[日本語] English
万見
- EMDB-40479: Pendrin in complex with iodide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40479
タイトルPendrin in complex with iodide
マップデータPendrin in complex with iodide
試料
  • 細胞器官・細胞要素: homodimer of Pendrin
    • タンパク質・ペプチド: Pendrin
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: IODIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
キーワードchloride transport / iodide transport / bicarbonate transport / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iodide transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / regulation of pH / chloride:bicarbonate antiporter activity / brush border membrane / regulation of protein localization / apical plasma membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang L / Hoang A / Zhou M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK122784 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM145416 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Mechanism of anion exchange and small-molecule inhibition of pendrin.
著者: Lie Wang / Anthony Hoang / Eva Gil-Iturbe / Arthur Laganowsky / Matthias Quick / Ming Zhou /
要旨: Pendrin (SLC26A4) is an anion exchanger that mediates bicarbonate (HCO) exchange for chloride (Cl) and is crucial for maintaining pH and salt homeostasis in the kidney, lung, and cochlea. Pendrin ...Pendrin (SLC26A4) is an anion exchanger that mediates bicarbonate (HCO) exchange for chloride (Cl) and is crucial for maintaining pH and salt homeostasis in the kidney, lung, and cochlea. Pendrin also exports iodide (I) in the thyroid gland. Pendrin mutations in humans lead to Pendred syndrome, causing hearing loss and goiter. Inhibition of pendrin is a validated approach for attenuating airway hyperresponsiveness in asthma and for treating hypertension. However, the mechanism of anion exchange and its inhibition by drugs remains poorly understood. We applied cryo-electron microscopy to determine structures of pendrin from Sus scrofa in the presence of either Cl, I, HCO or in the apo-state. The structures reveal two anion-binding sites in each protomer, and functional analyses show both sites are involved in anion exchange. The structures also show interactions between the Sulfate Transporter and Anti-Sigma factor antagonist (STAS) and transmembrane domains, and mutational studies suggest a regulatory role. We also determine the structure of pendrin in a complex with niflumic acid (NFA), which uncovers a mechanism of inhibition by competing with anion binding and impeding the structural changes necessary for anion exchange. These results reveal directions for understanding the mechanisms of anion selectivity and exchange and their regulations by the STAS domain. This work also establishes a foundation for analyzing the pathophysiology of mutations associated with Pendred syndrome.
履歴
登録2023年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_40479.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pendrin in complex with iodide
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.56
最小 - 最大-3.4055128 - 4.404983
平均 (標準偏差)-0.0024799118 (±0.09960537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_40479_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_40479_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : homodimer of Pendrin

全体名称: homodimer of Pendrin
要素
  • 細胞器官・細胞要素: homodimer of Pendrin
    • タンパク質・ペプチド: Pendrin
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: IODIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

-
超分子 #1: homodimer of Pendrin

超分子名称: homodimer of Pendrin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 75 KDa

-
分子 #1: Pendrin

分子名称: Pendrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 86.113273 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAPGSRLEP PPLPEYSCSY VVSRPVYSEL AFQQQYERRL QERKTLRESL AKRCSCSRKR TLGVLKTLLP VLDWLPKYRI KEWLLSDII SGVSTGLVGT LQGMAYALLA AVPVGYGLYS AFFPILTYFI FGTSRHISVG PFPVVSLMVG SVVLSMAPDE H FIISSSNG ...文字列:
MAAPGSRLEP PPLPEYSCSY VVSRPVYSEL AFQQQYERRL QERKTLRESL AKRCSCSRKR TLGVLKTLLP VLDWLPKYRI KEWLLSDII SGVSTGLVGT LQGMAYALLA AVPVGYGLYS AFFPILTYFI FGTSRHISVG PFPVVSLMVG SVVLSMAPDE H FIISSSNG TALNTTVIDF AARDAARVLI ASTLTLLVGI IQLIFGGLQI GFIVRYLADP LVGGFTTAAA FQVLVSQLKI VL NVSTKNY NGILSIIYTL IEIFQNIGNT NLADFIAGLL TIIICMAVKE LNDRFKHKIP VPIPIEVIVT IIATAISYAV NLE KNYNAG IVKSIPRGFL PPEIPPISLF SEMLTASFSI AVVAYAIAVS VGKVYAIKYD YTIDGNQEFI AFGISNIFSG FFSC FVATT ALSRTAVQES TGGKTQIAGI ISAAVVMIAI VALGKLLEPL QKSVLAAVVI ANLKGMFMQV CDVPRLWRQN KTDAV IWVF TCIASIILGL DLGLLAGLMF GFLTVVVRVQ FPSWNSLGSI PNTDIYRSTK DYKNIEEPEG VKILRFSSPI FYGNVD GLK KCIKSTVGFD AIRVYNKRLK ALRKIQKLIK KGQLRATKNG IISDAGSSNN AFEPDEDIED PEELDIPTKE IEIQVDW NS ELPVKVNVPK VPIHSLVLDC GAVSFLDVVG VRSLRMIVKE FQRIDVHVYF ASLQDHVIEK LEQCGFFNDS IRKDIFFL T VHDAILHLRS QVKSQEVQDS ILETITLIQD CKDPLELMEA ELIEEELDVQ DEAMRRLAS

UniProtKB: Pendrin

-
分子 #2: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: AV0
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

-
分子 #3: IODIDE ION

分子名称: IODIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: IOD
分子量理論値: 126.904 Da
Chemical component information

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド

-
分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

-
分子 #5: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 18 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 163394
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る