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万見
- EMDB-40252: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40252
タイトルBG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
マップデータmain map
試料
  • 複合体: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
    • 複合体: Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
    • 複合体: BG505 MD39 SOSIP
キーワードpolyclonal antibodies / EMPEM / HIV-1 / vaccine / non-human primate / Env / VIRAL PROTEIN
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Lee WS / Ozorowski G / Torres JL / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI144462 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A combined adjuvant approach primes robust germinal center responses and humoral immunity in non-human primates.
著者: Ivy Phung / Kristen A Rodrigues / Ester Marina-Zárate / Laura Maiorino / Bapi Pahar / Wen-Hsin Lee / Mariane Melo / Amitinder Kaur / Carolina Allers / Marissa Fahlberg / Brooke F Grasperge / ...著者: Ivy Phung / Kristen A Rodrigues / Ester Marina-Zárate / Laura Maiorino / Bapi Pahar / Wen-Hsin Lee / Mariane Melo / Amitinder Kaur / Carolina Allers / Marissa Fahlberg / Brooke F Grasperge / Jason P Dufour / Faith Schiro / Pyone P Aye / Paul G Lopez / Jonathan L Torres / Gabriel Ozorowski / Saman Eskandarzadeh / Michael Kubitz / Erik Georgeson / Bettina Groschel / Rebecca Nedellec / Michael Bick / Katarzyna Kaczmarek Michaels / Hongmei Gao / Xiaoying Shen / Diane G Carnathan / Guido Silvestri / David C Montefiori / Andrew B Ward / Lars Hangartner / Ronald S Veazey / Dennis R Burton / William R Schief / Darrell J Irvine / Shane Crotty /
要旨: Adjuvants and antigen delivery kinetics can profoundly influence B cell responses and should be critically considered in rational vaccine design, particularly for difficult neutralizing antibody ...Adjuvants and antigen delivery kinetics can profoundly influence B cell responses and should be critically considered in rational vaccine design, particularly for difficult neutralizing antibody targets such as human immunodeficiency virus (HIV). Antigen kinetics can change depending on the delivery method. To promote extended immunogen bioavailability and to present antigen in a multivalent form, native-HIV Env trimers are modified with short phosphoserine peptide linkers that promote tight binding to aluminum hydroxide (pSer:alum). Here we explore the use of a combined adjuvant approach that incorporates pSer:alum-mediated antigen delivery with potent adjuvants (SMNP, 3M-052) in an extensive head-to-head comparison study with conventional alum to assess germinal center (GC) and humoral immune responses. Priming with pSer:alum plus SMNP induces additive effects that enhance the magnitude and persistence of GCs, which correlate with better GC-T cell help. Autologous HIV-neutralizing antibody titers are improved in SMNP-immunized animals after two immunizations. Over 9 months after priming immunization of pSer:alum with either SMNP or 3M-052, robust Env-specific bone marrow plasma cells (BM B) are observed. Furthermore, pSer-modification of Env trimer reduce targeting towards immunodominant non-neutralizing epitopes. The study shows that a combined adjuvant approach can augment humoral immunity by modulating immunodominance and shows promise for clinical translation.
履歴
登録2023年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40252.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å		2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å		2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.020273294 - 0.08490045
平均 (標準偏差)-0.000018779065 (±0.003498805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_40252_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_40252_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole a...

全体名称: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
要素
  • 複合体: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
    • 複合体: Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
    • 複合体: BG505 MD39 SOSIP

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超分子 #1: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole a...

超分子名称: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Polyclonal antibodies isolated from serum of non-human primates, digested to Fab, and complexed with HIV-1 GT1.1 BG505 SOSIP.664 Env

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超分子 #2: Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies

超分子名称: Rh.NK04 wk12 gp120 glycan hole and base epitope polyclonal antibodies
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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超分子 #3: BG505 MD39 SOSIP

超分子名称: BG505 MD39 SOSIP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate / 詳細: 2% w/v uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: PARLODION

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: simulated map generated from PDB coordinates and low pass filtered
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 4012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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