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- EMDB-39871: Cryo-EM structure of Phytanoyl-CoA-bound human very long-chain fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39871
タイトルCryo-EM structure of Phytanoyl-CoA-bound human very long-chain fatty acid ABC transporter ABCD3
マップデータ
試料
  • 複合体: Phytanoyl-CoA-bound human peroxisomal ABCD3
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family D member 3
  • リガンド: phytanoyl-CoA
キーワードvery long-chain fatty / Peroxisome / ABC transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phytanic acid metabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / Class I peroxisomal membrane protein import / very long-chain fatty acid metabolic process / peroxisome organization / fatty acyl-CoA hydrolase activity / ABC transporters in lipid homeostasis / bile acid biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 ...phytanic acid metabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / Class I peroxisomal membrane protein import / very long-chain fatty acid metabolic process / peroxisome organization / fatty acyl-CoA hydrolase activity / ABC transporters in lipid homeostasis / bile acid biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / peroxisomal membrane / bile acid and bile salt transport / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / RHOC GTPase cycle / peroxisomal matrix / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / RHOA GTPase cycle / ABC-type transporter activity / response to organic cyclic compound / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxysomal long chain fatty acyl transporter / ABC transporter transmembrane region 2 / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...Peroxysomal long chain fatty acyl transporter / ABC transporter transmembrane region 2 / : / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family D member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Li Y / Chen YX / Zhou CZ / Hou WT
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071206 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into human ABCD3-mediated peroxisomal acyl-CoA translocation
著者: Yang L / Wen TH
履歴
登録2024年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39871.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39871.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.371
最小 - 最大-1.5638444 - 2.5394604
平均 (標準偏差)-0.00027920963 (±0.05299105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_39871_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39871_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39871_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phytanoyl-CoA-bound human peroxisomal ABCD3

全体名称: Phytanoyl-CoA-bound human peroxisomal ABCD3
要素
  • 複合体: Phytanoyl-CoA-bound human peroxisomal ABCD3
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family D member 3
  • リガンド: phytanoyl-CoA

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超分子 #1: Phytanoyl-CoA-bound human peroxisomal ABCD3

超分子名称: Phytanoyl-CoA-bound human peroxisomal ABCD3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 kDa/nm

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family D member 3

分子名称: ATP-binding cassette sub-family D member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.67918 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKA VFSKLQLLGQ AIPPKQYAPG VVGMLAVFAL IKLYKQDIRG TKHLVAKTKE GKKERAVVDK VFFSRLIQIL KIMVPRTFC KETGYLVLIA VMLVSRTYCD VWMIQNGTLI ESGIIGRSRK DFKRYLLNFI AAMPLISLVN NFLKYGLNEL K LCFRVRLT ...文字列:
MDYKDDDDKA VFSKLQLLGQ AIPPKQYAPG VVGMLAVFAL IKLYKQDIRG TKHLVAKTKE GKKERAVVDK VFFSRLIQIL KIMVPRTFC KETGYLVLIA VMLVSRTYCD VWMIQNGTLI ESGIIGRSRK DFKRYLLNFI AAMPLISLVN NFLKYGLNEL K LCFRVRLT KYLYEEYLQA FTYYKMGNLD NRIANPDQLL TQDVEKFCNS VVDLYSNLSK PFLDIVLYIF KLTSAIGAQG PA SMMAYLV VSGLFLTRLR RPIGKMTITE QKYEGEYRYV NSRLITNSEE IAFYNGNKRE KQTVHSVFRK LVEHLHNFIL FRF SMGFID SIIAKYLATV VGYLVVSRPF LDLSHPRHLK STHSELLEDY YQSGRMLLRM SQALGRIVLA GREMTRLAGF TARI TELMQ VLKDLNHGKY ERTMVSQQEK GIEGVQVIPL IPGAGEIIIA DNIIKFDHVP LATPNGDVLI RDLNFEVRSG ANVLI CGPN GCGKSSLFRV LGELWPLFGG RLTKPERGKL FYVPQRPYMT LGTLRDQVIY PDGREDQKRK GISDLVLKEY LDNVQL GHI LEREGGWDSV QDWMDVLSGG EKQRMAMARL FYHKPQFAIL DECTSAVSVD VEGYIYSHCR KVGITLFTVS HRKSLWK HH EYYLHMDGRG NYEFKQITED TVEFGS

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family D member 3

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分子 #2: phytanoyl-CoA

分子名称: phytanoyl-CoA / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1L1A
分子量理論値: 1.062049 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96695
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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