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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4085 | |||||||||
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タイトル | The Dimeric Architecture of Checkpoint Kinases Mec1/ATR and Tel1/ATM Reveal a Common Structural Organization. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Sawicka M / Wanrooij PH / Darbari VC / Tannous E / Hailemariam S / Bose D / Makarova AV / Burgers PM / Zhang X | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016 タイトル: The Dimeric Architecture of Checkpoint Kinases Mec1ATR and Tel1ATM Reveal a Common Structural Organization. 著者: Marta Sawicka / Paulina H Wanrooij / Vidya C Darbari / Elias Tannous / Sarem Hailemariam / Daniel Bose / Alena V Makarova / Peter M Burgers / Xiaodong Zhang / 要旨: The phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinases are key regulators controlling a wide range of cellular events. The yeast Tel1 and Mec1·Ddc2 complex (ATM and ATR-ATRIP in humans) play ...The phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinases are key regulators controlling a wide range of cellular events. The yeast Tel1 and Mec1·Ddc2 complex (ATM and ATR-ATRIP in humans) play pivotal roles in DNA replication, DNA damage signaling, and repair. Here, we present the first structural insight for dimers of Mec1·Ddc2 and Tel1 using single-particle electron microscopy. Both kinases reveal a head to head dimer with one major dimeric interface through the N-terminal HEAT (named after Huntingtin, elongation factor 3, protein phosphatase 2A, and yeast kinase TOR1) repeat. Their dimeric interface is significantly distinct from the interface of mTOR complex 1 dimer, which oligomerizes through two spatially separate interfaces. We also observe different structural organizations of kinase domains of Mec1 and Tel1. The kinase domains in the Mec1·Ddc2 dimer are located in close proximity to each other. However, in the Tel1 dimer they are fully separated, providing potential access of substrates to this kinase, even in its dimeric form. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4085.map.gz | 363.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4085-v30.xml emd-4085.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4085.png | 128.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4085 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4085_validation.pdf.gz | 189.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4085_full_validation.pdf.gz | 188.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4085_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4085 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Checkpoint Kinase Mec1 with its associating protein Ddc2
全体 | 名称: Complex of Checkpoint Kinase Mec1 with its associating protein Ddc2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Checkpoint Kinase Mec1 with its associating protein Ddc2
超分子 | 名称: Complex of Checkpoint Kinase Mec1 with its associating protein Ddc2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 720 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.025 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% v/v uranyl acetate | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: TAAB / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 5633 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. V) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. V) |