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- EMDB-39860: cryo-EM structure of PSII-LHCII megacomplex from spinach -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39860
タイトルcryo-EM structure of PSII-LHCII megacomplex from spinach
マップデータ
試料
  • 複合体: PSII-LHCII megacomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 18種
キーワードPSII / LHCII / megacomplex / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem II / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...chloroplast photosystem II / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / response to herbicide / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / : / response to light stimulus / photosynthesis / cell redox homeostasis / chloroplast / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / PsbP / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) ...Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / PsbP / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein LOC110783121 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP43 reaction center protein ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein LOC110783121 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein Z
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Shan JY / Liu ZF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Architecture and functional regulation of a plant PSII-LHCII megacomplex.
著者: Jianyu Shan / Dariusz M Niedzwiedzki / Rupal S Tomar / Zhenfeng Liu / Haijun Liu /
要旨: Photosystem II (PSII) splits water in oxygenic photosynthesis on Earth. The structure and function of the CSM-type PSII-LHCII (light-harvesting complex II) megacomplexes from the wild-type and PsbR- ...Photosystem II (PSII) splits water in oxygenic photosynthesis on Earth. The structure and function of the CSM-type PSII-LHCII (light-harvesting complex II) megacomplexes from the wild-type and PsbR-deletion mutant plants are studied through electron microscopy (EM), structural mass spectrometry, and ultrafast fluorescence spectroscopy [time-resolved fluorescence (TRF)]. The cryo-EM structure of a type I CSM megacomplex demonstrates that the three domains of PsbR bind to the stromal side of D1, D2, and CP43; associate with the single transmembrane helix of the redox active Cyt ; and stabilize the luminal extrinsic PsbP, respectively. This megacomplex, with PsbR and PsbY centered around the narrow interface between two dimeric PSII cores, provides the supramolecular structural basis that regulates the plastoquinone occupancy in Q site, excitation energy transfer, and oxygen evolution. PSII-LHCII megacomplexes (types I and II) and LHC aggregation levels in mutant were also interrogated and compared to wild-type plants through EM and picosecond TRF.
履歴
登録2024年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39860.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.35 Å/pix.
x 480 pix.
= 648. Å		1.35 Å/pix.
x 480 pix.
= 648. Å		1.35 Å/pix.
x 480 pix.
= 648. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-20.734634 - 34.286349999999999
平均 (標準偏差)-0.0043487144 (±0.986466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 648.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : PSII-LHCII megacomplex

全体名称: PSII-LHCII megacomplex
要素
  • 複合体: PSII-LHCII megacomplex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
超分子 #1: PSII-LHCII megacomplex

超分子名称: PSII-LHCII megacomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #16, #14-#15, #11, #17, #1, #28, #18-#21, #9, #22-#27, #2, #12-#13, #3-#8, #10
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 38.804152 KDa
配列文字列: MTAILERRES ESLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAI GLHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTAILERRES ESLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAI GLHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYR FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGIWFTA LGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLAAI EAPST

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 35.207383 KDa
配列文字列: MAASLQASTT FLQPTKVASR NTLQLRSTQN VCKAFGVESA SSGGRLSLSL QSDLKELANK CVDATKLAGL ALATSALIAS GANAEGGKR LTYDEIQSKT YLEVKGTGTA NQCPTVEGGV DSFAFKPGKY TAKKFCLEPT KFAVKAEGIS KNSGPDFQNT K LMTRLTYT ...文字列:
MAASLQASTT FLQPTKVASR NTLQLRSTQN VCKAFGVESA SSGGRLSLSL QSDLKELANK CVDATKLAGL ALATSALIAS GANAEGGKR LTYDEIQSKT YLEVKGTGTA NQCPTVEGGV DSFAFKPGKY TAKKFCLEPT KFAVKAEGIS KNSGPDFQNT K LMTRLTYT LDEIEGPFEV SSDGTVKFEE KDGIDYAAVT VQLPGGERVP FLFTIKQLVA SGKPESFSGD FLVPSYRGSS FL DPKGRGG STGYDNAVAL PAGGRGDEEE LQKENNKNVA SSKGTITLSV TSSKPETGEV IGVFQSLQPS DTDLGAKVPK DVK IEGVWY AQLEQQ

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 31.046254 KDa
配列文字列: MASASASAAA TSSFIGTRLT EVPSNSGKVT CRFGFGAKKV AKKAQPKSGF STDRPLWYPG AKAPEYLDGS LVGDYGFDPF GLGKPAEYL QYDYDGLDQN LAKNLAGDII GTRTESADVK STSLQPYSEV FGLQRFRECE LIHGRWAMLA TLGALTVEGL T GITWQDAG ...文字列:
MASASASAAA TSSFIGTRLT EVPSNSGKVT CRFGFGAKKV AKKAQPKSGF STDRPLWYPG AKAPEYLDGS LVGDYGFDPF GLGKPAEYL QYDYDGLDQN LAKNLAGDII GTRTESADVK STSLQPYSEV FGLQRFRECE LIHGRWAMLA TLGALTVEGL T GITWQDAG KVELIEGSSY LGQPLPFSMT TLIWIEVLVI GYIEFQRNAE LDTEKRLYPG GTFDPLGLAS DPEKKPILQL AE IKHARLA MVGFLGFAVQ AAVTGKGPLN NWVTHLSDPL HTTILDRFL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 31.34184 KDa
配列文字列: MASVAASTAA ACLGKSELLG NSLNLRSATS APCSTPSVGP CKIVALFNFG KKAATPPAKS KAKVAVASPA DDELAKWYGP DRRIFLPDG LLDRDDIPEY LNGEVPGDYG YDPFGLGKKP EDFAKYQAFE LIHARWAMLG AAGCVIPEAF NKFGANCGPE A VWFKTGAL ...文字列:
MASVAASTAA ACLGKSELLG NSLNLRSATS APCSTPSVGP CKIVALFNFG KKAATPPAKS KAKVAVASPA DDELAKWYGP DRRIFLPDG LLDRDDIPEY LNGEVPGDYG YDPFGLGKKP EDFAKYQAFE LIHARWAMLG AAGCVIPEAF NKFGANCGPE A VWFKTGAL LLDGNTLNYF GKNIPINLVL AVVAEVVLLG GAEYYRITNG LDFEDKLHPG GPFDPLGLAK DPDQAALLKV KE IKNGRLA MFSMFAFFIQ AYVTGQGPVE NLSAHLSDPF GNNLLTVIGG AAERVPTL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #5: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 3.825642 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKIS TKK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #6: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.676572 KDa
配列文字列:
MASITMTASF LGTTVSKQPP THHLRRGVVM AKAMPETTTT TKEETSSKRR DLVFAVAAAA ACSVARIAMA EEPKRGTPEA KKKYAPVCV TMPSARICYK

UniProtKB: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

+
分子 #7: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.186097 KDa
配列文字列:
MATITASSSA SLVARASLVH NSRVGVSSSP ILGLPSMTKR SKVTCSIENK PSTTETTTTT NKSMGASLLA AAAAATISNP AMALVDERM STEGTGLPFG LSNNLLGWIL FGVFGLIWAL YFVYASGLEE DEESGLSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

+
分子 #8: Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.958141 KDa
配列文字列:
MASISAVSMA TPITTTTTKT TFFSPLPVVK PQRATLMGQK PRAMGLKVQA SLKEKAVTGL TAAALTASMM VPDVAEAAEL APSLKNFLF SIAAGGVVLT AIVGAVVAVS NFDPVKRA

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC110783121

+
分子 #9: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.433391 KDa
配列文字列: MASSTMALSS PSLAGKAVKL GPTASEIIGE GRITMRKTAG KPKTVQSSSP WYGPDRVKYL GPFSGEAPSY LTGEFPGDYG WDTAGLSAD PETFAKNREL EVIHCRWAML GALGCVFPEL LARNGVKFGE AVWFKAGSQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQSI L AIWACQVI ...文字列:
MASSTMALSS PSLAGKAVKL GPTASEIIGE GRITMRKTAG KPKTVQSSSP WYGPDRVKYL GPFSGEAPSY LTGEFPGDYG WDTAGLSAD PETFAKNREL EVIHCRWAML GALGCVFPEL LARNGVKFGE AVWFKAGSQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQSI L AIWACQVI LMGAVEGYRI AGGPLGEVVD PLYPGGSFDP LGLADDPEAF AELKVKEIKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GP LENLADH LADPVNNNAW NFATNFVPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.541715 KDa
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIATSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNIV FSGTSLWLGL VFLVGILNSL IS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #11: Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.693525 KDa
配列文字列: MAAATSATAI VNGFTSPFLS GGKKSSQSLL FVNSKVGAGV STTSRKLVVV AAAAAPKKSW IPAVKGGGNF LDPEWLDGSL PGDFGFDPL GLGKDPAFLK WYREAELIHG RWAMLAVLGI FVGQAWTGIP WFEAGADPGA VAPFSFGTLL GTQLLLMGWV E SKRWVDFF ...文字列:
MAAATSATAI VNGFTSPFLS GGKKSSQSLL FVNSKVGAGV STTSRKLVVV AAAAAPKKSW IPAVKGGGNF LDPEWLDGSL PGDFGFDPL GLGKDPAFLK WYREAELIHG RWAMLAVLGI FVGQAWTGIP WFEAGADPGA VAPFSFGTLL GTQLLLMGWV E SKRWVDFF DPDSQSVEWA TPWSRTAENF SNSTGEQGYP GGKFFDPLSL AGTISNGVYN PDTDKLERLK LAEIKHARLA ML AMLIFYF EAGQGKTPLG AL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic

+
分子 #12: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.495918 KDa
配列文字列: MASTACFLHH HAAISSPAAG RGSAAQRYQA VSIKPNQIVC KAQKQDDNEA NVLNSGVSRR LALTVLIGAA AVGSKVSPAD AAYGEAANV FGKPKKNTEF MPYNGDGFKL LVPSKWNPSK EKEFPGQVLR YEDNFDATSN LSVLVQPTDK KSITDFGSPE D FLSQVDYL ...文字列:
MASTACFLHH HAAISSPAAG RGSAAQRYQA VSIKPNQIVC KAQKQDDNEA NVLNSGVSRR LALTVLIGAA AVGSKVSPAD AAYGEAANV FGKPKKNTEF MPYNGDGFKL LVPSKWNPSK EKEFPGQVLR YEDNFDATSN LSVLVQPTDK KSITDFGSPE D FLSQVDYL LGKQAYFGKT DSEGGFDSGV VASANVLESS TPVVDGKQYY SITVLTRTAD GDEGGKHQVI AATVKDGKLY IC KAQAGDK RWFKGAKKFV ESATSSFSVA

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic

+
分子 #13: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.884426 KDa
配列文字列: MAQAMASMAG LRGASQAVLE GSLQISGSNR LSGPTTSRVA VPKMGLNIRA QQVSAEAETS RRAMLGFVAA GLASGSFVKA VLAEARPIV VGPPPPLSGG LPGTENSDQA RDGTLPYTKD RFYLQPLPPT EAAQRAKVSA SEILNVKQFI DRKAWPSLQN D LRLRASYL ...文字列:
MAQAMASMAG LRGASQAVLE GSLQISGSNR LSGPTTSRVA VPKMGLNIRA QQVSAEAETS RRAMLGFVAA GLASGSFVKA VLAEARPIV VGPPPPLSGG LPGTENSDQA RDGTLPYTKD RFYLQPLPPT EAAQRAKVSA SEILNVKQFI DRKAWPSLQN D LRLRASYL RYDLKTVISA KPKDEKKSLQ ELTSKLFSSI DNLDHAAKIK SPTEAEKYYG QTVSNINEVL AKLG

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.429234 KDa
配列文字列: MASSTMALSS PAFGGKAVKL NPSTSDMIGE GRISMRKSAG KPKNVSSGSP WYGPDRVKYL GPFSGEAPSY LTGEFPGDYG WDTAGLSAD PETFSKNREL EVIHCRWAML GALGCVFPEL LARNGVKFGE AVWFKAGSQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQSI L AIWACQVI ...文字列:
MASSTMALSS PAFGGKAVKL NPSTSDMIGE GRISMRKSAG KPKNVSSGSP WYGPDRVKYL GPFSGEAPSY LTGEFPGDYG WDTAGLSAD PETFSKNREL EVIHCRWAML GALGCVFPEL LARNGVKFGE AVWFKAGSQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQSI L AIWACQVI LMGAVEGYRV AGGPLGEVVD PLYPGGSFDP LGLAEDPEAF AELKVKEIKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GP LENLADH LADPVNNNAW NFATNFVPGN

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_021861951.1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.512396 KDa
配列文字列: MATMVSSSTV LTPNPFVGQG KGANGNTLRD VVPMGSGKFT MGNDLWYGPD RVKYLGPFSA QTPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPEAFA RNRALEVIHG RWAMLGALGC LTPEVLEKWV KVDFKEPVWF KAGAQIFSEG GLDYLGNPNL VHAQSILAVL G FQVLLMGL ...文字列:
MATMVSSSTV LTPNPFVGQG KGANGNTLRD VVPMGSGKFT MGNDLWYGPD RVKYLGPFSA QTPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPEAFA RNRALEVIHG RWAMLGALGC LTPEVLEKWV KVDFKEPVWF KAGAQIFSEG GLDYLGNPNL VHAQSILAVL G FQVLLMGL VESFRINGLD GVGDGNDLYP GGQYFDPLGL ADDPVTFAEL KVKEIKNGRL AMFSMFGFFV QAIITGKGPL EN LLDHLDN PVANNAWVYA TKFVPGS

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #16: Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic

分子名称: Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.409401 KDa
配列文字列:
MATSVMSSLS LKPSSFGVDT KSAVKGLPSL SRSSASFTVR ASGVKKIKVD KPLGIGGGMK LRDGVDSSGR KPTGKGVYQF VDKYGANVD GYSPIYNEEE WAPTGDVYAG GTTGLLIWAV TLAGLLAGGA LLVYNTSALA Q

UniProtKB: Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic

+
分子 #17: Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.678209 KDa
配列文字列: MAATMATTMA VLNTKCLTLN TNKTTSTSPK PTSKPISLSP LGLSNSKLPM GLSPIITAPA IAGAVFATLG SVDPAFAVQQ LADIAAEAG TSDNRGLALL LPIIPALGWV LFNILQPALN QINKMRNEKK AFIVGLGLSG LATSGLLLAT PEAQAASEEI A RGSDNRGT ...文字列:
MAATMATTMA VLNTKCLTLN TNKTTSTSPK PTSKPISLSP LGLSNSKLPM GLSPIITAPA IAGAVFATLG SVDPAFAVQQ LADIAAEAG TSDNRGLALL LPIIPALGWV LFNILQPALN QINKMRNEKK AFIVGLGLSG LATSGLLLAT PEAQAASEEI A RGSDNRGT LLLLVVLPAI GWVLFNILQP ALNQLNKMRS Q

UniProtKB: Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic

+
分子 #18: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 51.880559 KDa
配列文字列: MKTLYSLRRF YPVETLFNGT LTLAGRDQET TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGWGV GPGGEVIDTF PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG IYHALLGPET LEESFPFFGY VWKDRNKMTT I LGIHLILL ...文字列:
MKTLYSLRRF YPVETLFNGT LTLAGRDQET TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGWGV GPGGEVIDTF PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG IYHALLGPET LEESFPFFGY VWKDRNKMTT I LGIHLILL GIGAFLLVFK ALYFGGVYDT WAPGGGDVRK ITNVTLSPSI IFGCLLKSPF GGEGWIVSVD DLEDIIGGHV WI GVICILG GIWHILTKPF AWARRALVWS GEAYLSYSLA ALSVFGFIAC CFVWFNNTAY PSEFYGPTGP EASQAQAFTF LVR DQRLGA NVGSAQGPTG LGKYLMRSPT GEVIFGGETM RFWDLRAPWL EPLRGPNGLD LSRLKKDIQP WQERRSAEYM THAP LGSLN SVGGVATEIN AVNYVSPRSW LSTSHFVLGF FLFVGHLWHA GRARAAAAGF EKGIDRDFEP VLSMTPLN

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #19: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 39.422016 KDa
配列文字列: MTIAVGKFTK DEKDLFDSMD DWLRRDRFVF VGWSGLLLFP CAYFALGGWF TGTTFVTSWY THGLASSYLE GCNFLTAAVS TPANSLAHS LLLLWGPEAQ GDFTRWCQLG GLWAFVALHG AFALIGFMLR QFELARSVQL RPYNAIAFSG PIAVFVSVFL I YPLGQSGW ...文字列:
MTIAVGKFTK DEKDLFDSMD DWLRRDRFVF VGWSGLLLFP CAYFALGGWF TGTTFVTSWY THGLASSYLE GCNFLTAAVS TPANSLAHS LLLLWGPEAQ GDFTRWCQLG GLWAFVALHG AFALIGFMLR QFELARSVQL RPYNAIAFSG PIAVFVSVFL I YPLGQSGW FFAPSFGVAA IFRFILFFQG FHNWTLNPFH MMGVAGVLGA ALLCAIHGAT VENTLFEDGD GANTFRAFNP TQ AEETYSM VTANRFWSQI FGVAFSNKRW LHFFMLFVPV TGLWMSALGV VGLALNLRAY DFVSQEIRAA EDPEFETFYT KNI LLNEGI RAWMAAQDQP HENLIFPEEV LPRGNA

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #20: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 9.393501 KDa
配列文字列:
MSGSTGERSF ADIITSIRYW VIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTESR QGIPLITGRF DSLEQLDEFS RSF

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #21: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.502351 KDa
配列文字列:
MTIDRTYPIF TVRWLAIHGL AVPTVFFLGS ISAMQFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #22: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.735004 KDa
配列文字列:
MATQTVESSS RSRPKPTTVG ALLKPLNSEY GKVAPGWGTT PLMGVAMALF AVFLSIILEI YNSSVLLDGI SMN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #23: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.170891 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT VVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGREE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #24: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.117832 KDa
配列文字列:
MADTTGRIPL WIIGTVAGIL VIGLVGIFFY GSYSGLGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #25: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.751023 KDa
配列文字列:
MLNIFSLICL NSALYSSSFF FGKLPEAYAF LSPIVDFMPV IPLFFFLLAF VWQAAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #26: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.4981 KDa
配列文字列:
MTQSNPNEQN VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSNYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #27: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 3.783538 KDa
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQND

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #28: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 56.207852 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWSI TGGTITDPG IWSYEGVAGA HIMFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFSDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWSI TGGTITDPG IWSYEGVAGA HIMFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFSDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV SDPYGLTGKV QPVSPAWGVE GFDPFVPGGI ASHHIAAGTL GILAGLFHLS VRPPQRLYKG LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDQ GYFQQEIYRR VSAGLAENQS FSEAWSKIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGSMDNGDGI AVGWLGHPIF RDKEGRELFV RRMPTFFETF PVVLIDGDGI VRADVPFRRA ESKYSVEQVG VTVE FYGGE LNGVSYSDPA TVKKYARRAQ LGEIFELDRA TLKSDGVFRS SPRGWFTFGH ASFALLFFFG HIWHGSRTLF RDVFA GIDP DLDVQVEFGA FQKIGDPTTR RQGV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #29: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #30: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 4 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #31: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 8 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #32: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 374 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #33: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 8 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #34: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 44 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #35: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 6 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #36: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 55 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #37: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 14 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #38: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 22 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #39: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 140 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #40: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 38 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #41: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 18 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #42: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 14 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #43: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 4 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #44: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 20 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #45: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 4 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸

+
分子 #46: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3jcu

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 93684
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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