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of human TRPV4 in complex with GTPase RhoA.
著者: Kirill D Nadezhdin / Irina A Talyzina / Aravind Parthasarathy / Arthur Neuberger / David X Zhang / Alexander I Sobolevsky /
要旨: Transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 is a polymodal cellular sensor that responds to moderate heat, cell swelling, shear stress, and small-molecule ligands. It is involved in ...Transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 is a polymodal cellular sensor that responds to moderate heat, cell swelling, shear stress, and small-molecule ligands. It is involved in thermogenesis, regulation of vascular tone, bone homeostasis, renal and pulmonary functions. TRPV4 is implicated in neuromuscular and skeletal disorders, pulmonary edema, and cancers, and represents an important drug target. The cytoskeletal remodeling GTPase RhoA has been shown to suppress TRPV4 activity. Here, we present a structure of the human TRPV4-RhoA complex that shows RhoA interaction with the membrane-facing surface of the TRPV4 ankyrin repeat domains. The contact interface reveals residues that are mutated in neuropathies, providing an insight into the disease pathogenesis. We also identify the binding sites of the TRPV4 agonist 4α-PDD and the inhibitor HC-067047 at the base of the S1-S4 bundle, and show that agonist binding leads to pore opening, while channel inhibition involves a π-to-α transition in the pore-forming helix S6. Our structures elucidate the interaction interface between hTRPV4 and RhoA, as well as residues at this interface that are involved in TRPV4 disease-causing mutations. They shed light on TRPV4 activation and inhibition and provide a template for the design of future therapeutics for treatment of TRPV4-related diseases.
履歴
登録2023年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40960.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40960.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.416 Å		0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.416 Å		0.79 Å/pix.
x 320 pix.
= 252.416 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7888 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.21878463 - 0.32349288
平均 (標準偏差)0.00076353253 (±0.0099850595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 252.416 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40960_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40960_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD

全体名称: full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD
要素
  • 複合体: full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera
  • リガンド: (1aR,1bS,4aS,7aS,7bS,8R,9R,9aS)-9a-(decanoyloxy)-4a,7b-dihydroxy-3-(hydroxymethyl)-1,1,6,8-tetramethyl-5-oxo-1a,1b,4,4a,5,7a,7b,8,9,9a-decahydro-1H-cyclopropa[3,4]benzo[1,2-e]azulen-9-yl decanoate

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超分子 #1: full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD

超分子名称: full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 510 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/...

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 127.717938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADSSEGPRA GPGEVAELPG DESGTPGGEA FPLSSLANLF EGEDGSLSPS PADASRPAGP GDGRPNLRMK FQGAFRKGVP NPIDLLEST LYESSVVPGP KKAPMDSLFD YGTYRHHSSD NKRWRKKIIE KQPQSPKAPA PQPPPILKVF NRPILFDIVS R GSTADLDG ...文字列:
MADSSEGPRA GPGEVAELPG DESGTPGGEA FPLSSLANLF EGEDGSLSPS PADASRPAGP GDGRPNLRMK FQGAFRKGVP NPIDLLEST LYESSVVPGP KKAPMDSLFD YGTYRHHSSD NKRWRKKIIE KQPQSPKAPA PQPPPILKVF NRPILFDIVS R GSTADLDG LLPFLLTHKK RLTDEEFREP STGKTCLPKA LLNLSNGRND TIPVLLDIAE RTGNMREFIN SPFRDIYYRG QT ALHIAIE RRCKHYVELL VAQGADVHAQ ARGRFFQPKD EGGYFYFGEL PLSLAACTNQ PHIVNYLTEN PHKKADMRRQ DSR GNTVLH ALVAIADNTR ENTKFVTKMY DLLLLKCARL FPDSNLEAVL NNDGLSPLMM AAKTGKIGIF QHIIRREVTD EDTR HLSRK FKDWAYGPVY SSLYDLSSLD TCGEEASVLE ILVYNSKIEN RHEMLAVEPI NELLRDKWRK FGAVSFYINV VSYLC AMVI FTLTAYYQPL EGTPPYPYRT TVDYLRLAGE VITLFTGVLF FFTNIKDLFM KKCPGVNSLF IDGSFQLLYF IYSVLV IVS AALYLAGIEA YLAVMVFALV LGWMNALYFT RGLKLTGTYS IMIQKILFKD LFRFLLVYLL FMIGYASALV SLLNPCA NM KVCNEDQTNC TVPTYPSCRD SETFSTFLLD LFKLTIGMGD LEMLSSTKYP VVFIILLVTY IILTFVLLLN MLIALMGE T VGQVSKESKH IWKLQWATTI LDIERSFPVF LRKAFRSGEM VTVGKSSDGT PDRRWCFRVD EVNWSHWNQN LGIINEDPG KNETYQYYGF SHTVGRLRRD RWSSVVPRVV ELNKNSNPDE VVVPLDSMGN PRCDGHQQGY PRKWRTDDAP LLVPRGSAAA AVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYPDHM K QHDFFKSA MPEGYVQERT IFFKDDGNYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNYNS HNVYIMADKQ KN GIKVNFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQSK LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AGITLGMDEL YKS GLRSWS HPQFEK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4, Enhanced green fluorescent protein

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分子 #2: (1aR,1bS,4aS,7aS,7bS,8R,9R,9aS)-9a-(decanoyloxy)-4a,7b-dihydroxy-...

分子名称: (1aR,1bS,4aS,7aS,7bS,8R,9R,9aS)-9a-(decanoyloxy)-4a,7b-dihydroxy-3-(hydroxymethyl)-1,1,6,8-tetramethyl-5-oxo-1a,1b,4,4a,5,7a,7b,8,9,9a-decahydro-1H-cyclopropa[3,4]benzo[1,2-e]azulen-9-yl decanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: XS9
分子量理論値: 672.931 Da
Chemical component information

ChemComp-XS9:
(1aR,1bS,4aS,7aS,7bS,8R,9R,9aS)-9a-(decanoyloxy)-4a,7b-dihydroxy-3-(hydroxymethyl)-1,1,6,8-tetramethyl-5-oxo-1a,1b,4,4a,5,7a,7b,8,9,9a-decahydro-1H-cyclopropa[3,4]benzo[1,2-e]azulen-9-yl decanoate / 4α-ホルボ-ル12,13-ジデカノア-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane
1.0 mMbeta-Mercaptoethanol
0.01 %glyco-diosgenin
10.0 mMGTPgammaS
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細human TRPV4

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15624 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3935964
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80823
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8t1d:
Open-state cryo-EM structure of full-length human TRPV4 in complex with agonist 4a-PDD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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