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- EMDB-40736: FoxP3 tetramer on TTTG repeats -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40736
タイトルFoxP3 tetramer on TTTG repeats
マップデータ
試料
  • 複合体: FoxP3-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Forkhead box protein P3
    • DNA: DNA 72-mer
    • DNA: DNA 72-mer
キーワードFoxP3 / STRs / transcriptional factor / FKH / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of peripheral T cell tolerance induction / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell lineage commitment / establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / tolerance induction / negative regulation of interleukin-4 production / : / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / negative regulation of chronic inflammatory response / negative regulation of T cell cytokine production ...positive regulation of peripheral T cell tolerance induction / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell lineage commitment / establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / tolerance induction / negative regulation of interleukin-4 production / : / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / negative regulation of chronic inflammatory response / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of interleukin-5 production / regulation of isotype switching to IgG isotypes / tolerance induction to self antigen / negative regulation of defense response to virus / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / T cell mediated immunity / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell tolerance induction / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / regulatory T cell differentiation / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of interleukin-17 production / regulation of T cell anergy / myeloid cell homeostasis / : / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of cytokine production / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of interleukin-10 production / NFAT protein binding / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / B cell homeostasis / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of interleukin-6 production / : / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of T cell proliferation / T cell activation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / response to virus / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription corepressor activity / T cell receptor signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to lipopolysaccharide / sequence-specific DNA binding / gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Forkhead box protein P (FoxP) family leucine zipper (ZIP) domain profile. / FOXP, coiled-coil domain / : / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 ...: / Forkhead box protein P (FoxP) family leucine zipper (ZIP) domain profile. / FOXP, coiled-coil domain / : / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein P3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Leng F / Hur S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: FOXP3 recognizes microsatellites and bridges DNA through multimerization.
著者: Wenxiang Zhang / Fangwei Leng / Xi Wang / Ricardo N Ramirez / Jinseok Park / Christophe Benoist / Sun Hur /
要旨: FOXP3 is a transcription factor that is essential for the development of regulatory T cells, a branch of T cells that suppress excessive inflammation and autoimmunity. However, the molecular ...FOXP3 is a transcription factor that is essential for the development of regulatory T cells, a branch of T cells that suppress excessive inflammation and autoimmunity. However, the molecular mechanisms of FOXP3 remain unclear. Here we here show that FOXP3 uses the forkhead domain-a DNA-binding domain that is commonly thought to function as a monomer or dimer-to form a higher-order multimer after binding to TG repeat microsatellites. The cryo-electron microscopy structure of FOXP3 in a complex with TG repeats reveals a ladder-like architecture, whereby two double-stranded DNA molecules form the two 'side rails' bridged by five pairs of FOXP3 molecules, with each pair forming a 'rung'. Each FOXP3 subunit occupies TGTTTGT within the repeats in a manner that is indistinguishable from that of FOXP3 bound to the forkhead consensus motif (TGTTTAC). Mutations in the intra-rung interface impair TG repeat recognition, DNA bridging and the cellular functions of FOXP3, all without affecting binding to the forkhead consensus motif. FOXP3 can tolerate variable inter-rung spacings, explaining its broad specificity for TG-repeat-like sequences in vivo and in vitro. Both FOXP3 orthologues and paralogues show similar TG repeat recognition and DNA bridging. These findings therefore reveal a mode of DNA recognition that involves transcription factor homomultimerization and DNA bridging, and further implicates microsatellites in transcriptional regulation and diseases.
履歴
登録2023年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40736.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40736.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 337.6 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 337.6 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 337.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.55
最小 - 最大-1.8208714 - 3.546858
平均 (標準偏差)0.0011455261 (±0.0702057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 337.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40736_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40736_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FoxP3-DNA complex

全体名称: FoxP3-DNA complex
要素
  • 複合体: FoxP3-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Forkhead box protein P3
    • DNA: DNA 72-mer
    • DNA: DNA 72-mer

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超分子 #1: FoxP3-DNA complex

超分子名称: FoxP3-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Forkhead box protein P3

分子名称: Forkhead box protein P3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.282246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSYPLLANGV CKWPGCEKVF EEPEEFLKHC QADHLLDEKG KAQCLLQREV VQSLEQQLEL EKEKLGAMQA HLAGKMALAK APSVASMDK SSCCIVATST QGSVLPAWSA PREAPDGGLF AVRRHLWGSH GNSSFPEFFH NMDYFKYHNM RPPFTYATLI R WAILEAPE ...文字列:
GSYPLLANGV CKWPGCEKVF EEPEEFLKHC QADHLLDEKG KAQCLLQREV VQSLEQQLEL EKEKLGAMQA HLAGKMALAK APSVASMDK SSCCIVATST QGSVLPAWSA PREAPDGGLF AVRRHLWGSH GNSSFPEFFH NMDYFKYHNM RPPFTYATLI R WAILEAPE RQRTLNEIYH WFTRMFAYFR NHPATWKNAI RHNLSLHKCF VRVESEKGAV WTVDEFEFRK KRSQRPNK

UniProtKB: Forkhead box protein P3

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分子 #2: DNA 72-mer

分子名称: DNA 72-mer / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 22.07349 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)

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分子 #3: DNA 72-mer

分子名称: DNA 72-mer / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 22.307139 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG)(DT)(DT)(DT)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7tdx

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 317175
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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