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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4045 | |||||||||
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タイトル | 13-protofilament microtubule structure determined in situ from U2OS cell | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Grange M / Vasishtan D / Gruenewald K | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017 タイトル: Cellular electron cryo tomography and in situ sub-volume averaging reveal the context of microtubule-based processes. 著者: Michael Grange / Daven Vasishtan / Kay Grünewald / 要旨: Electron cryo-tomography (cryoET) is currently the only technique that allows the direct observation of proteins in their native cellular environment. Sub-volume averaging of electron tomograms ...Electron cryo-tomography (cryoET) is currently the only technique that allows the direct observation of proteins in their native cellular environment. Sub-volume averaging of electron tomograms offers a route to increase the signal-to-noise of repetitive biological structures, such improving the information content and interpretability of tomograms. We discuss the potential for sub-volume averaging in highlighting and investigating specific processes in situ, focusing on microtubule structure and viral infection. We show that (i) in situ sub-volume averaging from single tomograms can guide and complement segmentation of biological features, (ii) the in situ determination of the structure of individual viruses is possible as they infect a cell, and (iii) novel, transient processes can be imaged with high levels of detail. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4045.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4045-v30.xml emd-4045.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4045_fsc.xml | 3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4045.png | 106.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4045 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4045 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4045_validation.pdf.gz | 290.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4045_full_validation.pdf.gz | 289.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4045_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4045 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4045 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Microtubule
全体 | 名称: Microtubule |
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要素 |
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-超分子 #1: Microtubule
超分子 | 名称: Microtubule / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: microtubule from U2OS |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: U2OS / 組織: Cell |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Cell |
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グリッド | モデル: C-flat 2/2 holey carbon gold supported grids (EMS) 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Adherent cells grown on electron microscopy grid, manually blotted for 3s and plunge frozen. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 110.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3836 pixel / 平均電子線量: 2.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 倍率(補正後): 21739 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 95000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |