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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4034 | |||||||||
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タイトル | influenza virus membrane fusion | |||||||||
マップデータ | tomogram containing 3 contact zones | |||||||||
試料 |
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生物種 | influenza virus (インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Calder LJ / Rosenthal PB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Cryomicroscopy provides structural snapshots of influenza virus membrane fusion. 著者: Lesley J Calder / Peter B Rosenthal / 要旨: The lipid-enveloped influenza virus enters host cells during infection by binding cell-surface receptors and, after receptor-mediated endocytosis, fusing with the membrane of the endosome and ...The lipid-enveloped influenza virus enters host cells during infection by binding cell-surface receptors and, after receptor-mediated endocytosis, fusing with the membrane of the endosome and delivering the viral genome and transcription machinery into the host cell. These events are mediated by the hemagglutinin (HA) surface glycoprotein. At the low pH of the endosome, an irreversible conformational change in the HA, including the exposure of the hydrophobic fusion peptide, activates membrane fusion. Here we used electron cryomicroscopy and cryotomography to image the fusion of influenza virus with target membranes at low pH. We visualized structural intermediates of HA and their interactions with membranes during the course of membrane fusion as well as ultrastructural changes in the virus that accompany membrane fusion. Our observations are relevant to a wide range of protein-mediated membrane-fusion processes and demonstrate how dynamic membrane events may be studied by cryomicroscopy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4034.map.gz | 90.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4034-v30.xml emd-4034.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4034.png | 148.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4034 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4034_validation.pdf.gz | 247 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4034_full_validation.pdf.gz | 246 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4034_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4034 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 283.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | tomogram containing 3 contact zones | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : influenza virus
全体 | 名称: influenza virus (インフルエンザウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: influenza virus
超分子 | 名称: influenza virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11309 / 生物種: influenza virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: influenza virus
分子 | 名称: influenza virus / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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配列 | 文字列: XXX |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5 詳細: Sample was incubated at pH5 for 1min and then neutralised |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: British Biocell / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 40 |
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