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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4036 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sousa R / Liao H-S / Cuellar J / Valpuesta JM / Jin AJ / Lafer EM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Clathrin-coat disassembly illuminates the mechanisms of Hsp70 force generation. 著者: Rui Sousa / Hsien-Shun Liao / Jorge Cuéllar / Suping Jin / José M Valpuesta / Albert J Jin / Eileen M Lafer / 要旨: Hsp70s use ATP hydrolysis to disrupt protein-protein associations and to move macromolecules. One example is the Hsc70- mediated disassembly of the clathrin coats that form on vesicles during ...Hsp70s use ATP hydrolysis to disrupt protein-protein associations and to move macromolecules. One example is the Hsc70- mediated disassembly of the clathrin coats that form on vesicles during endocytosis. Here, we exploited the exceptional features of these coats to test three models-Brownian ratchet, power-stroke and entropic pulling-proposed to explain how Hsp70s transform their substrates. Our data rule out the ratchet and power-stroke models and instead support a collision-pressure mechanism whereby collisions between clathrin-coat walls and Hsc70s drive coats apart. Collision pressure is the complement to the pulling force described in the entropic pulling model. We also found that self-association augments collision pressure, thereby allowing disassembly of clathrin lattices that have been predicted to be resistant to disassembly. These results illuminate how Hsp70s generate the forces that transform their substrates. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4036.map.gz | 41.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4036-v30.xml emd-4036.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4036.png | 59.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4036 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4036 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4036_validation.pdf.gz | 221.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4036_full_validation.pdf.gz | 221 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4036_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4036 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4036 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C
全体 | 名称: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C
超分子 | 名称: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 31.476968 MDa |
-分子 #1: AP180
分子 | 名称: AP180 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GST tag at N-terminus / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKERA EISMLEGAVL DIRYGVSRIA YSKDFETLKV DFLSKLPEML KMFEDRLCHK TYLNGDHVTH PDFMLYDALD VVLYMDPMCL ...文字列: MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKERA EISMLEGAVL DIRYGVSRIA YSKDFETLKV DFLSKLPEML KMFEDRLCHK TYLNGDHVTH PDFMLYDALD VVLYMDPMCL DAFPKLVCFK KRIEAIPQID KYLKSSKYIA WPLQGWQATF GGGDHPPKSD LIEGRGIPGS SPATTVTSPN STPAKTIDTS PPVDIFATAS AAAPVSSAKP SSDLLDLQPD FSGAAAGAAA PVVPPSGGAT AWGDLLGEDS LAALSSVPCE APISDPFAPE PSPPTTTTEP ASASASTTTA VTAVTTEVDL FGDAFAASPG EAPAASEGAT APATPAPVAA ALDACSGNDP FAPSEGSAEA APELDLFAMK PPETSAPVVT PTASTAPPVP ATAPSPAPTA VAATAATTTA AAAATTTATT SAAAATTAAA PPALDIFGDL FDSAPEVAAA PKPDAAPSID LFGTDAFSSP PRGASPVPES SLTADLLSVD AFAAPSPAST ASPAKAESSG VIDLFGDAFG SGASETQPAP QAVSSSSASA DLLAGFGGSF MAPSTTPVTP AQNNLLQPSF EAAFGTTPST SSSSSFDPSV FDGLGDLLMP TMAPSGQPAP VSMVPPSPAM AASKGLGSDL DSSLASLVGN LGISGTTSKK GDLQWNAGEK KLTGGANWQP KVTPATWSAG VPPQGTVPPT SSVPPGAGAP SVGQPGAGFG MPPSGTGMTM MSQQPVMFAQ PMMRPPFGAA AVPGTQLSPS PTPATQSPKK PPAKDPLADL NIKDFL |
-分子 #2: auxilin
分子 | 名称: auxilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: PSGPTSTQST PRRSATSTSA SPTLRVGEGA TFDPFGAPSK PSGQDLLGSF LNTASASSDP FLQPTRSPSP TVHASSTPAV NIQPDVSGAW DWHTKPGGFG MGSKSAATSP TGSSHGTPTH QNKPQTLDPF ADLGTLGGSS FASKPSTPTG LGGGFPPLSS PQKASPQPMG ...文字列: PSGPTSTQST PRRSATSTSA SPTLRVGEGA TFDPFGAPSK PSGQDLLGSF LNTASASSDP FLQPTRSPSP TVHASSTPAV NIQPDVSGAW DWHTKPGGFG MGSKSAATSP TGSSHGTPTH QNKPQTLDPF ADLGTLGGSS FASKPSTPTG LGGGFPPLSS PQKASPQPMG GGWQQGGGYN WQQTQSKPQS SMPHSSPQNR PNYNVSFSSM PGGQNERGKA AANLEGKQKA ADFEDLLSGQ GFNAHKDKKG PRTIAEMRKE EMAKEMDPEK LKILEWIEGK ERNIRALLST MHTVLWAGET KWKPVGMADL VTPEQVKKVY RKAVLVVHPD KATGQPYEQY AKMIFMELND AWSEFENQGQ KPLY |
-分子 #3: clathrin light chain A1
分子 | 名称: clathrin light chain A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAELDPFGAP AGAPGGPALG NGVAGAGEED PAAAFLAQQE SEIAGIENDE AFAILDGGAP GPQAHGEPPG GPDAVDGVMN GEYYQESNGP TDSYAAISEV DRLQSEPESI RKWREEQTER LEALDANSRK QEAEWKEKAV KELEEWYARQ DEQLQKTKAS NRVADEAFYK ...文字列: MAELDPFGAP AGAPGGPALG NGVAGAGEED PAAAFLAQQE SEIAGIENDE AFAILDGGAP GPQAHGEPPG GPDAVDGVMN GEYYQESNGP TDSYAAISEV DRLQSEPESI RKWREEQTER LEALDANSRK QEAEWKEKAV KELEEWYARQ DEQLQKTKAS NRVADEAFYK QPFADVIGYV TNINHPCYSL EQAAEEAFVN DIDESSPGTE WERVARLCDF NPKSSKQAKD VSRMRSVLIS LKQAPLVH |
-分子 #4: clathrin heavy chain 1
分子 | 名称: clathrin heavy chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: His tag at N-terminus / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFELRR QAWMAQILPI RFQEHLQLQN LGINPANIGF STLTMESDKF ICIREKVGEQ AQVVIIDMND PSNPIRRPIS ADSAIMNPAS KVIALKAGKT LQIFNIEMKS KMKAHTMTDD VTFWKWISLN TVALVTDNAV ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFELRR QAWMAQILPI RFQEHLQLQN LGINPANIGF STLTMESDKF ICIREKVGEQ AQVVIIDMND PSNPIRRPIS ADSAIMNPAS KVIALKAGKT LQIFNIEMKS KMKAHTMTDD VTFWKWISLN TVALVTDNAV YHWSMEGESQ PVKMFDRHSS LAGCQIINYR TDAKQKWLLL TGISAQQNRV VGAMQLYSVD RKVSQPIEGH AASFAQFKME GNAEESTLFC FAVRGQAGGK LHIIEVGTPP TGNQPFPKKA VDVFFPPEAQ NDFPVAMQIS EKHDVVFLIT KYGYIHLYDL ETGTCIYMNR ISGETIFVTA PHEATAGIIG VNRKGQVLSV CVEEENIIPY ITNVLQNPDL ALRMAVRNNL AGAEELFARK FNALFAQGNY SEAAKVAANA PKGILRTPDT IRRFQSVPAQ PGQTSPLLQY FGILLDQGQL NKYESLELCR PVLQQGRKQL LEKWLKEDKL ECSEELGDLV KSVDPTLALS VYLRANVPNK VIQCFAETGQ VQKIVLYAKK VGYTPDWIFL LRNVMRISPD QGQQFAQMLV QDEEPLADIT QIVDVFMEYN LIQQCTAFLL DALKNNRPSE GPLQTRLLEM NLMHAPQVAD AILGNQMFTH YDRAHIAQLC EKAGLLQRAL EHFTDLYDIK RAVVHTHLLN PEWLVNYFGS LSVEDSLECL RAMLSANIRQ NLQIWVQVAS KYHEQLSTQS LIELFESFKS FEGLFYFLGS IVNFSQDPDV HFKYIQAACK TGQIKEVERI CRESNCYDPE RVKNFLKEAK LTDQLPLIIV CDRFDFVHDL VLYLYRNSLQ KYIEIYVQKV NPSRLPVVIG GLLDVDCSED VIKNLILVVR GQFSTDELVA EVEKRNRLKL LLPWLEARIH EGCEEPATHN ALAKIYIDSN NNPERFLREN PYYDSRVVGK YCEKRDPHLA CVAYERGQCD LELINVCNEN SLFKSLSRYL VRRKDPELWG SVLLESNPYR RPLIDQVVQT ALSETQDPEE VSVTVKAFMT ADLPNELIEL LEKIVLDNSV FSEHRNLQNL LILTAIKADR TRVMEYINRL DNYDAPDIAN IAISNELFEE AFAIFRKFDV NTSAVQVLIE HIGNLDRAYE FAERCNEPAV WSQLAKAQLQ KGMVKEAIDS YIKADDPSSY MEVVQAANTS GNWEELVKYL QMARKKARES YVETELIFAL AKTNRLAELE EFINGPNNAH IQQVGDRCYD EKMYDAAKLL YNNVSNFGRL ASTLVHLGEY QAAVDGARKA NSTRTWKEVC FACVDGKEFR LAQMCGLHIV VHADELEELI NYYQDRGYFE ELITMLEAAL GLERAHMGMF TELAILYSKF KPQKMREHLE LFWSRVNIPK VLRAAEQAHL WAELVFLYDK YEEYDNAIIT MMNHPTDAWK EGQFKDIITK VANVELYYKA IQFYLEFKPL LLNDLLMVLS PRLAHTRAVN YFSKVKQLPL VKPYLRSVQN HNNKSVNESL NNLFITEEDY QALRTSIDAY DNFDNISLAQ RLEKHELIEF RRIAAYLFKG NNRWKQSVEL CKKDSLYKDA MQYASESKDT ELAEELLQWF LQEEKRECFG ACLFTCYDLL RPDVVLETAW RHNIMDFAMP YFIQVMKEYL TKVDKLDASE SLRKEEEQAT ETQPIVYGQP QLMLTAGPSV AVPPQAPFGY GYTAPPYGQP QPGFGYSM |
-分子 #5: Hsc70deltaC
分子 | 名称: Hsc70deltaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKGPAVGID LGTTYSCVGV FQHGKVEIIA NDQGNRTTPS YVAFTDTERL IGDAAKNQVA MNPTNTVFDA KRLIGRRFDD AVVQSDMKHW PFMVVNDAGR PKVQVEYKGE TKSFYPEEVS SMVLTKMKEI AEAYLGKTVT NAVVTVPAYF NDSQRQATKD AGTIAGLNVL ...文字列: MSKGPAVGID LGTTYSCVGV FQHGKVEIIA NDQGNRTTPS YVAFTDTERL IGDAAKNQVA MNPTNTVFDA KRLIGRRFDD AVVQSDMKHW PFMVVNDAGR PKVQVEYKGE TKSFYPEEVS SMVLTKMKEI AEAYLGKTVT NAVVTVPAYF NDSQRQATKD AGTIAGLNVL RIINEPTAAA IAYGLDKKVG AERNVLIFDL GGGTFDVSIL TIEDGIFEVK STAGDTHLGG EDFDNRMVNH FIAEFKRKHK KDISENKRAV RRLRTACERA KRTLSSSTQA SIEIDSLYEG IDFYTSITRA RFEELNADLF RGTLDPVEKA LRDAKLDKSQ IHDIVLVGGS TRIPKIQKLL QDFFNGKELN KSINPDEAVA YGAAVQAAIL SGDKSENVQD LLLLDVTPLS LGIETAGGVM TVLIKRNTTI PTKQTQTFTT YSDNQPGVLI QVYEGERAMT KDNNLLGKFE LTGIPPAPRG VPQIEVTFDI DANGILNVSA VDKSTGKENK ITITNDKGRL SKEDIERMVQ EAEKYKAEDE KQRDKVSSKN SLESYAFNMK ATVE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 詳細: 2 mM MgCl2 25 mM KCl 10 mM (NH4)2SO4 2 mM DTT 20 mM MES pH 6.0 |
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グリッド | モデル: QUANTIFOIL / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 400.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA EM CPC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 98.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 475 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 9.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 41000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |