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- EMDB-40337: Human OCT1 bound to metformin in inward-open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40337
タイトルHuman OCT1 bound to metformin in inward-open conformation
マップデータHuman OCT1 bound to metformin in inward-open conformation
試料
  • 複合体: Human OCT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 1
  • リガンド: Metformin
キーワードmembrane protein / MFS / drug transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary active organic cation transmembrane transporter activity / putrescine transmembrane transporter activity / (R)-carnitine transmembrane transporter activity / acyl carnitine transmembrane transport / pyrimidine nucleoside transmembrane transporter activity / acetylcholine transmembrane transporter activity / acetylcholine transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity ...secondary active organic cation transmembrane transporter activity / putrescine transmembrane transporter activity / (R)-carnitine transmembrane transporter activity / acyl carnitine transmembrane transport / pyrimidine nucleoside transmembrane transporter activity / acetylcholine transmembrane transporter activity / acetylcholine transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / organic cation transport / epinephrine transport / purine-containing compound transmembrane transport / quaternary ammonium group transport / spermidine transport / Organic cation transport / organic cation transmembrane transporter activity / thiamine transmembrane transport / thiamine transmembrane transporter activity / putrescine transport / thiamine transport / dopamine uptake / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / toxin transmembrane transporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / Abacavir transmembrane transport / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / neurotransmitter transmembrane transporter activity / organic anion transmembrane transporter activity / dopamine transport / xenobiotic transport across blood-brain barrier / Neurotransmitter clearance / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / Ciprofloxacin ADME / cellular detoxification / neurotransmitter transport / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / presynapse / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic cation transport protein/SVOP / Sugar transport proteins signature 1. / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Zeng YC / Sobti M / Stewart AG
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2016308 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of promiscuous substrate transport by Organic Cation Transporter 1.
著者: Yi C Zeng / Meghna Sobti / Ada Quinn / Nicola J Smith / Simon H J Brown / Jamie I Vandenberg / Renae M Ryan / Megan L O'Mara / Alastair G Stewart /
要旨: Organic Cation Transporter 1 (OCT1) plays a crucial role in hepatic metabolism by mediating the uptake of a range of metabolites and drugs. Genetic variations can alter the efficacy and safety of ...Organic Cation Transporter 1 (OCT1) plays a crucial role in hepatic metabolism by mediating the uptake of a range of metabolites and drugs. Genetic variations can alter the efficacy and safety of compounds transported by OCT1, such as those used for cardiovascular, oncological, and psychological indications. Despite its importance in drug pharmacokinetics, the substrate selectivity and underlying structural mechanisms of OCT1 remain poorly understood. Here, we present cryo-EM structures of full-length human OCT1 in the inward-open conformation, both ligand-free and drug-bound, indicating the basis for its broad substrate recognition. Comparison of our structures with those of outward-open OCTs provides molecular insight into the alternating access mechanism of OCTs. We observe that hydrophobic gates stabilize the inward-facing conformation, whereas charge neutralization in the binding pocket facilitates the release of cationic substrates. These findings provide a framework for understanding the structural basis of the promiscuity of drug binding and substrate translocation in OCT1.
履歴
登録2023年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40337.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human OCT1 bound to metformin in inward-open conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.592 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.592 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 218.592 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85388 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.104
最小 - 最大-0.59775466 - 0.87154806
平均 (標準偏差)-0.0002323253 (±0.014804937)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 218.592 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_40337_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_40337_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human OCT1

全体名称: Human OCT1
要素
  • 複合体: Human OCT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 1
  • リガンド: Metformin

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超分子 #1: Human OCT1

超分子名称: Human OCT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 1

分子名称: Solute carrier family 22 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.200664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPTVDDILEQ VGESGWFQKQ AFLILCLLSA AFAPICVGIV FLGFTPDHHC QSPGVAELSQ RCGWSPAEEL NYTVPGLGPA GEAFLGQCR RYEVDWNQSA LSCVDPLASL ATNRSHLPLG PCQDGWVYDT PGSSIVTEFN LVCADSWKLD LFQSCLNAGF L FGSLGVGY ...文字列:
MPTVDDILEQ VGESGWFQKQ AFLILCLLSA AFAPICVGIV FLGFTPDHHC QSPGVAELSQ RCGWSPAEEL NYTVPGLGPA GEAFLGQCR RYEVDWNQSA LSCVDPLASL ATNRSHLPLG PCQDGWVYDT PGSSIVTEFN LVCADSWKLD LFQSCLNAGF L FGSLGVGY FADRFGRKLC LLGTVLVNAV SGVLMAFSPN YMSMLLFRLL QGLVSKGNWM AGYTLITEFV GSGSRRTVAI MY QMAFTVG LVALTGLAYA LPHWRWLQLA VSLPTFLFLL YYWCVPESPR WLLSQKRNTE AIKIMDHIAQ KNGKLPPADL KML SLEEDV TEKLSPSFAD LFRTPRLRKR TFILMYLWFT DSVLYQGLIL HMGATSGNLY LDFLYSALVE IPGAFIALIT IDRV GRIYP MAMSNLLAGA ACLVMIFISP DLHWLNIIIM CVGRMGITIA IQMICLVNAE LYPTFVRNLG VMVCSSLCDI GGIIT PFIV FRLREVWQAL PLILFAVLGL LAAGVTLLLP ETKGVALPET MKDAENLGRK AKPKENTIYL KVQTSEPSGT

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 1

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分子 #2: Metformin

分子名称: Metformin / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MF8
分子量理論値: 129.164 Da
Chemical component information

ChemComp-MF8:
Metformin / メトホルミン / 薬剤, 抗精神病薬*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 88.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 721723
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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