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- EMDB-40945: Open state of lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter teng... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40945
タイトルOpen state of lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter tengcongensis
マップデータ
試料
  • 複合体: Lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter tengcongensis
    • タンパク質・ペプチド: D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit
  • リガンド: COBALAMIN
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: 5'-DEOXYADENOSINE
キーワードlysine 5 / 6-aminomutase / cobalamin / Vitamin B12 / Pyridoxal phosphate / radical / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / catalytic activity / protein dimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-Lysine 5,6-aminomutase alpha subunit / D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit KamE, N-terminal / D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit KamE, N-terminal domain superfamily / D-Lysine 5,6-aminomutase alpha subunit superfamily / D-Lysine 5,6-aminomutase TIM-barrel domain of alpha subunit / Dimerisation domain of d-ornithine 4,5-aminomutase / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit / D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Tian S / Voss P / Pham K / Klose T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Catalysis in Motion: Large-Scale Domain Shift Enables Co-C Bond Homolysis in Lysine 5,6-Aminomutase
著者: Tian S / Voss P / Pham K / Toba D / Liu M / Das N / Yachuw S / Denault C / Klose T / Uyeda C
履歴
登録2023年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40945.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 269.824 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 269.824 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 269.824 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.0010676661 - 2.2403057
平均 (標準偏差)0.0034481382 (±0.05008055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 269.824 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40945_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40945_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter tengcongensis

全体名称: Lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter tengcongensis
要素
  • 複合体: Lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter tengcongensis
    • タンパク質・ペプチド: D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit
  • リガンド: COBALAMIN
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: 5'-DEOXYADENOSINE

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超分子 #1: Lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter tengcongensis

超分子名称: Lysine 5,6-aminomutase from Thermoanaerobacter tengcongensis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)

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分子 #1: D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit

分子名称: D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
分子量理論値: 29.72825 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSGLYSTEK KQYDTTLDLT RVKPYGDTMN DGKVQLSFTL PVPDGAKAVE AAKQLAKKMG LENPMVVYHA PLDKNFTFFI IYGSLIHTV DYTSIQVQEL EIKAMSMEET NEYIKKHIGR KVVVVGATTG TDAHTVGLDA IMNMKGYAGH YGLERYEMIE A YNLGSQVP ...文字列:
MSSGLYSTEK KQYDTTLDLT RVKPYGDTMN DGKVQLSFTL PVPDGAKAVE AAKQLAKKMG LENPMVVYHA PLDKNFTFFI IYGSLIHTV DYTSIQVQEL EIKAMSMEET NEYIKKHIGR KVVVVGATTG TDAHTVGLDA IMNMKGYAGH YGLERYEMIE A YNLGSQVP NEEFVKKAIE VGADALLVSQ TVTQKDAHIK NLTHLVELLE AEGIRDKVLL ICGGPRITHE LAKELGYDAG FG PGTFADH VATFIVTEMV KRKIPGLKGY KK

UniProtKB: D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit

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分子 #2: D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit

分子名称: D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
分子量理論値: 59.695445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQMRESKLNL DWELVDKARE AARNIVKDTQ KFIDAHTTVS VERTVCRLLG IDGVNDLGVP LPNVVVDHIK SKGNLSLGA ATYIGNAMIY TGLSPQEIAE RVAKGELDLT SIPMADLFEI KLAVQDIAIK TVEKIRENRR KREEFLKKYG D KEGPLLYV ...文字列:
MGSSHHHHHH SQMRESKLNL DWELVDKARE AARNIVKDTQ KFIDAHTTVS VERTVCRLLG IDGVNDLGVP LPNVVVDHIK SKGNLSLGA ATYIGNAMIY TGLSPQEIAE RVAKGELDLT SIPMADLFEI KLAVQDIAIK TVEKIRENRR KREEFLKKYG D KEGPLLYV IVATGNIYED VVQAQAAARQ GADVIAVIRA TAQSLLDYVP YGPTTEGFGG TYATQENFRI MRKALDEVSE EL GRYIRLC NYASGLCMPE IAAMGALERL DVMLNDALYG ILFRDINMKR TMVDQFFSRV INGFAGIIIN TGEDNYLTTA DAY EKAHTV LASQLINEQF ALIAGIPEEQ MGLGHAFEMN PDLRNGFLYE LAQAQMVREI FPKAPLKYMP PTKYMTGNIF KGHV QDAMF NVVTIMTKQR IHLLGMLTEA IHTPFMSDRA LSIESAKYIF NNMADIADEI YFKEGGIIQR RANEVLKKAY ELLKE IEQE GLFKALEQGK FADIKRPIDG GKGLEGVVEK DPNYFNPFID LMLRGDRG

UniProtKB: D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit

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分子 #3: COBALAMIN

分子名称: COBALAMIN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: B12
分子量理論値: 1.330356 KDa
Chemical component information

ChemComp-B12:
COBALAMIN

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分子 #4: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

分子名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PLP
分子量理論値: 247.142 Da
Chemical component information

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

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分子 #5: 5'-DEOXYADENOSINE

分子名称: 5'-DEOXYADENOSINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: 5AD
分子量理論値: 251.242 Da
Chemical component information

ChemComp-5AD:
5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 57.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1xrs

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1482472
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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