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万見
- EMDB-4043: 13-protofilament microtubule structure determined in situ from U8... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4043
タイトル13-protofilament microtubule structure determined in situ from U87MG cell
マップデータNone
試料
  • 細胞: Microtubule
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.5 Å
データ登録者Grange M / Vasishtan D / Gruenewald K
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Cellular electron cryo tomography and in situ sub-volume averaging reveal the context of microtubule-based processes.
著者: Michael Grange / Daven Vasishtan / Kay Grünewald /
要旨: Electron cryo-tomography (cryoET) is currently the only technique that allows the direct observation of proteins in their native cellular environment. Sub-volume averaging of electron tomograms ...Electron cryo-tomography (cryoET) is currently the only technique that allows the direct observation of proteins in their native cellular environment. Sub-volume averaging of electron tomograms offers a route to increase the signal-to-noise of repetitive biological structures, such improving the information content and interpretability of tomograms. We discuss the potential for sub-volume averaging in highlighting and investigating specific processes in situ, focusing on microtubule structure and viral infection. We show that (i) in situ sub-volume averaging from single tomograms can guide and complement segmentation of biological features, (ii) the in situ determination of the structure of individual viruses is possible as they infect a cell, and (iii) novel, transient processes can be imaged with high levels of detail.
履歴
登録2016年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2016年7月13日-
更新2017年8月30日-
現状2017年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4043.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4043.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.22 Å/pix.
x 80 pix.
= 337.6 Å		4.22 Å/pix.
x 80 pix.
= 337.6 Å		4.22 Å/pix.
x 80 pix.
= 337.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.34 / ムービー #1: 5.34
最小 - 最大-454.707920000000001 - 388.480219999999974
平均 (標準偏差)-84.716539999999995 (±126.56541)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 337.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.224.224.22
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.600337.600337.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-454.708388.480-84.717

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule

全体名称: Microtubule
要素
  • 細胞: Microtubule

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超分子 #1: Microtubule

超分子名称: Microtubule / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Microtubule from U87MG cell
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: U87MG / 組織: Cell

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: Cell
グリッドモデル: C-flat 2/2 holey carbon gold supported grids (EMS)
材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Adherent cells from on electron microscopy grid, manually blotted for 3s and plunge frozen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 77.0 K / 最高: 110.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3836 pixel / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 倍率（補正後）: 11848 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 27.6923 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C13 (13回回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10.0 Patch 3)
詳細: Averaging of subvolumes with missing wedge compensation
使用したサブトモグラム数: 4056
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 4056 / 手法: Manual / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8.41) / ソフトウェア - 詳細: 3dmod / 詳細: 3DMOD
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8.41) / ソフトウェア - 詳細: ctfplotter
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.10.0 Patch 3) / 詳細: Subtomogram averaging
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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