EMDB-39986: Focused refinement cryo-EM map of Mycobacteriophage Douge genome-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-39986

タイトル

Focused refinement cryo-EM map of Mycobacteriophage Douge genome-packed connector (gp10, gp12 and gp13)

マップデータ

試料

ウイルス: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

キーワード

Mycobacteriophage / phage structure / Icosahedral / cryo-EM / protein assembly / VIRUS / VIRAL PROTEIN

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Maharana J / Wang CH / Tsai LA / Lowary TL / Ho MC

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacteriophage cryo-EM studies reveal the siphophage architecture at the amino acid level and its host interaction for viral genome ejection
著者: Maharana J / Wang CH / Tsai LA / Lowary TL / Ho MC

履歴

登録	2024年5月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月25日	-
マップ公開	2025年6月25日	-
更新	2025年6月25日	-
現状	2025年6月25日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_39986.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_39986.map.gz	482.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-39986-v30.xml emd-39986.xml	14.6 KB 14.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_39986_fsc.xml	16.8 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_39986.png	103.6 KB
Filedesc metadata	emd-39986.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_39986_half_map_1.map.gz emd_39986_half_map_2.map.gz	474.7 MB 474.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39986	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_39986_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_39986_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_39986_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_39986_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39986	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39973C 39974C 39975C 39976C 39977C 39978C 39979C 39980C 39981C 39982C 39983C 39984C 39985C 39987C 39988C 39989C 39990C 39991C 39992C 39993C 39994C 39995C 39996C 39997C 39998C 39999C 60000C 60001C 60002C 60003C 60004C 60005C 60714C 60715C 8zdhC 8zdiC 8zdjC 8zdkC 8zdlC 8zdmC 8zdnC 8zdoC 8zdpC 8zdqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_39986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.06 Å/pix. x 512 pix. = 543.232 Å	1.06 Å/pix. x 512 pix. = 543.232 Å	1.06 Å/pix. x 512 pix. = 543.232 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.061 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.3
最小 - 最大	-1.5941133 - 2.812396
平均 (標準偏差)	-0.0026646075 (±0.06647021)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_39986_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_39986_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

全体	名称: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
要素	ウイルス: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

-
超分子 #1: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

超分子	名称: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 246196 / 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.43 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28210
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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