PDB-8d01: The domain-swaped dimer of the HIV-1 CD4bs targeting antibody 21N13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d01

タイトル

The domain-swaped dimer of the HIV-1 CD4bs targeting antibody 21N13

要素

21N13 Fab heavy chain
21N13 Fab light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 CD4bs antibody / Domain swap dimer / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Xian, Y. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Antigenic Characterization of B Cell Mosaic Env Trimers
著者: Xian, Y. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2022年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8d01.cif.gz	225.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8d01.ent.gz	144.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8d01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/8d01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d50C 8d53C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 21N13 Fab heavy chain

L: 21N13 Fab light chain

A: 21N13 Fab heavy chain

B: 21N13 Fab light chain

95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	260.367, 45.151, 84.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.609, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

#1: 抗体	21N13 Fab heavy chain 分子量: 24366.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	21N13 Fab light chain 分子量: 23413.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.237M potassium thiocyanate, 10 %(w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.46→50 Å / Num. obs: 34904 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.346 / R_pim(I) all: 0.151 / R_rim(I) all: 0.379 / Χ²: 1.074 / Net I/σ(I): 4.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	5.8	1.671	1698	0.349	0.752	1.836	1.175	99.9
2.54-2.59	5.5	1.551	1722	0.43	0.717	1.712	1.122	99.9
2.59-2.64	5.9	1.392	1748	0.506	0.612	1.524	1.157	100
2.64-2.69	5.8	1.242	1715	0.521	0.56	1.365	1.115	99.8
2.69-2.75	5.9	1.122	1738	0.697	0.497	1.23	1.139	99.9
2.75-2.82	6.3	1.018	1742	0.733	0.431	1.107	1.097	99.9
2.82-2.89	6.3	0.873	1683	0.804	0.37	0.95	1.144	99.9
2.89-2.96	6.3	0.718	1744	0.853	0.304	0.781	1.097	99.9
2.96-3.05	6.3	0.58	1730	0.929	0.247	0.631	1.077	100
3.05-3.15	6.3	0.463	1741	0.937	0.198	0.505	1.1	100
3.15-3.26	6	0.382	1745	0.945	0.167	0.418	1.121	100
3.26-3.39	5.8	0.296	1725	0.958	0.131	0.325	1.093	100
3.39-3.55	6	0.261	1760	0.964	0.115	0.286	1.12	100
3.55-3.73	6.4	0.234	1739	0.97	0.1	0.255	1.016	100
3.73-3.97	6.5	0.193	1728	0.98	0.081	0.21	0.946	99.9
3.97-4.27	6.5	0.152	1765	0.984	0.064	0.165	1.038	100
4.27-4.7	6.2	0.123	1753	0.987	0.053	0.134	0.952	99.9
4.7-5.38	5.8	0.124	1780	0.987	0.056	0.136	1.005	99.9
5.38-6.78	6.6	0.13	1784	0.986	0.055	0.142	1.003	100
6.78-50	6	0.129	1864	0.987	0.056	0.141	1.017	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: F105

解像度: 2.46→47.68 Å / SU ML: 0.3187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	1711	4.9 %
R_work	0.1891	33176	-
obs	0.1911	34887	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6556	0	0	424	6980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	6712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.537	9135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	1024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5044	2402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.53	0.3339	110	0.2682	1839	X-RAY DIFFRACTION	65.93
2.53-2.62	0.3176	132	0.2459	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.62-2.71	0.2909	136	0.234	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.71-2.82	0.2996	146	0.2295	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.82-2.95	0.3075	149	0.2222	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.95-3.1	0.2737	140	0.2204	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.1-3.3	0.2762	152	0.2234	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.55	0.2493	140	0.1822	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.91	0.2135	146	0.1727	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.47	0.1758	157	0.1432	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.47-5.63	0.1512	151	0.1393	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.63-47.68	0.1628	152	0.1773	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.78

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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