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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40506 | |||||||||
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タイトル | Human GABAA receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with GABA plus dehydroepiandrosterone sulfate | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ion channel / neurosteroids / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly ...GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / innervation / synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / adult behavior / cochlea development / chloride channel activity / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / postsynapse / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / synapse / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Legesse DH / Hibbs RE | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural insights into opposing actions of neurosteroids on GABA receptors. 著者: Dagimhiwat H Legesse / Chen Fan / Jinfeng Teng / Yuxuan Zhuang / Rebecca J Howard / Colleen M Noviello / Erik Lindahl / Ryan E Hibbs / 要旨: γ-Aminobutyric acid type A (GABA) receptors mediate fast inhibitory signaling in the brain and are targets of numerous drugs and endogenous neurosteroids. A subset of neurosteroids are GABA receptor ...γ-Aminobutyric acid type A (GABA) receptors mediate fast inhibitory signaling in the brain and are targets of numerous drugs and endogenous neurosteroids. A subset of neurosteroids are GABA receptor positive allosteric modulators; one of these, allopregnanolone, is the only drug approved specifically for treating postpartum depression. There is a consensus emerging from structural, physiological and photolabeling studies as to where positive modulators bind, but how they potentiate GABA activation remains unclear. Other neurosteroids are negative modulators of GABA receptors, but their binding sites remain debated. Here we present structures of a synaptic GABA receptor bound to allopregnanolone and two inhibitory sulfated neurosteroids. Allopregnanolone binds at the receptor-bilayer interface, in the consensus potentiator site. In contrast, inhibitory neurosteroids bind in the pore. MD simulations and electrophysiology support a mechanism by which allopregnanolone potentiates channel activity and suggest the dominant mechanism for sulfated neurosteroid inhibition is through pore block. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40506.map.gz | 8.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40506-v30.xml emd-40506.xml | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40506_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40506.png | 91 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40506.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_40506_half_map_1.map.gz emd_40506_half_map_2.map.gz | 71.2 MB 71.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40506 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40506 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40506_validation.pdf.gz | 766.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40506_full_validation.pdf.gz | 765.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40506_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40506_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40506 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40506 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0694 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40506_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40506_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Human GABA-A receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with...
+超分子 #1: Human GABA-A receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with...
+分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2
+分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
+分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
+分子 #4: Kappa Fab Light Chain
+分子 #5: IgG2b Fab Heavy Chain
+分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #10: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
+分子 #11: 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate
+分子 #12: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #13: O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydr...
+分子 #14: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 20.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 8.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |