[日本語] English
万見
- EMDB-40228: Bacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40228
タイトルBacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the gp23* major capsid protein subunits
マップデータ
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Mature major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Mature capsid vertex protein
キーワードBacteriophage T4 / capsid shell / phage display / decorated capsid / phage head / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Capsid vertex protein / Major capsid protein, Myoviridae / Major capsid protein Gp23 / Capsid protein, T4-like bacteriophage-like / T=13 icosahedral viral capsid / viral capsid / Major capsid protein / Capsid vertex protein
機能・相同性情報
生物種Tequatrovirus T4 (ウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Fokine A / Rao VB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI111538 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081726 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0923873 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Design of bacteriophage T4-based artificial viral vectors for human genome remodeling.
著者: Jingen Zhu / Himanshu Batra / Neeti Ananthaswamy / Marthandan Mahalingam / Pan Tao / Xiaorong Wu / Wenzheng Guo / Andrei Fokine / Venigalla B Rao /
要旨: Designing artificial viral vectors (AVVs) programmed with biomolecules that can enter human cells and carry out molecular repairs will have broad applications. Here, we describe an assembly-line ...Designing artificial viral vectors (AVVs) programmed with biomolecules that can enter human cells and carry out molecular repairs will have broad applications. Here, we describe an assembly-line approach to build AVVs by engineering the well-characterized structural components of bacteriophage T4. Starting with a 120 × 86 nm capsid shell that can accommodate 171-Kbp DNA and thousands of protein copies, various combinations of biomolecules, including DNAs, proteins, RNAs, and ribonucleoproteins, are externally and internally incorporated. The nanoparticles are then coated with cationic lipid to enable efficient entry into human cells. As proof of concept, we assemble a series of AVVs designed to deliver full-length dystrophin gene or perform various molecular operations to remodel human genome, including genome editing, gene recombination, gene replacement, gene expression, and gene silencing. These large capacity, customizable, multiplex, and all-in-one phage-based AVVs represent an additional category of nanomaterial that could potentially transform gene therapies and personalized medicine.
履歴
登録2023年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_40228.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.85 Å/pix.
x 720 pix.
= 1332. Å		1.85 Å/pix.
x 720 pix.
= 1332. Å		1.85 Å/pix.
x 720 pix.
= 1332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.048439845 - 0.08359766
平均 (標準偏差)0.00006757792 (±0.0045733885)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 1332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_40228_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_40228_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_40228_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Enterobacteria phage T4

全体名称: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Mature major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Mature capsid vertex protein

-
超分子 #1: Enterobacteria phage T4

超分子名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10665 / 生物種: Enterobacteria phage T4 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Mature major capsid protein

分子名称: Mature major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 93 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tequatrovirus T4 (ウイルス)
分子量理論値: 49.790727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AEIGGDHGYN ATNIAAGQTS GAVTQIGPAV MGMVRRAIPN LIAFDICGVQ PMNSPTGQVF ALRAVYGKDP VAAGAKEAFH PMYGPDAMF SGQGAAKKFP ALAASTQTTV GDIYTHFFQE TGTVYLQASV QVTIDAGDED EDEDEDATDA AKLDAEIKKQ M EAGALVEI ...文字列:
AEIGGDHGYN ATNIAAGQTS GAVTQIGPAV MGMVRRAIPN LIAFDICGVQ PMNSPTGQVF ALRAVYGKDP VAAGAKEAFH PMYGPDAMF SGQGAAKKFP ALAASTQTTV GDIYTHFFQE TGTVYLQASV QVTIDAGDED EDEDEDATDA AKLDAEIKKQ M EAGALVEI AEGMATSIAE LQEGFNGSTD NPWNEMGFRI DKQVIEAKSR QLKAAYSIEL AQDLRAVHGM DADAELSGIL AT EIMLEIN REVVDWINYS AQVGKSGMTL TPGSKAGVFD FQDPIDIRGA RWAGESFKAL LFQIDKEAVE IARQTGRGEG NFI IASRNV VNVLASVDTG ISYAAQGLAT GFSTDTTKSV FAGVLGGKYR VYIDQYAKQD YFTVGYKGPN EMDAGIYYAP YVAL TPLRG SDPKNFQPVM GFKTRYGIGI NPFAESAAQA PASRIQSGMP SILNSLGKNA YFRRVYVKGI

UniProtKB: Major capsid protein

-
分子 #2: Mature capsid vertex protein

分子名称: Mature capsid vertex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tequatrovirus T4 (ウイルス)
分子量理論値: 45.594375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: STTTNSNSIG RPNLVALTRA TTKLIYSDIV ATQRTNQPVA AFYGIKYLNP DNEFTFKTGA TYAGEAGYVD REQITELTEE SKLTLNKGD LFKYNNIVYK VLEDTPFATI EESDLELALQ IAIVLLKVRL FSDAASTSKF ESSDSEIADA RFQINKWQTA V KSRKLKTG ...文字列:
STTTNSNSIG RPNLVALTRA TTKLIYSDIV ATQRTNQPVA AFYGIKYLNP DNEFTFKTGA TYAGEAGYVD REQITELTEE SKLTLNKGD LFKYNNIVYK VLEDTPFATI EESDLELALQ IAIVLLKVRL FSDAASTSKF ESSDSEIADA RFQINKWQTA V KSRKLKTG ITVELAQDLE ANGFDAPNFL EDLLATEMAD EINKDILQSL ITVSKRYKVT GITDSGFIDL SYASAPEAGR SL YRMVCEM VSHIQKESTY TATFCVASAR AAAILAASGW LKHKPEDDKY LSQNAYGFLA NGLPLYCDTN SPLDYVIVGV VEN IGEKEI VGSIFYAPYT EGLDLDDPEH VGAFKVVVDP ESLQPSIGLL VRYALSANPY TVAKDEKEAR IIDGGDMDKM AGRS DLSVL LGVKLPKIII

UniProtKB: Capsid vertex protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6323

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: The reconstruction was performed using RELION 3.1. The map was sharpened with an automatically calculated B-factor of -129 A2 using the RELION post-processing tool.
使用した粒子像数: 70340
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7vs5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8gmo:
Bacteriophage T4 capsid shell containing 9DE insertions into the gp23* major capsid protein subunits

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る