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万見
- EMDB-40891: Main central pair structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40891
タイトルMain central pair structure
マップデータMain CP map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 32-nm repeat of the main ciliary central pair
キーワードCilia / Axoneme / central pair / microtubules / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.6 Å
データ登録者Legal T / Bui KH
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-156354 カナダ
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023
タイトル: CEP104/FAP256 and associated cap complex maintain stability of the ciliary tip.
著者: Thibault Legal / Mireya Parra / Maxwell Tong / Corbin S Black / Ewa Joachimiak / Melissa Valente-Paterno / Karl Lechtreck / Jacek Gaertig / Khanh Huy Bui /
要旨: Cilia are essential organelles that protrude from the cell body. Cilia are made of a microtubule-based structure called the axoneme. In most types of cilia, the ciliary tip is distinct from the rest ...Cilia are essential organelles that protrude from the cell body. Cilia are made of a microtubule-based structure called the axoneme. In most types of cilia, the ciliary tip is distinct from the rest of the cilium. Here, we used cryo-electron tomography and subtomogram averaging to obtain the structure of the ciliary tip of the ciliate Tetrahymena thermophila. We show that the microtubules at the tip are highly crosslinked with each other and stabilized by luminal proteins, plugs, and cap proteins at the plus ends. In the tip region, the central pair lacks typical projections and twists significantly. By analyzing cells lacking a ciliary tip-enriched protein CEP104/FAP256 by cryo-electron tomography and proteomics, we discovered candidates for the central pair cap complex and explained the potential functions of CEP104/FAP256. These data provide new insights into the function of the ciliary tip and the mechanisms of ciliary assembly and length regulation.
履歴
登録2023年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40891.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main CP map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.6
最小 - 最大-9.543671 - 17.213740999999999
平均 (標準偏差)0.24150144 (±1.9746008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 1221.1199 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half-map2

ファイルemd_40891_half_map_1.map
注釈half-map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map1

ファイルemd_40891_half_map_2.map
注釈half-map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 32-nm repeat of the main ciliary central pair

全体名称: 32-nm repeat of the main ciliary central pair
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 32-nm repeat of the main ciliary central pair

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超分子 #1: 32-nm repeat of the main ciliary central pair

超分子名称: 32-nm repeat of the main ciliary central pair / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: 32-nm repeat of the main ciliary central pair from Tetrahymena thermophila CU428
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: CU428 / Organelle: Cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 4.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2119
抽出トモグラム数: 70 / 使用した粒子像数: 2292
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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