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万見
- EMDB-40674: Subtomogram average of immature PhiKZ Major Capsid Protein from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40674
タイトルSubtomogram average of immature PhiKZ Major Capsid Protein from tubular arrays
マップデータ
試料
  • 複合体: Immature PhiKZ major capsid protein in a tubular array
    • タンパク質・ペプチド: PhiKZ major capsid protein
キーワードmajor capsid protein / HK97-fold / VIRAL PROTEIN
機能・相同性viral capsid / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Laughlin TG / Villa E
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129245 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF DBI 1920374 米国
Simons Foundation 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: An intron endonuclease facilitates interference competition between coinfecting viruses.
著者: Erica A Birkholz / Chase J Morgan / Thomas G Laughlin / Rebecca K Lau / Amy Prichard / Sahana Rangarajan / Gabrielle N Meza / Jina Lee / Emily Armbruster / Sergey Suslov / Kit Pogliano / ...著者: Erica A Birkholz / Chase J Morgan / Thomas G Laughlin / Rebecca K Lau / Amy Prichard / Sahana Rangarajan / Gabrielle N Meza / Jina Lee / Emily Armbruster / Sergey Suslov / Kit Pogliano / Justin R Meyer / Elizabeth Villa / Kevin D Corbett / Joe Pogliano /
要旨: Introns containing homing endonucleases are widespread in nature and have long been assumed to be selfish elements that provide no benefit to the host organism. These genetic elements are common in ...Introns containing homing endonucleases are widespread in nature and have long been assumed to be selfish elements that provide no benefit to the host organism. These genetic elements are common in viruses, but whether they confer a selective advantage is unclear. In this work, we studied intron-encoded homing endonuclease gp210 in bacteriophage ΦPA3 and found that it contributes to viral competition by interfering with the replication of a coinfecting phage, ΦKZ. We show that gp210 targets a specific sequence in ΦKZ, which prevents the assembly of progeny viruses. This work demonstrates how a homing endonuclease can be deployed in interference competition among viruses and provide a relative fitness advantage. Given the ubiquity of homing endonucleases, this selective advantage likely has widespread evolutionary implications in diverse plasmid and viral competition as well as virus-host interactions.
履歴
登録2023年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40674.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.46 Å/pix.
x 128 pix.
= 442.496 Å		3.46 Å/pix.
x 128 pix.
= 442.496 Å		3.46 Å/pix.
x 128 pix.
= 442.496 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.457 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.128
最小 - 最大-0.28038615 - 0.38181207
平均 (標準偏差)0.00208719 (±0.093099475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 442.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40674_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40674_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40674_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Immature PhiKZ major capsid protein in a tubular array

全体名称: Immature PhiKZ major capsid protein in a tubular array
要素
  • 複合体: Immature PhiKZ major capsid protein in a tubular array
    • タンパク質・ペプチド: PhiKZ major capsid protein

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超分子 #1: Immature PhiKZ major capsid protein in a tubular array

超分子名称: Immature PhiKZ major capsid protein in a tubular array
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)

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分子 #1: PhiKZ major capsid protein

分子名称: PhiKZ major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
配列文字列: MSVHALRELF KHKGEKNYEV FSMEDFIGRL ESEIGLNDSV VSQGRSLISS ISHENFGTVQ ATDIQDAAAI YNKMQMLVND YGFERVSSSD PQVRAREERV RENQITAATM AAIACADETK YIRALRGITK AKASNEDHVK VVQHQFNGPA GGIQVFENGV GLENYNEKSQ ...文字列:
MSVHALRELF KHKGEKNYEV FSMEDFIGRL ESEIGLNDSV VSQGRSLISS ISHENFGTVQ ATDIQDAAAI YNKMQMLVND YGFERVSSSD PQVRAREERV RENQITAATM AAIACADETK YIRALRGITK AKASNEDHVK VVQHQFNGPA GGIQVFENGV GLENYNEKSQ RDFRVVTIGY NLAASRQDEF AERIYPTTVI NPIEGGVVQV LPYIAVMKDV YHEVSGVKMD NEEVNMVEAY RDPSILDDES IALIPALDPA GSNADFFVDP ALVPPYTIKN EQNLTITTAP LKANVRLDLM GNSNANLLIQ RGMLEVSDTI DPAGRLKNLF VLLGGKVVKF KVDRLPRAVF QPDLVGDTRN AVIRFDSDDL VVSGDTTFID GSADGVINDL KTAKLSLRLS VGFGGTISLS KGDSKFGATD TYVDKVLNED GQVMDNADPA VKAILDQLTD LAVIGFELDT RFTNTNRRQR GHLLQTRALQ FRHPIPMHAP VTLPMDTMTD EGPGEVVKAL TVNTNIRNSN NAVKRMLNYL AQLREVVHNG YNRPKFGIIE GALSAVMRPT YRYKELDLEK VIDTIKSKDR WDDVCAAILN CVKAELFPAH RDSNIEAAFR VISGNQDETP MYLFCSDKEI ANYLMTKGDD RTLGAYLKYD IVSTNNQLFD GKLVVIPTRA VQQENDILSW GQFFYVSTVI ADLPITRGGH QVTREIAAIP FNLHVNNIPF ALEFKITGFQ KVMGETQFNG KLADLKP

UniProtKB: Major capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細P. aeruginosa cells expressing PhiPA3 gp210-GFPmut1 infected with PhiKZ

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 1 / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用したサブトモグラム数: 21121
抽出トモグラム数: 14 / 使用した粒子像数: 60000
ソフトウェア: (名称: Dynamo (ver. 1.1514), Warp (ver. 1.09))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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