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万見
- EMDB-40874: Cyanobacterial RNAP-EC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40874
タイトルCyanobacterial RNAP-EC
マップデータ
試料
  • 複合体: CyRNAP-Elongation Complex
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードTranscription regulation RNAP NusG cryo-EM / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal ...DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Transcription termination/antitermination protein NusG
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Qayyum MZ / Imashimizu M / Leanca M / Vishwakarma RK / Bradley Riaz A / Yuzenkova Y / Murakami KS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131860 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure and function of the Si3 insertion integrated into the trigger loop/helix of cyanobacterial RNA polymerase.
著者: M Zuhaib Qayyum / Masahiko Imashimizu / Miron Leanca / Rishi K Vishwakarma / Amber Riaz-Bradley / Yulia Yuzenkova / Katsuhiko S Murakami /
要旨: Cyanobacteria and evolutionarily related chloroplasts of algae and plants possess unique RNA polymerases (RNAPs) with characteristics that distinguish them from canonical bacterial RNAPs. The largest ...Cyanobacteria and evolutionarily related chloroplasts of algae and plants possess unique RNA polymerases (RNAPs) with characteristics that distinguish them from canonical bacterial RNAPs. The largest subunit of cyanobacterial RNAP (cyRNAP) is divided into two polypeptides, β'1 and β'2, and contains the largest known lineage-specific insertion domain, Si3, located in the middle of the trigger loop and spanning approximately half of the β'2 subunit. In this study, we present the X-ray crystal structure of Si3 and the cryo-EM structures of the cyRNAP transcription elongation complex plus the NusG factor with and without incoming nucleoside triphosphate (iNTP) bound at the active site. Si3 has a well-ordered and elongated shape that exceeds the length of the main body of cyRNAP, fits into cavities of cyRNAP in the absence of iNTP bound at the active site and shields the binding site of secondary channel-binding proteins such as Gre and DksA. A small transition from the trigger loop to the trigger helix upon iNTP binding results in a large swing motion of Si3; however, this transition does not affect the catalytic activity of cyRNAP due to its minimal contact with cyRNAP, NusG, or DNA. This study provides a structural framework for understanding the evolutionary significance of these features unique to cyRNAP and chloroplast RNAP and may provide insights into the molecular mechanism of transcription in specific environment of photosynthetic organisms and organelle.
履歴
登録2023年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40874.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.183
最小 - 最大-0.8346843 - 2.034835
平均 (標準偏差)0.0016220463 (±0.058768846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 348.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40874_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_40874_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CyRNAP-Elongation Complex

全体名称: CyRNAP-Elongation Complex
要素
  • 複合体: CyRNAP-Elongation Complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: Transcription termination/antitermination protein NusG
    • DNA: DNA (37-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
    • DNA: DNA (37-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: CyRNAP-Elongation Complex

超分子名称: CyRNAP-Elongation Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 33.814891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTFQVECVES RTEADQGQYG RFSIEPLARG QGTTVGNALR RVLLSNLEGT AVTAVRIGGV NHEFATIPGV REDVLDILLN VRELVVHAH SPQPQIGRLR VVGPATVTAA DVDFGPEVEV INPNHYIASL SEGATLEMEL KVEWGTGYRA IDRSHDETTA L DFLQLDAV ...文字列:
MTFQVECVES RTEADQGQYG RFSIEPLARG QGTTVGNALR RVLLSNLEGT AVTAVRIGGV NHEFATIPGV REDVLDILLN VRELVVHAH SPQPQIGRLR VVGPATVTAA DVDFGPEVEV INPNHYIASL SEGATLEMEL KVEWGTGYRA IDRSHDETTA L DFLQLDAV FMPVRRVNYS VEDARVGEST AIDRLVLEVW TNGSLSPQEA LSQAASCLVA LFEPLKNVSV GSTHTADPEP TP ESQTPIE DLQLSVRAYN CLKRAQVNSV ADLLSYTYED LLEIKNFGQK SAEEVVEALE RIGIKLQESK VS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 123.428547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAEQTQLAPA AFHLPDLVAI QRNSFRWFLE EGLIEELESF SPITDYTGKL ELHFLGKQYK LKRPKYDVDE AKRRDGTYSV QMYVPTRLI NKETGEIKEQ EVFIGDLPLM TDRGTFIING AERVIVNQIV RSPGVYYKSE RDKNGRLTHN ASLIPNRGAW L KFETDKNG ...文字列:
MAEQTQLAPA AFHLPDLVAI QRNSFRWFLE EGLIEELESF SPITDYTGKL ELHFLGKQYK LKRPKYDVDE AKRRDGTYSV QMYVPTRLI NKETGEIKEQ EVFIGDLPLM TDRGTFIING AERVIVNQIV RSPGVYYKSE RDKNGRLTHN ASLIPNRGAW L KFETDKNG LVWVRIDKTR KLSAQVLLKA LGLSDNEIYD KLRHPEYYQK TIDKEGQFSE DEALMELYRK LRPGEPPTVS GG QQLLESR FFDPKRYDLG RVGRYKLNKK LGLNVADTVR TLTSEDILAA IDYLINLELD LGGCEVDDID HLGNRRVRSV GEL LQNQVR VGLNRLERII RERMTVSDSD SLSPASLVNP KPLVAAIKEF FGSSQLSQFM DQTNPLAELT HKRRLSALGP GGLT RERAG FAVRDIHPSH YGRICPIETP EGPNAGLIGS LATHARVNDY GFIETPFWRV EEGRVRKDLA PVYMTADQED DLRVA PGDV ATDDAGYILG TTIPVRYRQD FTTTTPERVD YVALSPVQII SVATSLIPFL EHDDANRALM GSNMQRQAVP LLRPER PLV GTGLEPQAAR DSGMVITSPV DGTISYVDAT HIEVTADTGE KYGYALQKYQ RSNQDTCLNQ RPIVFEGDRV QRGQVIA DG SATEKGELAL GQNILVAYMP WEGYNYEDAI LISERLVYDD VYTSIHIEKF EIEARQTKLG PEEITREIPN VGEDALRQ L DENGIIRVGA WVESGDILVG KVTPKGESDQ PPEEKLLRAI FGEKARDVRD NSLRVPNGEK GRVVDVRLFT REQGDELPP GANMVVRVYV AQKRKIQVGD KMAGRHGNKG IISRILPCED MPYLPDGTPL DIVLNPLGVP SRMNVGQVFE CMLGWAGQLL DARFKVTPF DEMYGAEASR LTVNAKLSEA REQTGQPWVF SDDEPGKIQV YDGRTGEPFD RPVTVGRAYM LKLVHLVDDK I HARSTGPY SLVTQQPLGG KAQQGGQRFG EMEVWALEAY GAAYILQELL TVKSDDMQGR NEALNAIVKG KAIPRPGTPE SF KVLMREL QSLCLDIAVY KASTEDYEED KEVDLMADVN QRRTPSRPTY ESMSVGDIDD DDD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 71.054367 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAKQEQRFDY VKIALASPER IRQWGERTLP NGQVVGEVTK PETINYRTLK PEMDGLFCEK IFGPAKDWEC HCGKYKRVRH RGIVCERCG VEVTESRVRR HRMGFIKLAA PVAHVWYLKG IPSYIAILLD MPLRDVEQIV YFNSYVVLNP GNHSELQYKQ L LNEDQWME ...文字列:
MAKQEQRFDY VKIALASPER IRQWGERTLP NGQVVGEVTK PETINYRTLK PEMDGLFCEK IFGPAKDWEC HCGKYKRVRH RGIVCERCG VEVTESRVRR HRMGFIKLAA PVAHVWYLKG IPSYIAILLD MPLRDVEQIV YFNSYVVLNP GNHSELQYKQ L LNEDQWME IEDQIYAEES DLEGIEVGIG AEALQQLLQD LNLNEESEKL RQEIAESKGQ KRAKLIKRLR VIDNFIGTES RP EWMVLNV IPVIPPDLRP MVQLDGGRFA TSDLNDLYRR VINRNNRLAR LQEILAPEII VRNEKRMLQE AVDALIDNGR RGR TVVGAN NRPLKSLSDI IEGKQGRFRQ NLLGKRVDYS GRSVIVVGPN LKIHQCGLPR EMAIELFQPF VIHRLIKNHS INNI KQAKK LIQKNDPLIW DVLEEVIEGH PVMLNRAPTL HRLGIQAFEP ILVEGRAIQL HPLVCPAFNA DFDGDQMAVH VPLSI EAQA EARMLMLASG NILSPATGQP IVTPSQDMVL GCYYLTAENP GAQKGAGRYF ANLEDAIRAF EQGSVDLHAW VWVRFD GEV ESEGESDEPE SVVAADDGTV TKTYRFRRIR ETEDGQRLSQ YVKTTPGRIL FNNTVQTALI H

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 144.006031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAEAKSAPIF RNRVIDKKQL KKLIGWTFAH YGTAKTAVVA DDLKALGFRY ATRAGVSISI DDLKVPGSKA ELLESAEKRI QETEDRYTR GEITEVERFQ KVIDTWANTN DELTDRVVKN FRESDPLNSV YMMAFSGARG NISQVRQLVG MRGLMANPQG E IIDLPIKT ...文字列:
MAEAKSAPIF RNRVIDKKQL KKLIGWTFAH YGTAKTAVVA DDLKALGFRY ATRAGVSISI DDLKVPGSKA ELLESAEKRI QETEDRYTR GEITEVERFQ KVIDTWANTN DELTDRVVKN FRESDPLNSV YMMAFSGARG NISQVRQLVG MRGLMANPQG E IIDLPIKT NFREGLTVTE YIISSYGARK GLVDTALRTA DSGYLTRRLV DVSQDVIIHE VDCGTSRGLF VEAMTDGDRI LI PISQRLL GRVTAEAVLD PSTDEVLAEA GQDINEDLAN RIEKAGIKKV KVRSPLTCEA ARSVCQKCYG WSLAHAQMVD MGE AVGIIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHTGG VFTGETARLL RAPVAGTIKL GKKARTRPYR TRHGEEALLA EANFDLVLEG KGRK ETFAI LQGSTIFVQD GDKVAAEAIL AEVPVSGRTK RTVEKATKDV ATDLAGEIRF QDIVPEEKTD RQGNTTRIAQ RGGLL WVLA GDVYNLLPGA EPTVKNGDRV EVGDVLAETK LTTERGGTVR MGEDNGSSTH REVEIITASV VLDTATVKAE ASQGRE HYV IETKGGQRFN LLAAPGTKVT TGHVVAELID SRYRTQTGGL LKYSGVEISK KGRAKAKQGY EVTKGGTLLW IPEETHE VN KDISLLNVED GQLVEAGTEV VKDIFCQTTG IVSVTQNNDI LREIVIKPGD VHVLDDPDTA AKYDEGRLVN AGEEVFPG L TAEQLVWAEA VDGTDGPLLL LRPVQELVIP DEPPVPSQDS SQESSSRSIR LRAVQRLQFQ DGERIKSVEG VDLLRTQLV LESEEGSSQL SADIELLPDS KDPETLRLQL VIIEPVVIRR DVASDTTHGS THTELRVKDG QKVKPGAVIA CTQIQCKEAG VVRGIQEGS EAVRRLLVER ERDCVTLDLD VTAATQLQPG SLIVAGTQLV DGIIAPESGE VRAIAPGQLQ LRIARPYRVS Q GAVLHVED KGLVQRGDNL VLLVFERAKT GDIIQGLPRI EELLEARKPK EACILARRPG VAHINYSDDD AIDIQVIEAD GT QADYPVG PGQPLIISDG ETVDAGQALT DGPANPHDLL EIYYDYFREQ LGEDYEAALE SLRRVQALLV NEVQSVYQSQ GID ISDKHI EVIVRQMTSK VRIDDGGDTI MLPGELHELR EVYNSNNTMA LTGMAPAQFT PVLLGITKAS LNTNSFISAA SFQE TTRVL TEAAIEGKSD WLRGLKENVI IGRLIPAGTG FKAYEESLLT DVDGGYEDRV YDDDLADVVI DDRAARSYTL NEGRD FSRS MTFAEGESMI LDDGEELIDD SSASLRNLVD VDED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 8.787966 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MLQRFDLDSQ DLLFKAESLI VNSTNRYHVT LQIARRAKQA RYEEMENLSE ETGIKPVLRA ILEMSDELNQ PEIIGG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #6: Transcription termination/antitermination protein NusG

分子名称: Transcription termination/antitermination protein NusG
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 23.117375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTDQYEEQLL SADDSVASEK ARWYAVQVAS GCEKRVKATL EQRVQTLDAA NRILQVEIPE TPIVKLKKDG SRQSAEEKVF PGYVLVRMI LDDDAWQIVR NTPHVINFVG AEQKRPYGRG RGHVKPMPLS PGEVGRIFKR AQEQKPTVKI DLAEGDQILV L SGPFKDFE ...文字列:
MTDQYEEQLL SADDSVASEK ARWYAVQVAS GCEKRVKATL EQRVQTLDAA NRILQVEIPE TPIVKLKKDG SRQSAEEKVF PGYVLVRMI LDDDAWQIVR NTPHVINFVG AEQKRPYGRG RGHVKPMPLS PGEVGRIFKR AQEQKPTVKI DLAEGDQILV L SGPFKDFE GTVIEVSPER SKLKALLSIF GRDTPVELEF NQVQKQN

UniProtKB: Transcription termination/antitermination protein NusG

+
分子 #7: DNA (37-MER)

分子名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.20279 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC) (DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) (DC)

+
分子 #9: DNA (37-MER)

分子名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.251828 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC) (DC)

+
分子 #8: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.509968 KDa
配列文字列:
GCAUUCAAAG CGGAGAGGUA

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 40mM Tris-HCl 200mM KCl 1mM EDTA 1mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8emb

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 176309
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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