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- EMDB-4020: Cryo-electron tomogram containing immature HIV-1 particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4020
タイトルCryo-electron tomogram containing immature HIV-1 particles
マップデータContour level not applicable Cryo-electron tomogram contains immature protease defective HIV-1 particles
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Schur FKM / Obr M / Hagen WJH / Wan W / Arjen JJ / Kirkpatrick JM / Sachse C / Kraeusslich H-G / Briggs JAG
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: An atomic model of HIV-1 capsid-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation.
著者: Florian K M Schur / Martin Obr / Wim J H Hagen / William Wan / Arjen J Jakobi / Joanna M Kirkpatrick / Carsten Sachse / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Immature HIV-1 assembles at and buds from the plasma membrane before proteolytic cleavage of the viral Gag polyprotein induces structural maturation. Maturation can be blocked by maturation ...Immature HIV-1 assembles at and buds from the plasma membrane before proteolytic cleavage of the viral Gag polyprotein induces structural maturation. Maturation can be blocked by maturation inhibitors (MIs), thereby abolishing infectivity. The CA (capsid) and SP1 (spacer peptide 1) region of Gag is the key regulator of assembly and maturation and is the target of MIs. We applied optimized cryo-electron tomography and subtomogram averaging to resolve this region within assembled immature HIV-1 particles at 3.9 angstrom resolution and built an atomic model. The structure reveals a network of intra- and intermolecular interactions mediating immature HIV-1 assembly. The proteolytic cleavage site between CA and SP1 is inaccessible to protease. We suggest that MIs prevent CA-SP1 cleavage by stabilizing the structure, and MI resistance develops by destabilizing CA-SP1.
履歴
登録2016年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2016年7月20日-
更新2017年8月30日-
現状2017年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4020.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 61.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Contour level not applicable Cryo-electron tomogram contains immature protease defective HIV-1 particles
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.8 Å/pix.
x 150 pix.
= 1620. Å		10.8 Å/pix.
x 463 pix.
= 5000.4 Å		10.8 Å/pix.
x 463 pix.
= 5000.4 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-572. - 438.
平均 (標準偏差)9.841341999999999 (±18.391010000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ463463150
Spacing463463150
セルA: 5000.4 Å / B: 5000.4 Å / C: 1620.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z10.810.810.8
M x/y/z463463150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z5000.4005000.4001620.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS463463150
D min/max/mean-572.000438.0009.841

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Immature protease defective (D25A) viruses were purified from HEK293T cells
NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素:
名称濃度
PBS
Paraformaldehyde1.2 %

詳細: Concentrated virus sample was resuspended in PBS and fixed with 1.2 % PFA for one hour on ice.
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: at 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細: 10nM colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing..
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI, home made / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
詳細Nanoprobe
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 10-12 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: Number of frames ranged from 10-12. Exposure time per tilt ranged from 2 to 3 seconds
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frames were aligned using MotionCorr. Tilts in a tilt series were exposure filtered for cumulative electron dose. Tomograms were reconstructed using IMOD.
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: Tomograms were reconstructed in IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 4)CTF determination
CTFPHASEFLIPCTF correction within IMOD

詳細: CTF correction was performed using the ctfphaseflip program in IMOD prior to backprojection.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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