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- EMDB-40047: Structure of human ENPP1 in complex with variable heavy domain VH27.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40047
タイトルStructure of human ENPP1 in complex with variable heavy domain VH27.2
マップデータFrom cryosparc non-uniform refinement and local resolution filter
試料
  • 複合体: ENPP1-VH27 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1, secreted form, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion
    • タンパク質・ペプチド: VH27
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードphosphodiesterase / inhibitor / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism ...GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / nucleic acid metabolic process / negative regulation of protein autophosphorylation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / intracellular phosphate ion homeostasis / sequestering of triglyceride / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of bone mineralization / phosphate ion homeostasis / melanocyte differentiation / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / negative regulation of glucose import / regulation of bone mineralization / phosphate-containing compound metabolic process / exonuclease activity / polysaccharide binding / response to ATP / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / phosphatase activity / : / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / ATP metabolic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / complement activation, classical pathway / generation of precursor metabolites and energy / antigen binding / insulin receptor binding / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / gene expression / antibacterial humoral response / basolateral plasma membrane / nucleic acid binding / blood microparticle / immune response / lysosomal membrane / calcium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Carozza JA / Wang H / Solomon PE / Wells JA / Li L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P41 CA196276 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA258427 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Discovery of VH domains that allosterically inhibit ENPP1.
著者: Paige E Solomon / Colton J Bracken / Jacqueline A Carozza / Haoqing Wang / Elizabeth P Young / Alon Wellner / Chang C Liu / E Alejandro Sweet-Cordero / Lingyin Li / James A Wells /
要旨: Ectodomain phosphatase/phosphodiesterase-1 (ENPP1) is overexpressed on cancer cells and functions as an innate immune checkpoint by hydrolyzing extracellular cyclic guanosine monophosphate adenosine ...Ectodomain phosphatase/phosphodiesterase-1 (ENPP1) is overexpressed on cancer cells and functions as an innate immune checkpoint by hydrolyzing extracellular cyclic guanosine monophosphate adenosine monophosphate (cGAMP). Biologic inhibitors have not yet been reported and could have substantial therapeutic advantages over current small molecules because they can be recombinantly engineered into multifunctional formats and immunotherapies. Here we used phage and yeast display coupled with in cellulo evolution to generate variable heavy (VH) single-domain antibodies against ENPP1 and discovered a VH domain that allosterically inhibited the hydrolysis of cGAMP and adenosine triphosphate (ATP). We solved a 3.2 Å-resolution cryo-electron microscopy structure for the VH inhibitor complexed with ENPP1 that confirmed its new allosteric binding pose. Finally, we engineered the VH domain into multispecific formats and immunotherapies, including a bispecific fusion with an anti-PD-L1 checkpoint inhibitor that showed potent cellular activity.
履歴
登録2023年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2024年1月3日-
現状2024年1月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40047.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈From cryosparc non-uniform refinement and local resolution filter
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8677 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.216
最小 - 最大-0.95711213 - 1.7641419
平均 (標準偏差)0.0010517604 (±0.02670029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 312.37198 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A from non-uniform refinement

ファイルemd_40047_half_map_1.map
注釈half map A from non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B from non-uniform refinement

ファイルemd_40047_half_map_2.map
注釈half map B from non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ENPP1-VH27 complex

全体名称: ENPP1-VH27 complex
要素
  • 複合体: ENPP1-VH27 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1, secreted form, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion
    • タンパク質・ペプチド: VH27
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: ENPP1-VH27 complex

超分子名称: ENPP1-VH27 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1,...

分子名称: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1, secreted form, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 115.488617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GEKSWVEEPC ESINEPQCPA GFETPPTLLF SLDGFRAEYL HTWGGLLPVI SKLKKCGTYT KNMRPVYPTK AFPNHYSIVT GLYPESHGI IDNKMYDPKM NASFSLKSKE KFNPEWYKGE PIWVTAKYQG LKSGTFFWPG SDVEINGIFP DIYKMYNGSV P FEERILAV ...文字列:
GEKSWVEEPC ESINEPQCPA GFETPPTLLF SLDGFRAEYL HTWGGLLPVI SKLKKCGTYT KNMRPVYPTK AFPNHYSIVT GLYPESHGI IDNKMYDPKM NASFSLKSKE KFNPEWYKGE PIWVTAKYQG LKSGTFFWPG SDVEINGIFP DIYKMYNGSV P FEERILAV LQWLQLPKDE RPHFYTLYLE EPDSSGHSYG PVSSEVIKAL QRVDGMVGML MDGLKELNLH RCLNLILISD HG MEQGSCK KYIYLNKYLG DVKNIKVIYG PAARLRPSDV PDKYYSFNYE GIARNLSCRE PNQHFKPYLK HFLPKRLHFA KSD RIEPLT FYLDPQWQLA LNPSERKYCG SGFHGSDNVF SNMQALFVGY GPGFKHGIEA DTFENIEVYN LMCDLLNLTP APNN GTHGS LNHLLKNPVY TPKHPKEVHP LVQCPFTRNP RDNLGCSCNP SILPIEDFQT QFNLTVAEEK IIKHETLPYG RPRVL QKEN TICLLSQHQF MSGYSQDILM PLWTSYTVDR NDSFSTEDFS NCLYQDFRIP LSPVHKCSFY KNNTKVSYGF LSPPQL NKN SSGIYSEALL TTNIVPMYQS FQVIWRYFHD TLLRKYAEER NGVNVVSGPV FDFDYDGRCD SLENLRQKRR VIRNQEI LI PTHFFIVLTS CKDTSQTPLH CENLDTLAFI LPHRTDNSES CVHGKHDSSW VEELLMLHRA RITDVEHITG LSFYQQRK E PVSDILKLKT HLPTFSQEDT SSGGGGENLY FQSSGGGSGG GEPKSCDKTH TCPPCPAPEL LGGPSVFLFP PKPKDTLMI SRTPEVTCVV VDVSHEDPEV KFNWYVDGVE VHNAKTKPRE EQYNSTYRVV SVLTVLHQDW LNGKEYKCKV SNKALPAPIE KTISKAKGQ PREPQVYTLP PSRDELTKNQ VSLTCLVKGF YPSDIAVEWE SNGQPENNYK TTPPVLDSDG SFFLYSKLTV D KSRWQQGN VFSCSVMHEA LHNHYTQKSL SLSPGKGGGG SGLNDIFEAQ KIEWHEG

UniProtKB: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

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分子 #2: VH27

分子名称: VH27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.564035 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFDIY YSYYIGWVRR APGKGEELVA RISPSYGSTS YADSVKGRFT ISADISKNTA YLQMNSLRV EDTAVYYCAR FAYPWYVADD ALDYWGQGTL VTVSS

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: phosphate buffered saline
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wfj

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77023
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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