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万見
- EMDB-4069: RadA dodecamer on ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4069
タイトルRadA dodecamer on ssDNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of RadA with ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: RadA
    • DNA: M13mp18
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Rapisarda C / Fronzes R
引用ジャーナル: To be published
タイトル: RadA dodecamer on ssDNA
著者: Rapisarda C / Fronzes R
履歴
登録2016年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2018年1月17日-
更新2018年1月24日-
現状2018年1月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4069.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.99 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.039 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.04329799 - 0.107960224
平均 (標準偏差)0.00038854362 (±0.0075932513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 390.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.991.991.99
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.040390.040390.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.0430.1080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RadA with ssDNA

全体名称: Complex of RadA with ssDNA
要素
  • 複合体: Complex of RadA with ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: RadA
    • DNA: M13mp18

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超分子 #1: Complex of RadA with ssDNA

超分子名称: Complex of RadA with ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / 株: R6
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pASK IBA13
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: RadA

分子名称: RadA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / 株: R6
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASWSHPQFE KSGGGGGLVP RGSKKKATFV CQNCGYNSPK YLGRCPNCGS WSSFVEEVEV AEVKNARVSL TGEKTKPMKL AEVTSINVNR TKTEMEEFNR VLGGGVVPGS LVLIGGDPGI GKSTLLLQVS TQLSQVGTVL YVSGEESAQQ IKLRAERLGD IDSEFYLYAE ...文字列:
MASWSHPQFE KSGGGGGLVP RGSKKKATFV CQNCGYNSPK YLGRCPNCGS WSSFVEEVEV AEVKNARVSL TGEKTKPMKL AEVTSINVNR TKTEMEEFNR VLGGGVVPGS LVLIGGDPGI GKSTLLLQVS TQLSQVGTVL YVSGEESAQQ IKLRAERLGD IDSEFYLYAE TNMQSVRAEV ERIQPDFLII DSIQTIMSPE ISGVQGSVSQ VREVTAELMQ LAKTNNIAIF IVGHVTKEGT LAGPRMLEHM VDTVLYFEGE RHHTFRILRA VKNRFGSTNE IGIFEMQSGG LVEVLNPSQV FLEERLDGAT GSSIVVTMEG TRPILAEVQA LVTPTMFGNA KRTTTGLDFN RASLIMAVLE KRAGLLLQNQ DAYLKSAGGV KLDEPAIDLA VAVAIASSYK DKPTNPQECF VGELGLTGEI RRVNRIEQRI NEAAKLGFTK IYVPKNSLTG ITLPKEIQVI GVTTIQEVLK KVF

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分子 #2: M13mp18

分子名称: M13mp18 / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: AATGCTACTA CTATTAGTAG AATTGATGCC ACCTTTTCAG CTCGCGCCCC AAATGAAAAT ATAGCTAAAC AGGTTATTGA CCATTTGCG AAATGTATCT AATGGTCAAA CTAAATCTAC TCGTTCGCAG AATTGGGAAT CAACTGTTAT ATGGAATGAA A CTTCCAGA ...文字列:
AATGCTACTA CTATTAGTAG AATTGATGCC ACCTTTTCAG CTCGCGCCCC AAATGAAAAT ATAGCTAAAC AGGTTATTGA CCATTTGCG AAATGTATCT AATGGTCAAA CTAAATCTAC TCGTTCGCAG AATTGGGAAT CAACTGTTAT ATGGAATGAA A CTTCCAGA CACCGTACTT TAGTTGCATA TTTAAAACAT GTTGAGCTAC AGCATTATAT TCAGCAATTA AGCTCTAAGC CA TCCGCAA AAATGACCTC TTATCAAAAG GAGCAATTAA AGGTACTCTC TAATCCTGAC CTGTTGGAGT TTGCTTCCGG TCT GGTTCG CTTTGAAGCT CGAATTAAAA CGCGATATTT GAAGTCTTTC GGGCTTCCTC TTAATCTTTT TGATGCAATC CGCT TTGCT TCTGACTATA ATAGTCAGGG TAAAGACCTG ATTTTTGATT TATGGTCATT CTCGTTTTCT GAACTGTTTA AAGCA TTTG AGGGGGATTC AATGAATATT TATGACGATT CCGCAGTATT GGACGCTATC CAGTCTAAAC ATTTTACTAT TACCCC CTC TGGCAAAACT TCTTTTGCAA AAGCCTCTCG CTATTTTGGT TTTTATCGTC GTCTGGTAAA CGAGGGTTAT GATAGTG TT GCTCTTACTA TGCCTCGTAA TTCCTTTTGG CGTTATGTAT CTGCATTAGT TGAATGTGGT ATTCCTAAAT CTCAACTG A TGAATCTTTC TACCTGTAAT AATGTTGTTC CGTTAGTTCG TTTTATTAAC GTAGATTTTT CTTCCCAACG TCCTGACTG GTATAATGAG CCAGTTCTTA AAATCGCATA AGGTAATTCA CAATGATTAA AGTTGAAATT AAACCATCTC AAGCCCAATT TACTACTCG TTCTGGTGTT TCTCGTCAGG GCAAGCCTTA TTCACTGAAT GAGCAGCTTT GTTACGTTGA TTTGGGTAAT G AATATCCG GTTCTTGTCA AGATTACTCT TGATGAAGGT CAGCCAGCCT ATGCGCCTGG TCTGTACACC GTTCATCTGT CC TCTTTCA AAGTTGGTCA GTTCGGTTCC CTTATGATTG ACCGTCTGCG CCTCGTTCCG GCTAAGTAAC ATGGAGCAGG TCG CGGATT TCGACACAAT TTATCAGGCG ATGATACAAA TCTCCGTTGT ACTTTGTTTC GCGCTTGGTA TAATCGCTGG GGGT CAAAG ATGAGTGTTT TAGTGTATTC TTTTGCCTCT TTCGTTTTAG GTTGGTGCCT TCGTAGTGGC ATTACGTATT TTACC CGTT TAATGGAAAC TTCCTCATGA AAAAGTCTTT AGTCCTCAAA GCCTCTGTAG CCGTTGCTAC CCTCGTTCCG ATGCTG TCT TTCGCTGCTG AGGGTGACGA TCCCGCAAAA GCGGCCTTTA ACTCCCTGCA AGCCTCAGCG ACCGAATATA TCGGTTA TG CGTGGGCGAT GGTTGTTGTC ATTGTCGGCG CAACTATCGG TATCAAGCTG TTTAAGAAAT TCACCTCGAA AGCAAGCT G ATAAACCGAT ACAATTAAAG GCTCCTTTTG GAGCCTTTTT TTTGGAGATT TTCAACGTGA AAAAATTATT ATTCGCAAT TCCTTTAGTT GTTCCTTTCT ATTCTCACTC CGCTGAAACT GTTGAAAGTT GTTTAGCAAA ATCCCATACA GAAAATTCAT TTACTAACG TCTGGAAAGA CGACAAAACT TTAGATCGTT ACGCTAACTA TGAGGGCTGT CTGTGGAATG CTACAGGCGT T GTAGTTTG TACTGGTGAC GAAACTCAGT GTTACGGTAC ATGGGTTCCT ATTGGGCTTG CTATCCCTGA AAATGAGGGT GG TGGCTCT GAGGGTGGCG GTTCTGAGGG TGGCGGTTCT GAGGGTGGCG GTACTAAACC TCCTGAGTAC GGTGATACAC CTA TTCCGG GCTATACTTA TATCAACCCT CTCGACGGCA CTTATCCGCC TGGTACTGAG CAAAACCCCG CTAATCCTAA TCCT TCTCT TGAGGAGTCT CAGCCTCTTA ATACTTTCAT GTTTCAGAAT AATAGGTTCC GAAATAGGCA GGGGGCATTA ACTGT TTAT ACGGGCACTG TTACTCAAGG CACTGACCCC GTTAAAACTT ATTACCAGTA CACTCCTGTA TCATCAAAAG CCATGT ATG ACGCTTACTG GAACGGTAAA TTCAGAGACT GCGCTTTCCA TTCTGGCTTT AATGAGGATT TATTTGTTTG TGAATAT CA AGGCCAATCG TCTGACCTGC CTCAACCTCC TGTCAATGCT GGCGGCGGCT CTGGTGGTGG TTCTGGTGGC GGCTCTGA G GGTGGTGGCT CTGAGGGTGG CGGTTCTGAG GGTGGCGGCT CTGAGGGAGG CGGTTCCGGT GGTGGCTCTG GTTCCGGTG ATTTTGATTA TGAAAAGATG GCAAACGCTA ATAAGGGGGC TATGACCGAA AATGCCGATG AAAACGCGCT ACAGTCTGAC GCTAAAGGC AAACTTGATT CTGTCGCTAC TGATTACGGT GCTGCTATCG ATGGTTTCAT TGGTGACGTT TCCGGCCTTG C TAATGGTA ATGGTGCTAC TGGTGATTTT GCTGGCTCTA ATTCCCAAAT GGCTCAAGTC GGTGACGGTG ATAATTCACC TT TAATGAA TAATTTCCGT CAATATTTAC CTTCCCTCCC TCAATCGGTT GAATGTCGCC CTTTTGTCTT TGGCGCTGGT AAA CCATAT GAATTTTCTA TTGATTGTGA CAAAATAAAC TTATTCCGTG GTGTCTTTGC GTTTCTTTTA TATGTTGCCA CCTT TATGT ATGTATTTTC TACGTTTGCT AACATACTGC GTAATAAGGA GTCTTAATCA TGCCAGTTCT TTTGGGTATT CCGTT ATTA TTGCGTTTCC TCGGTTTCCT TCTGGTAACT TTGTTCGGCT ATCTGCTTAC TTTTCTTAAA AAGGGCTTCG GTAAGA TAG CTATTGCTAT TTCATTGTTT CTTGCTCTTA TTATTGGGCT TAACTCAATT CTTGTGGGTT ATCTCTCTGA TATTAGC GC TCAATTACCC TCTGACTTTG TTCAGGGTGT TCAGTTAATT CTCCCGTCTA ATGCGCTTCC CTGTTTTTAT GTTATTCT C TCTGTAAAGG CTGCTATTTT CATTTTTGAC GTTAAACAAA AAATCGTTTC TTATTTGGAT TGGGATAAAT AATATGGCT GTTTATTTTG TAACTGGCAA ATTAGGCTCT GGAAAGACGC TCGTTAGCGT TGGTAAGATT CAGGATAAAA TTGTAGCTGG GTGCAAAAT AGCAACTAAT CTTGATTTAA GGCTTCAAAA CCTCCCGCAA GTCGGGAGGT TCGCTAAAAC GCCTCGCGTT C TTAGAATA CCGGATAAGC CTTCTATATC TGATTTGCTT GCTATTGGGC GCGGTAATGA TTCCTACGAT GAAAATAAAA AC GGCTTGC TTGTTCTCGA TGAGTGCGGT ACTTGGTTTA ATACCCGTTC TTGGAATGAT AAGGAAAGAC AGCCGATTAT TGA TTGGTT TCTACATGCT CGTAAATTAG GATGGGATAT TATTTTTCTT GTTCAGGACT TATCTATTGT TGATAAACAG GCGC GTTCT GCATTAGCTG AACATGTTGT TTATTGTCGT CGTCTGGACA GAATTACTTT ACCTTTTGTC GGTACTTTAT ATTCT CTTA TTACTGGCTC GAAAATGCCT CTGCCTAAAT TACATGTTGG CGTTGTTAAA TATGGCGATT CTCAATTAAG CCCTAC TGT TGAGCGTTGG CTTTATACTG GTAAGAATTT GTATAACGCA TATGATACTA AACAGGCTTT TTCTAGTAAT TATGATT CC GGTGTTTATT CTTATTTAAC GCCTTATTTA TCACACGGTC GGTATTTCAA ACCATTAAAT TTAGGTCAGA AGATGAAA T TAACTAAAAT ATATTTGAAA AAGTTTTCTC GCGTTCTTTG TCTTGCGATT GGATTTGCAT CAGCATTTAC ATATAGTTA TATAACCCAA CCTAAGCCGG AGGTTAAAAA GGTAGTCTCT CAGACCTATG ATTTTGATAA ATTCACTATT GACTCTTCTC AGCGTCTTA ATCTAAGCTA TCGCTATGTT TTCAAGGATT CTAAGGGAAA ATTAATTAAT AGCGACGATT TACAGAAGCA A GGTTATTC ACTCACATAT ATTGATTTAT GTACTGTTTC CATTAAAAAA GGTAATTCAA ATGAAATTGT TAAATGTAAT TA ATTTTGT TTTCTTGATG TTTGTTTCAT CATCTTCTTT TGCTCAGGTA ATTGAAATGA ATAATTCGCC TCTGCGCGAT TTT GTAACT TGGTATTCAA AGCAATCAGG CGAATCCGTT ATTGTTTCTC CCGATGTAAA AGGTACTGTT ACTGTATATT CATC TGACG TTAAACCTGA AAATCTACGC AATTTCTTTA TTTCTGTTTT ACGTGCAAAT AATTTTGATA TGGTAGGTTC TAACC CTTC CATTATTCAG AAGTATAATC CAAACAATCA GGATTATATT GATGAATTGC CATCATCTGA TAATCAGGAA TATGAT GAT AATTCCGCTC CTTCTGGTGG TTTCTTTGTT CCGCAAAATG ATAATGTTAC TCAAACTTTT AAAATTAATA ACGTTCG GG CAAAGGATTT AATACGAGTT GTCGAATTGT TTGTAAAGTC TAATACTTCT AAATCCTCAA ATGTATTATC TATTGACG G CTCTAATCTA TTAGTTGTTA GTGCTCCTAA AGATATTTTA GATAACCTTC CTCAATTCCT TTCAACTGTT GATTTGCCA ACTGACCAGA TATTGATTGA GGGTTTGATA TTTGAGGTTC AGCAAGGTGA TGCTTTAGAT TTTTCATTTG CTGCTGGCTC TCAGCGTGG CACTGTTGCA GGCGGTGTTA ATACTGACCG CCTCACCTCT GTTTTATCTT CTGCTGGTGG TTCGTTCGGT A TTTTTAAT GGCGATGTTT TAGGGCTATC AGTTCGCGCA TTAAAGACTA ATAGCCATTC AAAAATATTG TCTGTGCCAC GT ATTCTTA CGCTTTCAGG TCAGAAGGGT TCTATCTCTG TTGGCCAGAA TGTCCCTTTT ATTACTGGTC GTGTGACTGG TGA ATCTGC CAATGTAAAT AATCCATTTC AGACGATTGA GCGTCAAAAT GTAGGTATTT CCATGAGCGT TTTTCCTGTT GCAA TGGCT GGCGGTAATA TTGTTCTGGA TATTACCAGC AAGGCCGATA GTTTGAGTTC TTCTACTCAG GCAAGTGATG TTATT ACTA ATCAAAGAAG TATTGCTACA ACGGTTAATT TGCGTGATGG ACAGACTCTT TTACTCGGTG GCCTCACTGA TTATAA AAA CACTTCTCAG GATTCTGGCG TACCGTTCCT GTCTAAAATC CCTTTAATCG GCCTCCTGTT TAGCTCCCGC TCTGATT CT AACGAGGAAA GCACGTTATA CGTGCTCGTC AAAGCAACCA TAGTACGCGC CCTGTAGCGG CGCATTAAGC GCGGCGGG T GTGGTGGTTA CGCGCAGCGT GACCGCTACA CTTGCCAGCG CCCTAGCGCC CGCTCCTTTC GCTTTCTTCC CTTCCTTTC TCGCCACGTT CGCCGGCTTT CCCCGTCAAG CTCTAAATCG GGGGCTCCCT TTAGGGTTCC GATTTAGTGC TTTACGGCAC CTCGACCCC AAAAAACTTG ATTTGGGTGA TGGTTCACGT AGTGGGCCAT CGCCCTGATA GACGGTTTTT CGCCCTTTGA C GTTGGAGT CCACGTTCTT TAATAGTGGA CTCTTGTTCC AAACTGGAAC AACACTCAAC CCTATCTCGG GCTATTCTTT TG ATTTATA AGGGATTTTG CCGATTTCGG AACCACCATC AAACAGGATT TTCGCCTGCT GGGGCAAACC AGCGTGGACC GCT TGCTGC AACTCTCTCA GGGCCAGGCG GTGAAGGGCA ATCAGCTGTT GCCCGTCTCA CTGGTGAAAA GAAAAACCAC CCTG GCGCC CAATACGCAA ACCGCCTCTC CCCGCGCGTT GGCCGATTCA TTAATGCAGC TGGCACGACA GGTTTCCCGA CTGGA AAGC GGGCAGTGAG CGCAACGCAA TTAATGTGAG TTAGCTCACT CATTAGGCAC CCCAGGCTTT ACACTTTATG CTTCCG GCT CGTATGTTGT GTGGAATTGT GAGCGGATAA CAATTTCACA CAGGAAACAG CTATGACCAT GATTACGAAT TCGAGCT CG GTACCCGGGG ATCCTCTAGA GTCGACCTGC AGGCATGCAA GCTTGGCACT GGCCGTCGTT TTACAACGTC GTGACTGG G AAAACCCTGG CGTTACCCAA CTTAATCGCC TTGCAGCACA TCCCCCTTTC GCCAGCTGGC GTAATAGCGA AGAGGCCCG CACCGATCGC CCTTCCCAAC AGTTGCGCAG CCTGAATGGC GAATGGCGCT TTGCCTGGTT TCCGGCACCA GAAGCGGTGC CGGAAAGCT GGCTGGAGTG CGATCTTCCT GAGGCCGATA CTGTCGTCGT CCCCTCAAAC TGGCAGATGC ACGGTTACGA T GCGCCCAT CTACACCAAC GTGACCTATC CCATTACGGT CAATCCGCCG TTTGTTCCCA CGGAGAATCC GACGGGTTGT TA CTCGCTC ACATTTAATG TTGATGAAAG CTGGCTACAG GAAGGCCAGA CGCGAATTAT TTTTGATGGC GTTCCTATTG GTT AAAAAA TGAGCTGATT TAACAAAAAT TTAATGCGAA TTTTAACAAA ATATTAACGT TTACAATTTA AATATTTGCT TATA CAATC TTCCTGTTTT TGGGGCTTTT CTGATTATCA ACCGGGGTAC ATATGATTGA CATGCTAGTT TTACGATTAC CGTTC ATCG ATTCTCTTGT TTGCTCCAGA CTCTCAGGCA ATGACCTGAT AGCCTTTGTA GATCTCTCAA AAATAGCTAC CCTCTC CGG CATTAATTTA TCAGCTAGAA CGGTTGAATA TCATATTGAT GGTGATTTGA CTGTCTCCGG CCTTTCTCAC CCTTTTG AA TCTTTACCTA CACATTACTC AGGCATTGCA TTTAAAATAT ATGAGGGTTC TAAAAATTTT TATCCTTGCG TTGAAATA A AGGCTTCTCC CGCAAAAGTA TTACAGGGTC ATAATGTTTT TGGTACAACC GATTTAGCTT TATGCTCTGA GGCTTTATT GCTTAATTTT GCTAATTCTT TGCCTTGCCT GTATGATTTA TTGGATGTT

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.04 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMKCLPotassium Chloride
0.5 mMDTTDithiothreitol
2.0 mMMgAcMagnesium acetate
2.0 mMATPySAdenosine 5'-(y-Thiotriphosphate)
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 500 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 11.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18000
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 9000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 9000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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