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万見
- EMDB-40797: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 21N13, 21M20 and RM20A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40797
タイトルBG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 21N13, 21M20 and RM20A3
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 21M20 heavy chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: 21M20 light chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: BG505 GT1.1 SOSIP gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 heavy chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 light chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: 21N13 heavy chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: 21N13 light chain variable region
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードgermline targeting / HIV-1 Env / neutralizing antibody / non-human primate antibody / CD4 binding site / fusion peptide / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca (オナガザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Ozorowski G / Torres JL / Zhang S / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2024
タイトル: Germline-targeting HIV vaccination induces neutralizing antibodies to the CD4 binding site.
著者: Tom G Caniels / Max Medina-Ramìrez / Shiyu Zhang / Sven Kratochvil / Yuejiao Xian / Ja-Hyun Koo / Ronald Derking / Jakob Samsel / Jelle van Schooten / Simone Pecetta / Edward Lamperti / Meng ...著者: Tom G Caniels / Max Medina-Ramìrez / Shiyu Zhang / Sven Kratochvil / Yuejiao Xian / Ja-Hyun Koo / Ronald Derking / Jakob Samsel / Jelle van Schooten / Simone Pecetta / Edward Lamperti / Meng Yuan / María Ríos Carrasco / Iván Del Moral Sánchez / Joel D Allen / Joey H Bouhuijs / Anila Yasmeen / Thomas J Ketas / Jonne L Snitselaar / Tom P L Bijl / Isabel Cuella Martin / Jonathan L Torres / Albert Cupo / Lisa Shirreff / Kenneth Rogers / Rosemarie D Mason / Mario Roederer / Kelli M Greene / Hongmei Gao / Catarina Mendes Silva / Isabel J L Baken / Ming Tian / Frederick W Alt / Bali Pulendran / Michael S Seaman / Max Crispin / Marit J van Gils / David C Montefiori / Adrian B McDermott / François J Villinger / Richard A Koup / John P Moore / Per Johan Klasse / Gabriel Ozorowski / Facundo D Batista / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
要旨: Eliciting potent and broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is a major goal in HIV-1 vaccine development. Here, we describe how germline-targeting immunogen BG505 SOSIP germline trimer 1.1 (GT1.1), ...Eliciting potent and broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is a major goal in HIV-1 vaccine development. Here, we describe how germline-targeting immunogen BG505 SOSIP germline trimer 1.1 (GT1.1), generated through structure-based design, engages a diverse range of VRC01-class bnAb precursors. A single immunization with GT1.1 expands CD4 binding site (CD4bs)-specific VRC01-class B cells in knock-in mice and drives VRC01-class maturation. In nonhuman primates (NHPs), GT1.1 primes CD4bs-specific neutralizing serum responses. Selected monoclonal antibodies (mAbs) isolated from GT1.1-immunized NHPs neutralize fully glycosylated BG505 virus. Two mAbs, 12C11 and 21N13, neutralize subsets of diverse heterologous neutralization-resistant viruses. High-resolution structures revealed that 21N13 targets the same conserved residues in the CD4bs as VRC01-class and CH235-class bnAbs despite its low sequence similarity (~40%), whereas mAb 12C11 binds predominantly through its heavy chain complementarity-determining region 3. These preclinical data underpin the ongoing evaluation of GT1.1 in a phase 1 clinical trial in healthy volunteers.
履歴
登録2023年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40797.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 417.6 Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 417.6 Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 417.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.044 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.1151115 - 1.9512358
平均 (標準偏差)-0.00077392225 (±0.034971155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 417.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40797_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_40797_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_40797_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab

全体名称: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab
要素
  • 複合体: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: 21M20 heavy chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: 21M20 light chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: BG505 GT1.1 SOSIP gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 heavy chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 light chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: 21N13 heavy chain variable region
    • タンパク質・ペプチド: 21N13 light chain variable region
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab

超分子名称: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with 21N13 Fab, 21M20 Fab and RM20A3 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 770 KDa

+
分子 #1: 21M20 heavy chain variable region

分子名称: 21M20 heavy chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 13.737351 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LAKPGGSLRL SCAASGFTFS RSIMHWVRQA PGKGLEWVST INYAGSTYYA DSVRGRFVIS RDNSKNTLSL QMNSVRPED RAVYHCAKDK EGYYSGGYPL WYFDLWGPGT PVTISS

+
分子 #2: 21M20 light chain variable region

分子名称: 21M20 light chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 11.358563 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DVQMTQSPSS LSASVGDKVS ITCRASQGIA DALAWYQQKP GKAPKLLIYG ASNLESGVPS RFSGSGSGTD FSLTISSLQA EDFAVYYCQ QRNSHPPTFG QGTRVEVK

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分子 #3: BG505 GT1.1 SOSIP gp120

分子名称: BG505 GT1.1 SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.27548 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETKK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKRQK ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETKK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKRQK VHALFYKLDI VPINENQNTS YRLINCNTAA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SV STVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEEE VMIRSKDIRN NAKNILVQFN TPVQINCTRP NNNTRKSIRI GPGQWFYATG DII GDIRQA HCNVSKATWN ETLGKVVKQL RKHFGNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCDTSG LFNSTWISNT SVQG SNSTG SNDSITLPCR IKQIINMWQR IGQAMYAPPI QGVIRCVSNI TGLILTRDGG STDSTTETFR PSGGDMRDNW RSELY KYKV VKIEPLGVAP TRCKRRVVGR RRRRR

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分子 #4: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #5: RM20A3 heavy chain variable region

分子名称: RM20A3 heavy chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 13.424034 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVS

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分子 #6: RM20A3 light chain variable region

分子名称: RM20A3 light chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 11.755821 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPPSV SGSPGQSVTI SCTGTSSDIG SYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVTQRPSGV SDRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CSAYAGRQTF YIFGGGTRLT VL

+
分子 #7: 21N13 heavy chain variable region

分子名称: 21N13 heavy chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 14.476926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG RVKPSETLSL TCAVSDDSFG SSYFYWSWIR QAPGKGLEWI GYIAYSGGVR YNPSLSSRVT ISRNIHERQF YLRLTSMTA ADTAVYYCAR HCEDDYGYYS AAQSYGLDSW GQGIAVTVSP S

+
分子 #8: 21N13 light chain variable region

分子名称: 21N13 light chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 11.757068 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRTSENVN NCLNWYQQKP GKAPKLLIYR TSTLQRGVPS RFSGTGSGTD YTLTISSLQS EDFGTYYCQ HYYGTPLTFG GGTMVDIK

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 33 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMSodium chlorideNaCl
0.06 mMn-Dodecyl-B-D-Maltopyranoside

詳細: Detergent added shortly before freezing
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 48.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 242098
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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