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万見
- EMDB-39851: Cryo-EM structure of LYCHOS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39851
タイトルCryo-EM structure of LYCHOS
マップデータ
試料
  • 複合体: LYCHOS
    • タンパク質・ペプチド: Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (4~{Z},7~{Z},10~{Z},13~{Z},16~{Z},19~{Z})-docosa-4,7,10,13,16,19-hexaenoate
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードLysosome / GPCR-like / Transporter / Cholesterol / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cholesterol / cholesterol binding / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / transmembrane transport / cognition / intracellular signal transduction / lysosomal membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Integral membrane protein GPR155, DEP domain / Membrane transport protein / Membrane transport protein / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal cholesterol signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Xiong Q / Zhu Z / Li T / Zhou Z / Chao Y / Qu Q / Li D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82151215 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular architecture of human LYCHOS involved in lysosomal cholesterol signaling.
著者: Qi Xiong / Zhini Zhu / Tingting Li / Xiaotian Li / Zixuan Zhou / Yulin Chao / Chuanhui Yang / Suihan Feng / Qianhui Qu / Dianfan Li /
要旨: Lysosomal membrane protein LYCHOS (lysosomal cholesterol signaling) translates cholesterol abundance to mammalian target of rapamycin activation. Here we report the 2.11-Å structure of human LYCHOS, ...Lysosomal membrane protein LYCHOS (lysosomal cholesterol signaling) translates cholesterol abundance to mammalian target of rapamycin activation. Here we report the 2.11-Å structure of human LYCHOS, revealing a unique fusion architecture comprising a G-protein-coupled receptor (GPCR)-like domain and a transporter domain that mediates homodimer assembly. The NhaA-fold transporter harbors a previously uncharacterized intramembrane Na pocket. The GPCR-like domain is stabilized, by analogy to canonical GPCRs, in an inactive state through 'tethered antagonism' by a lumenal loop and strong interactions at the cytosol side preventing the hallmark swing of the sixth transmembrane helix seen in active GPCRs. A cholesterol molecule and an associated docosahexaenoic acid (DHA)-phospholipid are entrapped between the transporter and GPCR-like domains, with the DHA-phospholipid occupying a pocket previously implicated in cholesterol sensing, indicating inter-domain coupling via dynamic lipid-protein interactions. Our work provides a high-resolution framework for functional investigations of the understudied LYCHOS protein.
履歴
登録2024年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39851.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.592
最小 - 最大-2.435748 - 4.076315
平均 (標準偏差)-0.00043140023 (±0.07980392)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 335.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_39851_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39851_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39851_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LYCHOS

全体名称: LYCHOS
要素
  • 複合体: LYCHOS
    • タンパク質・ペプチド: Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (4~{Z},7~{Z},10~{Z},13~{Z},16~{Z},19~{Z})-docosa-4,7,10,13,16,19-hexaenoate
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: LYCHOS

超分子名称: LYCHOS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127 KDa

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分子 #1: Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein

分子名称: Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The protein is a fusion protein with expression tag. Residues 1-3 is the initial methionine and GS linker. Residues 4-873 is LYCHOS (uniport ID Q7Z3F1). Residues 874-889 is the linker with a ...詳細: The protein is a fusion protein with expression tag. Residues 1-3 is the initial methionine and GS linker. Residues 4-873 is LYCHOS (uniport ID Q7Z3F1). Residues 874-889 is the linker with a 3 C protease digestion site. Residues 890-1114 is a thermostable green fluorescent protein fusion (PDB entry 4TZA, residue 5-229). Residues 1115-1144 is the linker with an expression tag
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 127.213109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSMNSNLPA ENLTIAVNMT KTLPTAVTHG FNSTNDPPSM SITRLFPALL ECFGIVLCGY IAGRANVITS TQAKGLGNFV SRFALPALL FKNMVVLNFS NVDWSFLYSI LIAKASVFFI VCVLTLLVAS PDSRFSKAGL FPIFATQSND FALGYPIVEA L YQTTYPEY ...文字列:
MGSMNSNLPA ENLTIAVNMT KTLPTAVTHG FNSTNDPPSM SITRLFPALL ECFGIVLCGY IAGRANVITS TQAKGLGNFV SRFALPALL FKNMVVLNFS NVDWSFLYSI LIAKASVFFI VCVLTLLVAS PDSRFSKAGL FPIFATQSND FALGYPIVEA L YQTTYPEY LQYIYLVAPI SLMMLNPIGF IFCEIQKWKD TQNASQNKIK IVGLGLLRVL QNPIVFMVFI GIAFNFILDR KV PVYVENF LDGLGNSFSG SALFYLGLTM VGKIKRLKKS AFVVLILLIT AKLLVLPLLC REMVELLDKG DSVVNHTSLS NYA FLYGVF PVAPGVAIFA TQFNMEVEII TSGMVISTFV SAPIMYVSAW LLTFPTMDPK PLAYAIQNVS FDISIVSLIS LIWS LAILL LSKKYKQLPH MLTTNLLIAQ SIVCAGMMIW NFVKEKNFVG QILVFVLLYS SLYSTYLWTG LLAISLFLLK KRERV QIPV GIIIISGWGI PALLVGVLLI TGKHNGDSID SAFFYGKEQM ITTAVTLFCS ILIAGISLMC MNQTAQAGSY EGFDQS QSH KVVEPGNTAF EESPAPVNEP ELFTSSIPET SCCSCSMGNG ELHCPSIEPI ANTSTSEPVI PSFEKNNHCV SRCNSQS CI LAQEEEQYLQ SGDQQLTRHV LLCLLLIIGL FANLSSCLWW LFNQEPGRLY VELQFFCAVF NFGQGFISFG IFGLDKHL I ILPFKRRLEF LWNNKDTAEN RDSPVSEEIK MTCQQFIHYH RDLCIRNIVK ERRCGAKTSA GTFCGCDLVS WLIEVGLAS DRGEAVIYGD RLVQGGVIQH ITNEYEFRDE YLFYRFLQKS PEQSPPAINA NTLQQERYKE IEHSSPPSHS PKTGTLEVLF QGPGGSGGS ASVIKPEMKI KLRMEGAVNG HKFVIEGEGI GKPYEGTQTL DLTVEEGAPL PFSYDILTPA FQYGNRAFTK Y PEDIPDYF KQAFPEGYSW ERSMTYEDQG ICIATSDITM EGDCFFYEIR FDGTNFPPNG PVMQKKTLKW EPSTEKMYVE DG VLKGDVE MALLLEGGGH YRCDFKTTYK AKKDVRLPDA HEVDHRIEIL SHDKDYNKVR LYEHAEARYS GGGSGGGSAW SHP QFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

UniProtKB: Lysosomal cholesterol signaling protein

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: 6OU
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (4~{Z},7~{Z},10~{Z},13~{Z},16~{Z},19~{Z})-docosa-4,7,10,13,16,19-hexaenoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: A1L1C
分子量理論値: 764.023 Da

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分子 #6: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

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分子 #7: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.001 %LMNGlauryl maltose neopentyl glycol
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
0.2 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine

詳細: 0.001 % LMNG, 150 mM NaCl, 0.2 mM TECP, 50 mM Tris HCl pH 8.0
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 355557
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8z8z:
Cryo-EM structure of LYCHOS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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