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万見
- EMDB-40268: CryoEM map of a de novo designed T=4 octahedral nanocage hierarch... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40268
タイトルCryoEM map of a de novo designed T=4 octahedral nanocage hierarchically built from pseudosymmetric trimers; design Oct(T=4)-3
マップデータsharpened map using DeepEMhancer
試料
  • 複合体: Oct(T=4)-3
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain A
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain B
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain C
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain ho
キーワードicosahedral nanocage / T=4 / T=4 icosahedra / nanomaterial / computational design / de novo / DE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.87 Å
データ登録者Philomin A / Borst AJ / Kibler RD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of four component T=4 tetrahedral, octahedral, and icosahedral protein nanocages through programmed symmetry breaking
著者: Lee S / Kibler RD / Hsia Y / Borst AJ / Philomin A / Kennedy MA / Stoddard B / Baker D
履歴
登録2023年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40268.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map using DeepEMhancer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.36 Å/pix.
x 300 pix.
= 708. Å		2.36 Å/pix.
x 300 pix.
= 708. Å		2.36 Å/pix.
x 300 pix.
= 708. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.103
最小 - 最大-0.0017326495 - 1.6085112
平均 (標準偏差)0.0021726172 (±0.028964581)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 707.99994 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map from final Non-Uniform Refinement

ファイルemd_40268_additional_1.map
注釈unsharpened map from final Non-Uniform Refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A from final Non-Uniform Refinement

ファイルemd_40268_half_map_1.map
注釈half map A from final Non-Uniform Refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B from final Non-Uniform Refinement

ファイルemd_40268_half_map_2.map
注釈half map B from final Non-Uniform Refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Oct(T=4)-3

全体名称: Oct(T=4)-3
要素
  • 複合体: Oct(T=4)-3
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain A
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain B
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain C
    • タンパク質・ペプチド: Oct(T=4)-3 chain ho

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超分子 #1: Oct(T=4)-3

超分子名称: Oct(T=4)-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: A hierarchically designed T=4 octahedral nanocage
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Oct(T=4)-3 chain A

分子名称: Oct(T=4)-3 chain A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSLELALKA LQILVNAAYV LAEIARDRGN EELLEKAARL AEEAARQAER IARQARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEL LEYAARLAEE AARQAIEIWA QAMEEGNQQL RTKAAHIILR AAEVLLEIAR DRGNQELLEK AASLVDAVAA LQQAAAAILE ...文字列:
MGSLELALKA LQILVNAAYV LAEIARDRGN EELLEKAARL AEEAARQAER IARQARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEL LEYAARLAEE AARQAIEIWA QAMEEGNQQL RTKAAHIILR AAEVLLEIAR DRGNQELLEK AASLVDAVAA LQQAAAAILE GDVEKAVRAA QEAVKAAKEA GDNDMLRAVA IAALRIAKEA EKQGNVEVAV KAARVAVEAA KQAGDQDVLL KVATQAARIA LEAIKQGNLE VKLEALKVAQ EALKQTGGSG GSHHHHHH

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分子 #2: Oct(T=4)-3 chain B

分子名称: Oct(T=4)-3 chain B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: MGSPRLVLRA LENMVRAAHT LAEIARDNGN EEWLERAARL AEEVARRAER LAREARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEE LEYAARLAEE AARQAIEIAA QAMEEGNLEL ALKALQIIVN AAYVLAEIAR DRGNEELLEK AASLAEAAAA LAEAIAAILE ...文字列:
MGSPRLVLRA LENMVRAAHT LAEIARDNGN EEWLERAARL AEEVARRAER LAREARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEE LEYAARLAEE AARQAIEIAA QAMEEGNLEL ALKALQIIVN AAYVLAEIAR DRGNEELLEK AASLAEAAAA LAEAIAAILE GDVEKAVRAA QEAVKAAKEA GDNDMLRAVA IAALRIAKEA EKQGNVEVAV KAARVAVEAA KQAGDQDVLK KVAAQAARIM LEAIKQGNTE VALEALKVAQ EALKQTGGSG GSHHHHHH

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分子 #3: Oct(T=4)-3 chain C

分子名称: Oct(T=4)-3 chain C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSPELFLQD LRSLVEAARI LARLARQRGD EHALERAARW AEQAARQAER LARQARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEL LEYAARLAEE AARQAIEIAA QAMEEGNFEL ALEALEIINE AARVLARIAH HRGNQELLEK AASLTHASAA LSRAIAAILE ...文字列:
MGSPELFLQD LRSLVEAARI LARLARQRGD EHALERAARW AEQAARQAER LARQARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEL LEYAARLAEE AARQAIEIAA QAMEEGNFEL ALEALEIINE AARVLARIAH HRGNQELLEK AASLTHASAA LSRAIAAILE GDVEKAVRAA QEAVKAAKEA GDNDMLRAVA IAALRIAKEA EKQGNVEVAV KAARVAVEAA KQAGDNDVLR KVAEQALRIA KEAEKQGNVI VAMKAIDVAV EAAGQAGDID VIKKVADQTQ RIVDEWLKQG

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分子 #4: Oct(T=4)-3 chain ho

分子名称: Oct(T=4)-3 chain ho / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSPELFLQD LRSLVEAARI LARLARQRGD EHALERAARW AEQAARQAER LARQARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEL LEYAARLAEE AARQAIEIWA QAMEEGNQQL RTKAAHIILR AAEVLLEIAR DRGNQELLEK AASLVDAVAA LQQAAAAILE ...文字列:
MGSPELFLQD LRSLVEAARI LARLARQRGD EHALERAARW AEQAARQAER LARQARKEGN LELALKALQI LVNAAYVLAE IARDRGNEEL LEYAARLAEE AARQAIEIWA QAMEEGNQQL RTKAAHIILR AAEVLLEIAR DRGNQELLEK AASLVDAVAA LQQAAAAILE GDVEKAVRAA QEAVKAAKEA GDNDMLRAVA IAALRIAKEA EKQGNVEVAV KAARVAVEAA KQAGDNDVLR KVAEQALRIA KEAEKQGNVY VAAKAVQVAA EAAKQAGDID VLKKVIGQTQ RIRDEWVKQG GSGGSHHHHH H

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris, 300mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29069
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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