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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40247 | |||||||||
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タイトル | Human ER membrane protein complex (EMC) in GDN, 8-subunit map | |||||||||
マップデータ | Full map file | |||||||||
試料 |
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キーワード | Insertase / endoplasmic reticulum / transmembrane chaperone / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Tomaleri GP / Nguyen V / Januszyk K / Voorhees RM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023 タイトル: A selectivity filter in the ER membrane protein complex limits protein misinsertion at the ER. 著者: Tino Pleiner / Masami Hazu / Giovani Pinton Tomaleri / Vy N Nguyen / Kurt Januszyk / Rebecca M Voorhees / 要旨: Tail-anchored (TA) proteins play essential roles in mammalian cells, and their accurate localization is critical for proteostasis. Biophysical similarities lead to mistargeting of mitochondrial TA ...Tail-anchored (TA) proteins play essential roles in mammalian cells, and their accurate localization is critical for proteostasis. Biophysical similarities lead to mistargeting of mitochondrial TA proteins to the ER, where they are delivered to the insertase, the ER membrane protein complex (EMC). Leveraging an improved structural model of the human EMC, we used mutagenesis and site-specific crosslinking to map the path of a TA protein from its cytosolic capture by methionine-rich loops to its membrane insertion through a hydrophilic vestibule. Positively charged residues at the entrance to the vestibule function as a selectivity filter that uses charge-repulsion to reject mitochondrial TA proteins. Similarly, this selectivity filter retains the positively charged soluble domains of multipass substrates in the cytosol, thereby ensuring they adopt the correct topology and enforcing the "positive-inside" rule. Substrate discrimination by the EMC provides a biochemical explanation for one role of charge in TA protein sorting and protects compartment integrity by limiting protein misinsertion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40247.map.gz | 121.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40247-v30.xml emd-40247.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40247.png | 51.1 KB | ||
その他 | emd_40247_additional_1.map.gz emd_40247_half_map_1.map.gz emd_40247_half_map_2.map.gz | 124.5 MB 226.4 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40247 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40247 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40247_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40247_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40247_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40247_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40247 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40247 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40247.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map file | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharped Full map file
ファイル | emd_40247_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharped Full map file | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map (A)
ファイル | emd_40247_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map (A) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map (B)
ファイル | emd_40247_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map (B) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human ER Membrane Protein Complex
全体 | 名称: Human ER Membrane Protein Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human ER Membrane Protein Complex
超分子 | 名称: Human ER Membrane Protein Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 |
-分子 #1: ER membrane protein complex subunit 1
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAAEWASRFW LWATLLIPAA AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDA MLLHGQDVIT VSNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG H LKWVEHLP ...文字列: MAAEWASRFW LWATLLIPAA AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDA MLLHGQDVIT VSNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG H LKWVEHLP ESDSIHYQMV YSYGSGVVWA LGVVPFSHVN IVKFNVEDGE IVQQVRVSTP WLQHLSGACG VVDEAVLVCP DP SSRSLQT LALETEWELR QIPLQSLDLE FGSGFQPRVL PTQPNPVDAS RAQFFLHLSP SHYALLQYHY GTLSLLKNFP QTA LVSFAT TGEKTVAAVM ACRNEVQKSS SSEDGSMGSF SEKSSSKDSL ACFNQTYTIN LYLVETGRRL LDTTITFSLE QSGT RPERL YIQVFLKKDD SVGYRALVQT EDHLLLFLQQ LAGKVVLWSR EESLAEVVCL EMVDLPLTGA QAELEGEFGK KADGL LGMF LKRLSSQLIL LQAWTSHLWK MFYDARKPRS QIKNEINIDT LARDEFNLQK MMVMVTASGK LFGIESSSGT ILWKQY LPN VKPDSSFKLM VQRTTAHFPH PPQCTLLVKD KESGMSSLYV FNPIFGKWSQ VAPPVLKRPI LQSLLLPVMD QDYAKVL LL IDDEYKVTAF PATRNVLRQL HELAPSIFFY LVDAEQGRLC GYRLRKDLTT ELSWELTIPP EVQRIVKVKG KRSSEHVH S QGRVMGDRSV LYKSLNPNLL AVVTESTDAH HERTFIGIFL IDGVTGRIIH SSVQKKAKGP VHIVHSENWV VYQYWNTKA RRNEFTVLEL YEGTEQYNAT AFSSLDRPQL PQVLQQSYIF PSSISAMEAT ITERGITSRH LLIGLPSGAI LSLPKALLDP RRPEIPTEQ SREENLIPYS PDVQIHAERF INYNQTVSRM RGIYTAPSGL ESTCLVVAYG LDIYQTRVYP SKQFDVLKDD Y DYVLISSV LFGLVFATMI TKRLAQVKLL NRAWR |
-分子 #2: ER membrane protein complex subunit 2
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAKVSELYDV TWEEMRDKMR KWREENSRNS EQIVEVGEEL INEYASKLGD DIWIIYEQVM IAALDYGRDD LALFCLQELR RQFPGSHRV KRLTGMRFEA MERYDDAIQL YDRILQEDPT NTAARKRKIA IRKAQGKNVE AIRELNEYLE QFVGDQEAWH E LAELYINE ...文字列: MAKVSELYDV TWEEMRDKMR KWREENSRNS EQIVEVGEEL INEYASKLGD DIWIIYEQVM IAALDYGRDD LALFCLQELR RQFPGSHRV KRLTGMRFEA MERYDDAIQL YDRILQEDPT NTAARKRKIA IRKAQGKNVE AIRELNEYLE QFVGDQEAWH E LAELYINE HDYAKAAFCL EELMMTNPHN HLYCQQYAEV KYTQGGLENL ELSRKYFAQA LKLNNRNMRA LFGLYMSASH IA SNPKASA KTKKDNMKYA SWAASQINRA YQFAGRSKKE TKYSLKAVED MLETLQITQS |
-分子 #3: ER membrane protein complex subunit 3
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAGPELLLDS NIRLWVVLPI VIITFFVGMI RHYVSILLQS DKKLTQEQVS DSQVLIRSRV LRENGKYIPK QSFLTRKYYF NNPEDGFFK KTKRKVVPPS PMTDPTMLTD MMKGNVTNVL PMILIGGWIN MTFSGFVTTK VPFPLTLRFK PMLQQGIELL T LDASWVSS ...文字列: MAGPELLLDS NIRLWVVLPI VIITFFVGMI RHYVSILLQS DKKLTQEQVS DSQVLIRSRV LRENGKYIPK QSFLTRKYYF NNPEDGFFK KTKRKVVPPS PMTDPTMLTD MMKGNVTNVL PMILIGGWIN MTFSGFVTTK VPFPLTLRFK PMLQQGIELL T LDASWVSS ASWYFLNVFG LRSIYSLILG QDNAADQSRM MQEQMTGAAM AMPADTNKAF KTEWEALELT DHQWALDDVE EE LMAKDLH FEGMFKKELQ TSIF |
-分子 #4: ER membrane protein complex subunit 4
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MTAQGGLVAN RGRRFKWAIE LSGPGGGSRG RSDRGSGQGD SLYPVGYLDK QVPDTSVQET DRILVEKRCW DIALGPLKQI PMNLFIMYM AGNTISIFPT MMVCMMAWRP IQALMAISAT FKMLESSSQK FLQGLVYLIG NLMGLALAVY KCQSMGLLPT H ASDWLAFI EPPERMEFSG GGLLL |
-分子 #5: ER membrane protein complex subunit 5
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAPSLWKGLV GIGLFALAHA AFSAAQHRSY MRLTEKEDES LPIDIVLQTL LAFAVTCYGI VHIAGEFKDM DATSELKNKT FDTLRNHPS FYVFNHRGRV LFRPSDTANS SNQDALSSNT SLKLRKLESL RR |
-分子 #6: ER membrane protein complex subunit 6
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAAVVAKREG PPFISEAAVR GNAAVLDYCR TSVSALSGAT AGILGLTGLY GFIFYLLASV LLSLLLILKA GRRWNKYFKS RRPLFTGGL IGGLFTYVLF WTFLYGMVHV Y |
-分子 #7: ER membrane protein complex subunit 7
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MAAALWGFFP VLLLLLLSGD VQSSEVPGAA AEGSGGSGVG IGDRFKIEGR AVVPGVKPQD WISAARVLVD GEEHVGFLKT DGSFVVHDI PSGSYVVEVV SPAYRFDPVR VDITSKGKMR ARYVNYIKTS EVVRLPYPLQ MKSSGPPSYF IKRESWGWTD F LMNPMVMM ...文字列: MAAALWGFFP VLLLLLLSGD VQSSEVPGAA AEGSGGSGVG IGDRFKIEGR AVVPGVKPQD WISAARVLVD GEEHVGFLKT DGSFVVHDI PSGSYVVEVV SPAYRFDPVR VDITSKGKMR ARYVNYIKTS EVVRLPYPLQ MKSSGPPSYF IKRESWGWTD F LMNPMVMM MVLPLLIFVL LPKVVNTSDP DMRREMEQSM NMLNSNHELP DVSEFMTRLF SSKSSGKSSS GSSKTGKSGA GK RR |
-分子 #8: ER membrane protein complex subunit 8
分子 | 名称: ER membrane protein complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MPGVKLTTQA YCKMVLHGAK YPHCAVNGLL VAEKQKPRKE HLPLGGPGAH HTLFVDCIPL FHGTLALAPM LEVALTLIDS WCKDHSYVI AGYYQANERV KDASPNQVAE KVASRIAEGF SDTALIMVDN TKFTMDCVAP TIHVYEHHEN RWRCRDPHHD Y CEDWPEAQ ...文字列: MPGVKLTTQA YCKMVLHGAK YPHCAVNGLL VAEKQKPRKE HLPLGGPGAH HTLFVDCIPL FHGTLALAPM LEVALTLIDS WCKDHSYVI AGYYQANERV KDASPNQVAE KVASRIAEGF SDTALIMVDN TKFTMDCVAP TIHVYEHHEN RWRCRDPHHD Y CEDWPEAQ RISASLLDSR SYETLVDFDN HLDDIRNDWT NPEINKAVLH LC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||||||||
詳細 | Sample solubilized and purified in GDN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 11822 / 平均露光時間: 2.66 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |