+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4031 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | An engineered trimeric human cohesin complex (-SA1) bound to Pds5B | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hons MT / Huis in't Veld PJ / Stark H / Peters J-M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Topology and structure of an engineered human cohesin complex bound to Pds5B. 著者: Michael T Hons / Pim J Huis In 't Veld / Jan Kaesler / Pascaline Rombaut / Alexander Schleiffer / Franz Herzog / Holger Stark / Jan-Michael Peters / 要旨: The cohesin subunits Smc1, Smc3 and Scc1 form large tripartite rings which mediate sister chromatid cohesion and chromatin structure. These are thought to entrap DNA with the help of the associated ...The cohesin subunits Smc1, Smc3 and Scc1 form large tripartite rings which mediate sister chromatid cohesion and chromatin structure. These are thought to entrap DNA with the help of the associated proteins SA1/2 and Pds5A/B. Structural information is available for parts of cohesin, but analyses of entire cohesin complexes are limited by their flexibility. Here we generated a more rigid 'bonsai' cohesin by truncating the coiled coils of Smc1 and Smc3 and used single-particle electron microscopy, chemical crosslinking-mass spectrometry and in silico modelling to generate three-dimensional models of cohesin bound to Pds5B. The HEAT-repeat protein Pds5B forms a curved structure around the nucleotide-binding domains of Smc1 and Smc3 and bridges the Smc3-Scc1 and SA1-Scc1 interfaces. These results indicate that Pds5B forms an integral part of the cohesin ring by contacting all other cohesin subunits, a property that may reflect the complex role of Pds5 proteins in controlling cohesin-DNA interactions. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4031.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-4031-v30.xml emd-4031.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4031.png | 66.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4031 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4031_validation.pdf.gz | 184.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_4031_full_validation.pdf.gz | 183.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4031_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4031 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4031 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4031.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Trimeric bonsai cohesin complex (-SA1) bound to Pds5B
全体 | 名称: Trimeric bonsai cohesin complex (-SA1) bound to Pds5B |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Trimeric bonsai cohesin complex (-SA1) bound to Pds5B
超分子 | 名称: Trimeric bonsai cohesin complex (-SA1) bound to Pds5B タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: Sf9 / 組換プラスミド: pFL (multiBac) - derived |
分子量 | 理論値: 529 KDa |
-分子 #1: SMC1_truncated
分子 | 名称: SMC1_truncated / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGFLKLIEIE NFKSYKGRQI IGPFQRFTAI IGPNGSGKSN LMDAISFVLG EKTSNLRVKT LRDLIHGAPV GKPAANRAFV SMVYSEEGAE DRTFARVIVG GSSEYKINNK VVQLHEYSEE LEKLGILIKA RNFLVFQGAV ESIAMKNPKE RTALFEEISR SGELAQEYDK ...文字列: MGFLKLIEIE NFKSYKGRQI IGPFQRFTAI IGPNGSGKSN LMDAISFVLG EKTSNLRVKT LRDLIHGAPV GKPAANRAFV SMVYSEEGAE DRTFARVIVG GSSEYKINNK VVQLHEYSEE LEKLGILIKA RNFLVFQGAV ESIAMKNPKE RTALFEEISR SGELAQEYDK RKKEMVKAEE DTQFNYHRKK NIAAERKEAK PGRKAEIMES IKRLYPGSVY GRLIDLCQPT QKKYQIAVTK VLGKNMDAII VDSEKTGRDC IQYIKEQRGE PETFLPLDYL EVKPTDEKLR ELKGAKLVID VIRYEPPHIK KALQYACGNA LVCDNVEDAR RIAFGGHQRH KTVALDGTLF QKSGVISGGA SDLKAKARRW DEKAVDKLKS RLIEIDYGDL CEDLKDAQAE EEIKQEMNTL QQKLNEQQSV LQRIAAPNMK AMEKLESVRD KFQETSDEFE AARKRAKKAK QAFEQIKKER FDRFNACFES VATNIDEIYK ALSRNSSAQA FLGPENPEEP YLDGINYNCV APGKRFRPMD NLSGGEKTVA ALALLFAIHS YKPAPFFVLD EIDAALDNTN IGKVANYIKE QSTCNFQAIV ISLKEEFYTK AESLIGVYPE QGDCVISKVL TFDLTKYPDA NPNPNEQ |
-分子 #2: SMC3_truncated
分子 | 名称: SMC3_truncated / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MYIKQVIIQG FRSYRDQTIV DPFSSKHNVI VGRNGSGKSN FFYAIQFVLS DEFSHLRPEQ RLALLHEGTG PRVISAFVEI IFDNSDNRLP IDKEEVSLRR VIGAKKDQYF LDKKMVTKND VMNLLESAGF SRSNPYYIVK QGKINQMATA PDSQRLKLLR EVAGTRVYDE ...文字列: MYIKQVIIQG FRSYRDQTIV DPFSSKHNVI VGRNGSGKSN FFYAIQFVLS DEFSHLRPEQ RLALLHEGTG PRVISAFVEI IFDNSDNRLP IDKEEVSLRR VIGAKKDQYF LDKKMVTKND VMNLLESAGF SRSNPYYIVK QGKINQMATA PDSQRLKLLR EVAGTRVYDE RKEESISLMK ETEGKREKIN ELLKYIEERL HTLEGTKKQQ LLRAATGKAI LNGIDSINKV LDHFRRKGIN QHVQNGYHGI VMNNFECEPA FYTCVEVTAG NRLFYHIVDS DEVSTKILME FNKMNLPGEV TFLPLNKLDV RDTAYPETND AIPMISKLRY NPRFDKAFKH VFGKTLICRS MEVSTQLARA FTMDCITLEG DQVSHRGALT GGYYDTRKSR LELQKDVRKA ARYQTLSLKQ LFRKLEQCNT ELKKYSHVNK KALDQFVNFS EQKEKLIKRQ EELDRGYKSI MELMNVLELR KYEAIQLTFK QVSKNFSEVF QKLVPGGKAT LVMKKGDVEG SQSQDEGEGS GESERGSGSQ SSVPSVDQFT GVGIRVSFTG KQGEMREMQQ LSGGQKSLVA LALIFAIQKC DPAPFYLFDE IDQALDAQHR KAVSDMIMEL AVHAQFITTT FRPELLESAD KFYGVKFRNK VSHIDVITAE MAKDFVEDDT THGDYKDDDD K |
-分子 #3: SCC1
分子 | 名称: SCC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFYAHFVLSK RGPLAKIWLA AHWDKKLTKA HVFECNLESS VESIISPKVK MALRTSGHLL LGVVRIYHRK AKYLLADCNE AFIKIKMAFR PGVVDLPEEN REAAYNAITL PEEFHDFDQP LPDLDDIDVA QQFSLNQSRV EEITMREEVG NISILQENDF GDFGMDDREI ...文字列: MFYAHFVLSK RGPLAKIWLA AHWDKKLTKA HVFECNLESS VESIISPKVK MALRTSGHLL LGVVRIYHRK AKYLLADCNE AFIKIKMAFR PGVVDLPEEN REAAYNAITL PEEFHDFDQP LPDLDDIDVA QQFSLNQSRV EEITMREEVG NISILQENDF GDFGMDDREI MREGSAFEDD DMLVSTTTSN LLLESEQSTS NLNEKINHLE YEDQYKDDNF GEGNDGGILD DKLISNNDGG IFDDPPALSE AGVMLPEQPA HDDMDEDDNV SMGGPDSPDS VDPVEPMPTM TDQTTLVPNE EEAFALEPID ITVKETKAKR KRKLIVDSVK ELDSKTIRAQ LSDYSDIVTT LDLAPPTKKL MMWKETGGVE KLFSLPAQPL WNNRLLKLFT RCLTPLVPED LRKRRKGGEA DNLDEFLKEF ENPEVPREDQ QQQHQQRDVI DEPIIEEPSR LQESVMEASR TNIDESAMPP PPPQGVKRKA GQIDPEPVMP PQQVEQMEIP PVELPPEEPP NICQLIPELE LLPEKEKEKE KEKEDDEEEE DEDASGGDQD QEERRWNKRT QQMLHGLQRA LAKTGAESIS LLELCRNTNR KQAAAKFYSF LVLKKQQAIE LTQEEPYSDI IATPGPRFHI I |
-分子 #4: PDS5B
分子 | 名称: PDS5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HAGGAAHSKT RTNDGKITYP PGVKEISDKI SKEEMVRRLK MVVKTFMDMD QDSEEEKELY LNLALHLASD FFLKHPDKDV RLLVACCLAD IFRIYAPEAP YTSPDKLKDI FMFITRQLKG LEDTKSPQFN RYFYLLENIA WVKSYNICFE LEDSNEIFTQ ...文字列: MHHHHHHHHH HAGGAAHSKT RTNDGKITYP PGVKEISDKI SKEEMVRRLK MVVKTFMDMD QDSEEEKELY LNLALHLASD FFLKHPDKDV RLLVACCLAD IFRIYAPEAP YTSPDKLKDI FMFITRQLKG LEDTKSPQFN RYFYLLENIA WVKSYNICFE LEDSNEIFTQ LYRTLFSVIN NGHNQKVHMH MVDLMSSIIC EGDTVSQELL DTVLVNLVPA HKNLNKQAYD LAKALLKRTA QAIEPYITNF FNQVLMLGKT SISDLSEHVF DLILELYNID SHLLLSVLPQ LEFKLKSNDN EERLQVVKLL AKMFGAKDSE LASQNKPLWQ CYLGRFNDIH VPIRLECVKF ASHCLMNHPD LAKDLTEYLK VRSHDPEEAI RHDVIVSIVT AAKKDILLVN DHLLNFVRER TLDKRWRVRK EAMMGLAQIY KKYALQSAAG KDAAKQIAWI KDKLLHIYYQ NSIDDRLLVE RIFAQYMVPH NLETTERMKC LYYLYATLDL NAVKALNEMW KCQNLLRHQV KDLLDLIKQP KTDASVKAIF SKVMVITRNL PDPGKAQDFM KKFTQVLEDD EKIRKQLEVL VSPTCSCKQA EGCVREITKK LGNPKQPTNP FLEMIKFLLE RIAPVHIDTE SISALIKQVN KSIDGTADDE DEGVPTDQAI RAGLELLKVL SFTHPISFHS AETFESLLAC LKMDDEKVAE AALQIFKNTG SKIEEDFPHI RSALLPVLHH KSKKGPPRQA KYAIHCIHAI FSSKETQFAQ IFEPLHKSLD PSNLEHLITP LVTIGHIALL APDQFAAPLK SLVATFIVKD LLMNDRLPGK KTTKLWVPDE EVSPETMVKI QAIKMMVRWL LGMKNNHSKS GTSTLRLLTT ILHSDGDLTE QGKISKPDMS RLRLAAGSAI VKLAQEPCYH EIITLEQYQL CALAINDECY QVRQVFAQKL HKGLSRLRLP LEYMAICALC AKDPVKERRA HARQCLVKNI NVRREYLKQH AAVSEKLLSL LPEYVVPYTI HLLAHDPDYV KVQDIEQLKD VKECLWFVLE ILMAKNENNS HAFIRKMVEN IKQTKDAQGP DDAKMNEKLY TVCDVAMNII MSKSTTYSLE SPKDPVLPAR FFTQPDKNFS NTKNYLPPEM KSFFTPGKPK TTNVLGAVNK PLSSAGKQSQ TKSSRMETVS NASSSSNPSS PGRIKGRLDS SEMDHSENED YTMSSPLPGK KSDKRDDSDL VRSELEKPRG RKKTPVTEQE EKLGMDDLTK LVQEQKPKGS QRSRKRGHTA SESDEQQWPE EKRLKEDILE NEDEQNSPPK KGKRGRPPKP LGGGTPKEEP TMKTSKKGSK KKSGPPAPEE EEEEERQSGN TEQKSKSKQH RVSRRAQQRA ESPESSAIES TQSTPQKGRG RPSKTPSPSQ PKKNVRVGRS KQAATKENDS SEEVDVFQGS SPVDDIPQEE TEEEEVSTVN VRRRSAKRER R |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Continuous 15-40% (v/v) glycerol gradients with a 10% glycerol cushion (0.1 mL): 25 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 2mM MgCl2 0.183 mM ATPgammaS stabilization was accomplished by a modified ...詳細: Continuous 15-40% (v/v) glycerol gradients with a 10% glycerol cushion (0.1 mL): 25 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 2mM MgCl2 0.183 mM ATPgammaS stabilization was accomplished by a modified GraFix protocol: 0.1% (v/v) glutaraldehyde in the 40% glycerol fraction 1 mM N-(p-Maleimidophenyl)isocyanate (PMPI) in DMSO in the 15% glycerol fraction | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate | ||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |