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- EMDB-4036: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4036
タイトルCryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C
マップデータNone
試料
  • 複合体: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C
    • タンパク質・ペプチド: AP180
    • タンパク質・ペプチド: auxilin
    • タンパク質・ペプチド: clathrin light chain A1
    • タンパク質・ペプチド: clathrin heavy chain 1
    • タンパク質・ペプチド: Hsc70deltaC
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Sousa R / Liao H-S / Cuellar J / Valpuesta JM / Jin AJ / Lafer EM
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Clathrin-coat disassembly illuminates the mechanisms of Hsp70 force generation.
著者: Rui Sousa / Hsien-Shun Liao / Jorge Cuéllar / Suping Jin / José M Valpuesta / Albert J Jin / Eileen M Lafer /
要旨: Hsp70s use ATP hydrolysis to disrupt protein-protein associations and to move macromolecules. One example is the Hsc70- mediated disassembly of the clathrin coats that form on vesicles during ...Hsp70s use ATP hydrolysis to disrupt protein-protein associations and to move macromolecules. One example is the Hsc70- mediated disassembly of the clathrin coats that form on vesicles during endocytosis. Here, we exploited the exceptional features of these coats to test three models-Brownian ratchet, power-stroke and entropic pulling-proposed to explain how Hsp70s transform their substrates. Our data rule out the ratchet and power-stroke models and instead support a collision-pressure mechanism whereby collisions between clathrin-coat walls and Hsc70s drive coats apart. Collision pressure is the complement to the pulling force described in the entropic pulling model. We also found that self-association augments collision pressure, thereby allowing disassembly of clathrin lattices that have been predicted to be resistant to disassembly. These results illuminate how Hsp70s generate the forces that transform their substrates.
履歴
登録2016年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月27日-
マップ公開2016年7月27日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4036.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.65 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.73 / ムービー #1: 1.73
最小 - 最大0. - 10.145052
平均 (標準偏差)0.228938 (±0.8608905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.653.653.65
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1168.0001168.0001168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean0.00010.1450.229

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C

全体名称: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C
要素
  • 複合体: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C
    • タンパク質・ペプチド: AP180
    • タンパク質・ペプチド: auxilin
    • タンパク質・ペプチド: clathrin light chain A1
    • タンパク質・ペプチド: clathrin heavy chain 1
    • タンパク質・ペプチド: Hsc70deltaC

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超分子 #1: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C

超分子名称: Cryo-EM reconstruction of clathrin D6 cages + Hsc70 Delta C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 31.476968 MDa

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分子 #1: AP180

分子名称: AP180 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GST tag at N-terminus / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKERA EISMLEGAVL DIRYGVSRIA YSKDFETLKV DFLSKLPEML KMFEDRLCHK TYLNGDHVTH PDFMLYDALD VVLYMDPMCL ...文字列:
MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKERA EISMLEGAVL DIRYGVSRIA YSKDFETLKV DFLSKLPEML KMFEDRLCHK TYLNGDHVTH PDFMLYDALD VVLYMDPMCL DAFPKLVCFK KRIEAIPQID KYLKSSKYIA WPLQGWQATF GGGDHPPKSD LIEGRGIPGS SPATTVTSPN STPAKTIDTS PPVDIFATAS AAAPVSSAKP SSDLLDLQPD FSGAAAGAAA PVVPPSGGAT AWGDLLGEDS LAALSSVPCE APISDPFAPE PSPPTTTTEP ASASASTTTA VTAVTTEVDL FGDAFAASPG EAPAASEGAT APATPAPVAA ALDACSGNDP FAPSEGSAEA APELDLFAMK PPETSAPVVT PTASTAPPVP ATAPSPAPTA VAATAATTTA AAAATTTATT SAAAATTAAA PPALDIFGDL FDSAPEVAAA PKPDAAPSID LFGTDAFSSP PRGASPVPES SLTADLLSVD AFAAPSPAST ASPAKAESSG VIDLFGDAFG SGASETQPAP QAVSSSSASA DLLAGFGGSF MAPSTTPVTP AQNNLLQPSF EAAFGTTPST SSSSSFDPSV FDGLGDLLMP TMAPSGQPAP VSMVPPSPAM AASKGLGSDL DSSLASLVGN LGISGTTSKK GDLQWNAGEK KLTGGANWQP KVTPATWSAG VPPQGTVPPT SSVPPGAGAP SVGQPGAGFG MPPSGTGMTM MSQQPVMFAQ PMMRPPFGAA AVPGTQLSPS PTPATQSPKK PPAKDPLADL NIKDFL

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分子 #2: auxilin

分子名称: auxilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: PSGPTSTQST PRRSATSTSA SPTLRVGEGA TFDPFGAPSK PSGQDLLGSF LNTASASSDP FLQPTRSPSP TVHASSTPAV NIQPDVSGAW DWHTKPGGFG MGSKSAATSP TGSSHGTPTH QNKPQTLDPF ADLGTLGGSS FASKPSTPTG LGGGFPPLSS PQKASPQPMG ...文字列:
PSGPTSTQST PRRSATSTSA SPTLRVGEGA TFDPFGAPSK PSGQDLLGSF LNTASASSDP FLQPTRSPSP TVHASSTPAV NIQPDVSGAW DWHTKPGGFG MGSKSAATSP TGSSHGTPTH QNKPQTLDPF ADLGTLGGSS FASKPSTPTG LGGGFPPLSS PQKASPQPMG GGWQQGGGYN WQQTQSKPQS SMPHSSPQNR PNYNVSFSSM PGGQNERGKA AANLEGKQKA ADFEDLLSGQ GFNAHKDKKG PRTIAEMRKE EMAKEMDPEK LKILEWIEGK ERNIRALLST MHTVLWAGET KWKPVGMADL VTPEQVKKVY RKAVLVVHPD KATGQPYEQY AKMIFMELND AWSEFENQGQ KPLY

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分子 #3: clathrin light chain A1

分子名称: clathrin light chain A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAELDPFGAP AGAPGGPALG NGVAGAGEED PAAAFLAQQE SEIAGIENDE AFAILDGGAP GPQAHGEPPG GPDAVDGVMN GEYYQESNGP TDSYAAISEV DRLQSEPESI RKWREEQTER LEALDANSRK QEAEWKEKAV KELEEWYARQ DEQLQKTKAS NRVADEAFYK ...文字列:
MAELDPFGAP AGAPGGPALG NGVAGAGEED PAAAFLAQQE SEIAGIENDE AFAILDGGAP GPQAHGEPPG GPDAVDGVMN GEYYQESNGP TDSYAAISEV DRLQSEPESI RKWREEQTER LEALDANSRK QEAEWKEKAV KELEEWYARQ DEQLQKTKAS NRVADEAFYK QPFADVIGYV TNINHPCYSL EQAAEEAFVN DIDESSPGTE WERVARLCDF NPKSSKQAKD VSRMRSVLIS LKQAPLVH

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分子 #4: clathrin heavy chain 1

分子名称: clathrin heavy chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: His tag at N-terminus / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFELRR QAWMAQILPI RFQEHLQLQN LGINPANIGF STLTMESDKF ICIREKVGEQ AQVVIIDMND PSNPIRRPIS ADSAIMNPAS KVIALKAGKT LQIFNIEMKS KMKAHTMTDD VTFWKWISLN TVALVTDNAV ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSEFELRR QAWMAQILPI RFQEHLQLQN LGINPANIGF STLTMESDKF ICIREKVGEQ AQVVIIDMND PSNPIRRPIS ADSAIMNPAS KVIALKAGKT LQIFNIEMKS KMKAHTMTDD VTFWKWISLN TVALVTDNAV YHWSMEGESQ PVKMFDRHSS LAGCQIINYR TDAKQKWLLL TGISAQQNRV VGAMQLYSVD RKVSQPIEGH AASFAQFKME GNAEESTLFC FAVRGQAGGK LHIIEVGTPP TGNQPFPKKA VDVFFPPEAQ NDFPVAMQIS EKHDVVFLIT KYGYIHLYDL ETGTCIYMNR ISGETIFVTA PHEATAGIIG VNRKGQVLSV CVEEENIIPY ITNVLQNPDL ALRMAVRNNL AGAEELFARK FNALFAQGNY SEAAKVAANA PKGILRTPDT IRRFQSVPAQ PGQTSPLLQY FGILLDQGQL NKYESLELCR PVLQQGRKQL LEKWLKEDKL ECSEELGDLV KSVDPTLALS VYLRANVPNK VIQCFAETGQ VQKIVLYAKK VGYTPDWIFL LRNVMRISPD QGQQFAQMLV QDEEPLADIT QIVDVFMEYN LIQQCTAFLL DALKNNRPSE GPLQTRLLEM NLMHAPQVAD AILGNQMFTH YDRAHIAQLC EKAGLLQRAL EHFTDLYDIK RAVVHTHLLN PEWLVNYFGS LSVEDSLECL RAMLSANIRQ NLQIWVQVAS KYHEQLSTQS LIELFESFKS FEGLFYFLGS IVNFSQDPDV HFKYIQAACK TGQIKEVERI CRESNCYDPE RVKNFLKEAK LTDQLPLIIV CDRFDFVHDL VLYLYRNSLQ KYIEIYVQKV NPSRLPVVIG GLLDVDCSED VIKNLILVVR GQFSTDELVA EVEKRNRLKL LLPWLEARIH EGCEEPATHN ALAKIYIDSN NNPERFLREN PYYDSRVVGK YCEKRDPHLA CVAYERGQCD LELINVCNEN SLFKSLSRYL VRRKDPELWG SVLLESNPYR RPLIDQVVQT ALSETQDPEE VSVTVKAFMT ADLPNELIEL LEKIVLDNSV FSEHRNLQNL LILTAIKADR TRVMEYINRL DNYDAPDIAN IAISNELFEE AFAIFRKFDV NTSAVQVLIE HIGNLDRAYE FAERCNEPAV WSQLAKAQLQ KGMVKEAIDS YIKADDPSSY MEVVQAANTS GNWEELVKYL QMARKKARES YVETELIFAL AKTNRLAELE EFINGPNNAH IQQVGDRCYD EKMYDAAKLL YNNVSNFGRL ASTLVHLGEY QAAVDGARKA NSTRTWKEVC FACVDGKEFR LAQMCGLHIV VHADELEELI NYYQDRGYFE ELITMLEAAL GLERAHMGMF TELAILYSKF KPQKMREHLE LFWSRVNIPK VLRAAEQAHL WAELVFLYDK YEEYDNAIIT MMNHPTDAWK EGQFKDIITK VANVELYYKA IQFYLEFKPL LLNDLLMVLS PRLAHTRAVN YFSKVKQLPL VKPYLRSVQN HNNKSVNESL NNLFITEEDY QALRTSIDAY DNFDNISLAQ RLEKHELIEF RRIAAYLFKG NNRWKQSVEL CKKDSLYKDA MQYASESKDT ELAEELLQWF LQEEKRECFG ACLFTCYDLL RPDVVLETAW RHNIMDFAMP YFIQVMKEYL TKVDKLDASE SLRKEEEQAT ETQPIVYGQP QLMLTAGPSV AVPPQAPFGY GYTAPPYGQP QPGFGYSM

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分子 #5: Hsc70deltaC

分子名称: Hsc70deltaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKGPAVGID LGTTYSCVGV FQHGKVEIIA NDQGNRTTPS YVAFTDTERL IGDAAKNQVA MNPTNTVFDA KRLIGRRFDD AVVQSDMKHW PFMVVNDAGR PKVQVEYKGE TKSFYPEEVS SMVLTKMKEI AEAYLGKTVT NAVVTVPAYF NDSQRQATKD AGTIAGLNVL ...文字列:
MSKGPAVGID LGTTYSCVGV FQHGKVEIIA NDQGNRTTPS YVAFTDTERL IGDAAKNQVA MNPTNTVFDA KRLIGRRFDD AVVQSDMKHW PFMVVNDAGR PKVQVEYKGE TKSFYPEEVS SMVLTKMKEI AEAYLGKTVT NAVVTVPAYF NDSQRQATKD AGTIAGLNVL RIINEPTAAA IAYGLDKKVG AERNVLIFDL GGGTFDVSIL TIEDGIFEVK STAGDTHLGG EDFDNRMVNH FIAEFKRKHK KDISENKRAV RRLRTACERA KRTLSSSTQA SIEIDSLYEG IDFYTSITRA RFEELNADLF RGTLDPVEKA LRDAKLDKSQ IHDIVLVGGS TRIPKIQKLL QDFFNGKELN KSINPDEAVA YGAAVQAAIL SGDKSENVQD LLLLDVTPLS LGIETAGGVM TVLIKRNTTI PTKQTQTFTT YSDNQPGVLI QVYEGERAMT KDNNLLGKFE LTGIPPAPRG VPQIEVTFDI DANGILNVSA VDKSTGKENK ITITNDKGRL SKEDIERMVQ EAEKYKAEDE KQRDKVSSKN SLESYAFNMK ATVE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
詳細: 2 mM MgCl2 25 mM KCl 10 mM (NH4)2SO4 2 mM DTT 20 mM MES pH 6.0
グリッドモデル: QUANTIFOIL / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 400.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90.0 K / 最高: 98.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 475 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 9.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 41000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5609
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3442

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 2300
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 1800 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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