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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8z9x | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Phytanoyl-CoA-bound human very long-chain fatty acid ABC transporter ABCD3 | ||||||
![]() | ATP-binding cassette sub-family D member 3 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / very long-chain fatty / Peroxisome / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() phytanic acid metabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / very long-chain fatty acid metabolic process / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / fatty acyl-CoA hydrolase activity / ABC transporters in lipid homeostasis / bile acid biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 ...phytanic acid metabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / very long-chain fatty acid metabolic process / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / fatty acyl-CoA hydrolase activity / ABC transporters in lipid homeostasis / bile acid biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / fatty acid beta-oxidation / RHOC GTPase cycle / peroxisomal matrix / RHOA GTPase cycle / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / : / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
![]() | Li, Y. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z. / Hou, W.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into human ABCD3-mediated peroxisomal acyl-CoA translocation. 著者: Yang Li / Zhi-Peng Chen / Da Xu / Liang Wang / Meng-Ting Cheng / Cong-Zhao Zhou / Yuxing Chen / Wen-Tao Hou / ![]() 要旨: Human ABC transporters ABCD1-3 are all localized on the peroxisomal membrane and participate in the β-oxidation of fatty acyl-CoAs, but they differ from each other in substrate specificity. The ...Human ABC transporters ABCD1-3 are all localized on the peroxisomal membrane and participate in the β-oxidation of fatty acyl-CoAs, but they differ from each other in substrate specificity. The transport of branched-chain fatty acids from cytosol to peroxisome is specifically driven by ABCD3, dysfunction of which causes severe liver diseases such as hepatosplenomegaly. Here we report two cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of ABCD3 bound to phytanoyl-CoA and ATP at resolutions of 2.9 Å and 3.2 Å, respectively. A pair of phytanoyl-CoA molecules were observed in ABCD3, each binding to one transmembrane domain (TMD), which is distinct from our previously reported structure of ABCD1, where each fatty acyl-CoA molecule strongly crosslinks two TMDs. Upon ATP binding, ABCD3 exhibits a conformation that is open towards the peroxisomal matrix, leaving two extra densities corresponding to two CoA molecules deeply embedded in the translocation cavity. Structural analysis combined with substrate-stimulated ATPase activity assays indicated that the present structures might represent two states of ABCD3 in the transport cycle. These findings advance our understanding of fatty acid oxidation and the molecular pathology of related diseases. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 241.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39871MC ![]() 8z0fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76679.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P28288, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ...参照: UniProt: P28288, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う #2: 化合物 | 分子量: 1062.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H74N7O17P3S 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Phytanoyl-CoA-bound human peroxisomal ABCD3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 140 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96695 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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